其后有孔拯、孔摠、孔元措等袭封衍圣公，是为北宗。
后因蒙古族起兵南下，孔元措随金政权迁往汴京，曲阜孔庙则由其族兄孔元用主持祀事。蒙古族占领曲阜，先后以孔元用、孔之全父子为衍圣公。这样，宋金元三朝并起，各有一个衍圣公。
虽然各有一个衍圣公，但是元和金的衍圣公其实是出于一脉，孔家南北二宗也是兄弟。
元太宗五年，蒙古骑兵攻下金汴都，金封衍圣公孔元措被元政权所得，仍封孔元措为衍圣公，而改封孔之全止充曲阜令。在这个时候，孔家北宗完成了合一，正式成为了北宗。
元朝统一，元世祖忽必烈于至元十九年访查孔子后裔宗子，曾召孔洙至京师，孔洙让位于曲阜宗子，忽必烈对孔洙大加赏识曰：“乃真圣人后也。“于是命孔洙为国子监祭酒、承务郎兼提举浙东学校事，赐护持林庙玺书，免去衍圣公封号。
从这个时候开始，衍圣公的爵位彻底落入了孔家北宗，与南宗就没什么关系了。
到了明末，天下大乱，江淮一带打了一个沸反盈天，蒙古人、张士诚、陈友谅、朱元璋，在江淮大打特打，战乱的时候，孔家南宗就更没落了。
相比较起来，北宗被战乱骚扰的就少很多了，等到朱元璋北伐，北宗也没有受到太大的波及。
洪武十七年，朱元璋下旨册封了当时的孔家北宗为衍圣公，孔家北宗再一次成为了大明的衍圣公。关于这件事情朱翊钧前世还看到过一个传闻，那就是关于孔家北宗的DNA。
经过检测，孔家北宗其实已经不是孔子后裔了，而是一个叫做张仁玉的蒙古人冒充的。
事实上真假朱翊钧不得而知，不过孔家北宗亲元是肯定的，至于孔洙让位的事情，朱翊钧也就一笑置之，这种事情谁相信谁就是傻蛋了。
孔家南宗是什么身份？随着南宋南迁的，北宗呢？一直在北方。
这一支的孔家是元的孔家，现在元统一了天下，会立南宗的孔家为衍圣公？开什么玩笑，一旦孔洙不答应，那整个南宗孔家估计就灭门在即了。
事实上孔家北宗这些年一直在打压南宗，这是不可否认的事实。
在江淮战乱的时候，北宗也没伸出援手，大明一统天下，册立了北宗为衍圣公，也没见帮帮南宗。要知道南宗被朝廷册封，那都是弘治间了。
弘治十八年，衢州知府沈杰奏言：“衢州圣庙，自孔洙让爵之後，衣冠礼仪，猥同氓庶。今访得洙之六世孙彦绳，请授以官，俾主祀事。”又言：“其先世祭田，洪武初，轻则起科，后改征重税，请仍改轻，以供祀费。”
帝可之，正德元年授彦绳翰林院五经博士，子孙世袭，并减其祭田之税。
从这段记载就能看得出来，孔家南宗过得有多惨了，“猥同氓庶”的形容足以说明。可见南宗不但没得到北宗的帮助，还被人给打压了。
即便是有了上奏，也不过是封了一个翰林院的世袭五经博士，给了一些祭田，减免了祭田之税。
原本朱翊钧没想着大动干戈的，让徐德去就是告诉孔尚贤，别嘚瑟，孔家不是只有你们一家，还有一个南宗。如果这一次不同意纳税，那就废了你们。
只不过孔尚贤连徐德都不见，想威胁都威胁不到了。
朱翊钧这个时候就生气了，真的是生气了，毫无骨头的孔家，居然还如此颐指气使，居然连皇帝的面子都不给，朱翊钧很想拎着孔尚贤的衣领子问问他：跟谁俩呢！
要知道朱翊钧对孔家就没什么好感，如果说墙头草，谁来了就捧谁臭脚，包括女真蒙元甚至后来的大清，为的是家族传承，不得不为之，是皇家没保护好你们，现在你们这样子给谁脸色看？
况且孔家是什么人家？一项倡导忠义理智信，忠排在第一位。
你们享受着天下百姓的供奉，享受着皇家的礼遇，凌驾于整个天下的百姓之上，你们的忠呢？
为了取悦忽必烈，孔府派出大儒张德辉与元好问等觐见忽必烈，跪请他为“儒教大宗师”。堂堂华夏“圣学”，竟然请得一位双手沾满数千万汉人鲜血的酋首来做大宗师，孔府真正实现了“以德报怨”的最高境界。
孔府衍圣公中最具与时俱进顺应大势素质的，莫过于明末孔府衍圣公孔胤植，朱家待他那真是没得说，此公本非嫡传，却不但受封衍圣公，还先后被加太子太保和太子太傅，可谓“君恩如山”。
可李自成一入山东，离曲阜还远着的时候，孔府就出朱示，令人供奉大顺国永昌皇帝龙位，并献马献银，跪纳印信。
哪晓得这回换主急了点，没几天，大顺军跑了，来了清夷大军，这位三姓衍圣公知错就改，即上《初进表文》，向清廷表忠心，称颂清帝“山河与日月交辉，国祚同乾坤并永”。
表示“臣等阙里竖儒，章缝微末，曩承列代殊恩，今庆新朝盛治，瞻学之崇隆，趋跄恐后”。
接着，为响应清政府发布的剃发令，三姓公孔胤植隆重举行了剃发仪式，“恭设香案，宣读圣谕”，令族人剃发。于此同时，清军正在江阴嘉定等地屠戮那些抗拒剃发易服的无数百姓。
再后来，为了避清帝胤模讳，三姓公孔胤植改名孔衍植，再度表明了对清廷的耿耿忠心。
这些朱翊钧都可以不计较，毕竟大明亡了，皇家没做好，没能保护好你们，你们为了活着也可以理解。当然了，鄙视还是要鄙视的。
后世人大骂吴三桂三姓家奴，衍圣公府其实也差不多。
虽然心里面大骂，可是朱翊钧还是知道大局的，这一次的税改很关键，如果孔家识时务，跟着自己推行税改，那么自己可以放过孔家。
可是现在看来人家根本没把自己放在眼里，连皇帝派去的人都不见，理直气壮的放鸽子，这一次朱翊钧就让他们知道知道，哥很生气，后果很严重！
孔尚乾从宫外走了进来，他的表情非常严肃。
比起孔尚贤，孔尚乾的年纪更小，今年不过二十多岁，如果不是父亲早死，翰林院五经博士的位子也轮不到他来做。不过他也不傻，当年孔家南北宗争夺衍圣公的位置，那可不是小说家言，孔家南宗那都是口口相传的。
现在朝廷要官绅一体纳粮，皇上又派了大量的人去山东，大家都在等着看山东的结果，这些天京城的气氛都凝重了不少。孔尚乾又不是瞎子聋子，自然听说了。
在这个时候皇上传召自己，孔尚乾想不紧张都不行，心情很复杂，有些激动和隐隐的期盼，更多的则是害怕和畏惧。