好在南京的太监人数不是很多，不像京城那边有好几万人，安排他们还是没有困难的。袁方先让户部给他们进行重新登记，然后招他们进工厂做工，老弱病残的就养起来，闹事的就关起来，甚至可以杀十几个顽劣分子。
为了更好地发展工业，袁方把工部分成两个部：农业部和工业部。
原工部尚书倪元璐改为农业部尚书，袁方把王良逸直接提升为工业部尚书，王良逸替袁方管理了几年工厂，在这方面已经有了一些经验，让他来当这个尚书在合适不过。
袁方把明朝的都察院改为监察部，并任命原都察院左副都御史方岳贡为监察部尚书。
袁方新设立了一个军情局，军情局隶属兵部，军情局的局座由兵部侍郎兼任，这个位置的不二人选是汤祖契，汤祖契从事了十多年的情报工作，他已经在全国绝大部分地区布下了情报网，是袁方的得力干将。
没过几天，才把韩赞周这些太监按下去，勋贵刘孔昭也来闹事。
诚意伯刘孔昭在英国公张之极和隆平侯张拱日的影响下，也支持朱常润监国，他自认为有定策之功，现在论功行赏，怎么着也得进入内阁。
所以，他来到了兵部大堂，吵吵嚷嚷地要入阁。
不等袁方开口，立于一旁的吏部右侍郎张慎言厉声呵斥道：“吏部用人自有本末，诚意伯在大殿之上吵闹成何体统！”
刘孔昭十分的嚣张，他突然从腰间拔出一把匕首对着张慎言威胁道：“姓张的，老子有定策之功，你再敢多言，看老子不一刀宰了你！”
袁方一拍案几，喝道：“刘孔昭，把刀放下！你持刀进殿，这是要造反吗？”
刘孔昭一愣，忙把匕首收起，向袁方拱手道：“首辅大人，在下只是吓唬那个姓张的，他太不是东西！”
“我怎么就不是东西了？”张慎言面红耳赤地问道。
刘孔昭道：“首辅大人，张慎言举荐吴甡为官就是误国，且他在定策时怀有二心，这种人还能在吏部为官，我刘孔昭不服！”
袁方语气放缓道：“诚意伯，说话要有证据，朝堂之上岂能信口开河？”
刘孔昭藐视地看了张慎言一眼：“此人勤王无功，还须要何凭证？可杀，可杀！”
此时，张之极站起来说话：“杀与不杀不是你说了算的，你现在如此的胡闹就是对首辅大人不恭，还不快快退出去！”
刘孔昭一边走一边道：“有功之人也不能为官，我要去找监国说理去。”
……
袁方岂能放过大闹朝堂的刘孔昭，不等他去见朱常润，张从就带人把他抓了起来。
就算张从不把刘孔昭抓起来，他要去见朱常润也是白去的，因为他根本就不可能见到被袁方软禁起来的朱常润，这个皇宫都是由袁方的御林军把守着，没有人可以随意进出皇宫。
虽然皇宫把守得严密，但是也不是说没有人去见朱常润，每天的早朝袁方还是允许朱常润进行的，只是来参加早朝的大臣都是袁方体制内的官员，其他的人是不会允许进来皇宫的。
朱常润的早朝不是天天有，来朱常润这里上朝的都必须经过袁方批准。其实也没有人愿意来见朱常润，每次假意来上朝的都是袁方派过来的。袁方每次只准许三十人进宫，目的是让朱常润觉得自己还是个皇上，他所批复的奏折不会有人去执行的。
真正的权利机构在兵部，现在南京的政治经济大权全部都掌握在袁方的手中。