舜于三年的丧事完毕之后，便让位给尧的儿子丹朱，自己退避到南河之南。但是诸侯朝觐，民众讴歌，乡里断案的时候，都到舜这里，丹朱处几乎无人问津。所有的官员都称这是天意，舜再也推辞不过，只好任人皇之位，即为帝舜。
舜执政以后，他重新修订历法，又举行祭祀众圣人、祭祀天地四时，祭祀山川群神的大典；还把诸侯的信圭收集起来，再择定吉日，召见各地诸侯君长，举行隆重的典礼，重新颁发信圭。
他即位的当年，就到各地巡守，祭祀名山，召见诸侯，考察民情；还规定以后五年巡守一次，考察诸侯的改绩，明定赏罚，可见舜注意与地方的联系，加强了对地方的统治。
话说虞舜被西方教药师收为弟子，药师不仅传授他西方修炼之法，也渐渐输入西方教的教义，希望借助虞舜的力量，光大西方教。
帝舜在位期间，没少宣传西方教，但是效果并不是很好。早在三皇五帝之前，人阐截三教便已经开始在人族传教。三教他们传教所占的地域广阔，人族众多，所以人族多是知晓三教。
但是西方教却是仅限于西方大陆，在那片贫瘠的土地之上，只有寥寥的一些部落罢了，人数并不多。此番虽有帝舜的宣传，但西方教相对于人族来说太过偏远，不过好在也还是有一些人信奉西方教的，这也让西方教在东方小小地兴盛了一把。
舜觉得尧传到自己手里的江山是个烂摊子，洪水滔天，鳍治水九年，不见成效，人族损失惨重，无人能治，于是舜求助自己的老师药师，药师也是无法。
舜只得召集群臣，询问道“如此洪灾叫我等如何是好？”
众臣唯唯诺诺，接着终于有人站了出来，却是大臣泰山。他对着舜大胆说道“陛下，臣听闻，鳍之子禹对于治水颇有心得，陛下何不遣他去试试！”
舜无人可用只能让禹前去治水。
原来却是天机混乱，当初众圣商定哪教弟子先找到五帝最后一位，便由哪教弟子教导，鉴于五帝最后一位功德最大，于是阐教、西方教、截教都分别派门人弟子前去人族寻找。
原始天尊和昊天都以为鳍是五帝最后一位，分别派人辅助鳍，帮助鳍治水，好谋求功德，但是鳍治水却是只堵不疏，阐教众仙借来九天息壤，息壤重弱万钧，一粒可化作一座大山。
虽然开始有效，但十年过去，大水却是越堵越高，逐渐冲塌息壤所化大山，反而水患更加严重，于是舜命人将鳍放逐羽山，鳍也因此而死！
禹幼时拜西方教弥勒为师，习得一身本事，得到帝舜任命之后，他为了治好水患洗刷父亲的耻辱，立即与益和后稷一起，召集天下百姓前来协助。
他视察河道，并检讨鲧失败的原因，决定改革治水方法，变堵截为疏导，亲自翻山越岭，淌河过川，拿着工具，从西向东，一路测度地形的高低，树立标杆，规划水道。
禹在治水时常遇到大山的阻拦，禹就组织万民开山，但是人力有限效果不是很好，禹很是烦恼。于是求教自己的老师弥勒，弥勒说“九天息壤所化大山，可炼制九天神斧，劈开大山。”大禹求教炼制之法，弥勒告知其法。
大禹以弥勒之法炼制神斧，神斧出世，天地间一时惊雷阵阵，一时间又鬼哭神嚎，大禹因此起名‘鬼神’，用此斧破去大山之后，大禹开始研究治水之术。数月未曾合眼，属下劝谏，大禹不听，言称“父鳍之罪，当由他偿还，不治水，不能寐。”
有狐青瑶听闻，心中很是感动，就以仙法帮助大禹，大禹虽然不知仙神凡几，可是也知道有异人相助，道谢之后，继续思虑，有一日假寐之时梦中见到人族圣皇伏羲，伏羲笑问“你可愿治理水患之难？”
大禹当即叩首求教，伏羲手一摆，大禹眼前浮现一卷书录，上面圈圈点点，尽有玄妙，大禹一时沉迷其中，不能自拔，待大禹梦醒之日，看的身前有一张图卷，与梦中所见图录有些相似，但是看那字迹，却是自己手笔，大禹知道这是圣皇显灵，帮助自己，特在伏羲面前焚香谢过，开始参悟那图卷之妙。
大禹参悟明白知道那是洪荒水势图，大禹又前去各地绘制山川图卷，录于自己身边，两年之后才回归而来，将各个图卷对比之后，大禹总体规划了一番，开始调理水道，又过去一年，水道基本调理完毕，大禹开始手持神斧，上前开道。
一座座山峰被他以神斧劈开，水道通畅，不在有水患之难，舜听闻，褒奖大禹，大禹却称此乃是为父赎罪，拒不受禄。大禹劈开水道之后，还要衡量水深，免得多生事端，不好治理，此时有神土飞来，大禹拜谢，以此神土炼制定海神针，治水甚有成效，之后因为江河湖海都已经龙王入主，大禹与龙王商议，各地每年祭祀龙王，希望龙王能够协调水浪，保人族风调雨顺，龙王全都答应，是以各地修造石台，庙宇，供奉龙神。
大禹有感青丘狐族之恩，将神斧赠与狐族，一表心意，之后继续治理水患，届时有大妖巫之祁出世，在河海中兴风作浪，大禹奉命前去解决，然大禹不过一凡人，岂能对付大妖巫之祁。
却有西方大势至菩萨亲自，赠与一把石锁，言称见到那大妖，以此物降服他便是，之后告辞而去。大禹虽然对西方教感恩，但是也不愿意过多干涉传道之事，只当不知其究竟。
大禹拿着石锁前去收服大妖巫之祁，待大禹行到一地，突然浪花涌起，一个身穿盔甲，只露出两个眼洞的人影飞身而上，大禹大声道你可是恶妖巫之祁，为何扰我人族，还请离去，阁下是妖族大妖，何必与我人族为难？在下已有降妖之物，若是阁下不离去，就莫怪我无情了！
那恶妖嘎嘎怪笑一阵，手中持着一柄长棍，扑杀而来，大禹叹口气，一把丢出石锁，那石锁飞到空中，四个铜环个个飞出一条锁链，缠身而上，把那大妖镇压而下，随着那石锁镇下，那大妖口中咆哮不停，身上的盔甲也被镇碎，露出一只白毛猴子，口中獠牙突出，怒吼不断，那石锁朝着江心镇压而下，那猴子被锁住，动弹不得，被镇压到江底。
镇压巫之祁后，禹带领治水的民工，走遍各地，根据标杆，逢山开山，遇洼筑堤，以疏通水道，引洪水入海。禹为了治水，费尽脑筋，不怕劳苦，从来不敢休息。他与涂山氏女娇新婚不久，就离开妻子，重又踏上治水的道路。
后来，他路过家门口，听到妻子生产，儿子呱呱坠地的声音，都咬着牙没有进家门。第三次经过的时候，他的儿子启正被母亲抱在怀里，他已经懂得叫父亲，挥动小手和禹打招呼，禹只是向妻儿挥了挥手，表示自己看到他们了，还是没有停下来。
禹亦关心百姓的疾苦。有一次，看见一个人穷得把孩子卖了，禹就把孩子赎了回来。见有的百姓没有吃的，他就让后稷把仅有的粮食分给百姓。
禹穿着破烂的衣服，吃粗劣的食物，住简陋的席篷，每天亲自手持耒锸，带头干最苦最脏的活。几年下来，他的腿上和胳膊上的汗毛都脱光了，手掌和脚掌结了厚厚的老茧，躯体干枯，脸庞黧黑。
经过十三年的努力，他们开辟了无数的山，疏浚了无数的河，修筑了无数的堤坝，使天下的河川都流向大海，终于治水成功，根治了水患。刚退去洪水的土地过于潮湿，禹让益发给民众种籽，教他们种水稻。
由于禹治水成功，帝舜在祭祀仪式上，将一块黑色的玉圭赐给禹，以表彰他的功绩，并向天地万民宣告成功和天下大治。不久，又封禹为伯，以夏为其封国。禹在天下的威望达到顶点。
万民称颂说“如果没有禹，我们早就变成鱼和鳖了。”帝舜称赞禹，说“禹啊禹！你是我的胳膊、大腿、耳朵和眼睛。我想为民造福，你辅佐我。我想观天象，知日月星辰、作文绣服饰，你谏明我。
我想听六律五声八音来治乱，宣扬五德，你帮助我。你从来不当面阿谀背后诽谤我。你以自己的真诚、德行和榜样，使朝中清正无邪。你发扬了我的圣德，功劳太大了！”
舜帝把禹推荐给上天，让他作为帝位的继承人。十七年之后，舜帝逝世。服丧三年完毕，禹为了把帝位让给舜的儿子商均，躲避到阳城。
但天下诸侯都不去朝拜商均而来朝拜禹。禹这才继承了共主之位，南面接受天下诸侯的朝拜，国号为夏后，姓姒氏。人们将其尊称为大禹