受到前述的“封印指定”就会被幽禁，行动的自由当然不用说，就连魔术的研究也会变得不随心。因此，指定对象当然会拼死抵抗，战斗也在所不辞。为了强制回收受到封印指定的魔术师，协会会派遣出“执行者”。总数大约有三十人，巴捷特也是其中之一。
巨人之地窖“阿特拉斯院”
三大部门之一，阿特拉斯院在埃及的阿特拉斯山脉修筑据点。魔术师，特别是以炼金术师为中心的部门，自纪元前就存在。
虽然和魔术协会本部?时计塔的交流变稀薄了，但要是有请求的话也会租出人材(当然，是炼金术师)。而且，其交易户也包含着圣堂教会。
阿特拉斯院的炼金术师们，直率地表达就是“技术人员”、“兵器锻造师”。制造出用来战胜初代院长在演算最后所达到的“未来到临之终末”的兵器。在无限重复这件事的期间，变貌成现在那种姿态了。
隶属于阿特拉斯院的最低条件，被定为能进行三个分割思考以及高速思考。由于他们仅仅只是“炼金术师”的缘故，与时计塔的魔术师那种产生出魔力火球的把戏没有缘分。
炼金术师是？
研究物质流转的人。那就是炼金术师。时计塔的炼金术师藉着与西洋魔术融合，产生出像爱因兹贝伦的何蒙库鲁兹那般的成品。
不过阿特拉斯院的炼金术师，比其要更加接近原义，把“事象的变换”定为最高目的。炼金术中常被提及的“将卑金属变换成黄金”，对阿特拉斯院的成员来说仅仅是“物质的变换”，只不过是遥遥远离理想的幼稚拙劣的技术。他们的炼金术，是把作为其源流的古代埃及冶金术高度发展而成的，并不像时计塔的魔术师们操纵的所有炼金术那般，几乎完全没受到西洋魔术的影响。
协会之原型“彷徨海”
彷徨海是与阿特拉斯院并列、称为魔术协会原型的组织。据说魔术协会创设者中，存在过很多被彷徨海或阿特拉斯院赶走、失去投奔处的异端魔术师。
彷徨海的大本营位于北欧。拥有移动石柩之异名的它就是会移动的山脉其本身。通常是如同其名地在海上彷徨，不过据说偶尔也会走上陆地。
其研究内容，似乎主要是肉体(人体)的改造，但详细不明。名为弗阿布罗?洛威恩[フォアブロ?ロワイン]的魔术师曾经在籍，但后来出逃。据说他为了得到永远性而把自己的肉体变成混沌之海，然后成为了吸血鬼。他的名字以“NeroChaos”的形式，被刻于吸血鬼的始祖存在“死徒二十七祖”的名单上。是在肉体内侧形成独自的结界、于该处寄宿着666个兽之因子的怪物……。
圣堂教会
在『Fate/staynight』的世界中，也存在我们所认识的天主教会。其影响力以西欧圈为中心遍及世界各地。诉说神的爱、救济穷苦与患病者是他们的主要目的，不过在其里侧，存在着执行特别目的的秘密组织。那就是“圣堂教会”。
他们的目的，在于“歼灭异端”。用神秘的技巧玷辱神、杀害人类、扰乱世界，还有歪曲掉运行世界的法则――神之真理。这些全都是异端、理应被扑灭的存在。但是，异端的力量庞大。吸血鬼的牙或是魔术的子弹，能够轻易破坏掉人的肉体。因此教会有着代行者、骑士团和第八秘迹会等强大的“王牌”。
在血流漂杵的抗争的最后，到了现代终于和魔术协会建立和睦关系(但是不为人知的私斗从未停止)。另外，如果魔术协会是只把“到达根源”当作绝对目标的同业者混杂家庭，圣堂教会就是拥有相同意识形态的同胞集团。靠“信仰”这个独一无二的羁绊连系起来的他们无比团结，与魔术协会那种内讧和互不信任并无缘分。这就是他们“作为组织的强大”。虽然会因教义解释的分歧而互相责难，但那只不过是为了寻求“更善”的理性讨论而已。
排除异端的代行者
教会专属的处刑人。用来痛斥吸血鬼、魔兽和魔术师等“不存在于圣堂教会教义内的异端”，纯粹的战斗人员。亲自兼任处刑执行之任务的“异端审问官(Inquisitor)”。
有外部的人混在一起，而他们进行的不是驱除恶魔(Exorcist)，而是直接葬送恶魔的扑灭恶魔(Execution)。
虽然无须怀疑代行者们对教会和神的忠义之心，但是人格上脱离世间一般价值观和道德观的人可以说是大有人在吧。
言峰绮礼亦是圣堂教会的代行者。也隶属于第八秘迹会，八极拳再搭上魔术的战斗力，乃是在超人之域。
圣堂教会的魔术?洗礼咏唱
对教会的信徒来说，他们认为魔术是异端的行为、不应学习的东西。不过，若是形式改变成了教会流的魔术(即是“奇迹”)，则被允许学习。那就是被定型化的简易仪式“洗礼咏唱”。
此仪式藉着利用“教义”这个普遍性的基盘，可以在世界上的任何地方发挥机能。它完全没有像其他魔术那样用魔力击碎岩石的物理干涉力，但是对于灵体则会发挥出极大的威力。
受到洗礼咏唱的灵体，会因主之教悔而立刻升华，回归到应当身处的“座”。这就是所谓的驱魔、Exorcism。
当颂出KyrieEleison――拥有「主啊请怜悯吧」意思的圣句时，主之圣印将会闪耀放光。被这股神圣光辉所引导，而被净化的迷途灵魂，将会被送到理应身处的地方吧。
第八秘迹会
圣人的遗骸和血液、耶稣受磔刑时的钉、犹大所得到的三十枚银币等带有圣性的道具称为圣遗物。然后用以回收并管理散逸到世界各地的圣遗物的特务机关就是“第八秘迹会”。
所谓“秘迹”，是指在天主教的教义里神所赋予的七种恩惠“洗礼”、“圣体”、“婚姻”、“叙阶”、“坚信”、“告解”、“涂油”，而“第八之秘迹”是指正当教义中“不存在的恩惠”。换言之这也可以说是“违反教义的力量”。也就是说第八秘迹会是，不畏惧以魔术为首的异端之力、为了回收被隐匿的圣遗物而进行过训练、特殊的圣职者们的集团。
埋葬机关
由教会所拥有的最强人员组成的战斗机关。除拥有极大的战斗能力外，还被赋予了尽管对方是大司教等级，只要是异端的话就能够立即抹杀的权限。
首先，他们所需要的是能够确实杀掉异端的能力，信仰心和人格都只是第二第三。自然的，组成人员尽是人格失常者。而且他们的实力强大得即使以人类之身也能与从者互角。
他们最大的敌人是吸血鬼，尤其是被称为“死徒二十七祖”的最强最古的吸血鬼们。尽管如此，由于贯彻“实力优先主义”的缘故，也招致了二十七祖之一成为一分子这种离奇的事。
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