在解决了血袭者同盟的舰队之后，星际联邦的舰队就把目标放在了几乎没什么战斗力的共济会舰队之上。
因为秦浩刺杀了塔里图夫，并且利用他的身份扰乱了整个共济会舰队的秩序，导致整个共济会舰队都失去了战斗力。
虽然大部分共济会舰船都从秦浩的手中，又夺回了控制权，但他们也只能纯手动驾驶，因为一旦启动舰载系统，那么战舰就会重新接受旗舰的指挥。
这些比较有能力的舰长，他们在夺回战舰的控制权之后，第一想做的当然是要撤出战场了，对此秦浩虽然做了一些干扰，但因为这些战舰都跟旗舰切断了联络，所以他们也没有受到太大的影响。
而星际联邦舰队之前的注意力都在血袭者同盟的舰队身上，为了不受额外的损失，所以星际联邦舰队根本没管已经残了的共济会舰队，他们专心的消灭了血袭者同盟的所有战舰。
趁着这段时间，共济会的大部分战舰都开始脱离战场，希望能够逃出这片炼狱，但有个问题是他们无法解决的，那就是相位引擎的启动，是需要舰载系统来控制的。
因为进入相位空间，并且在相位空间中穿梭是需要大量计算的，而这些工作，人的脑子是根本算不过来的，所以想要启动相位引擎，那就必须重启舰载系统，可是一旦重启了舰载系统，那么之前这些舰长们的努力就全都白费了，他们的战舰将重新回到秦浩的控制之中。
所以这些舰长不得已之下，只能命令战舰使用常规动力引擎离开，直到他们脱离旗舰的信号掌控区之后，再重启系统。
但主力舰的信号掌控区太大了，虽然常规动力引擎在满负荷运转的时候，可以达到十分之一的光速，但想要逃离旗舰的掌控区域，那也需要很长的时间，而且秦浩的旗舰也不是固定的啊，这些战舰想要逃离，他的战舰也跟在后面，逼的这些飞船只能使用常规动力引擎，而无法进行相位跳跃。
虽然十分之一的光速已经非常快乐，对于地面交通工具来说，这个速度已经快到让驾驶员反应不过来了，可在茫茫的太空中，十分之一的光速跟龟速没什么区别。
要知道从地球到太阳之间的距离都有足足四百九十八光秒，而一个恒星系的半径通常都在一光年以上，所以想要通过十分之一的光速逃离战场，那基本上是不可能的。
当星际联邦舰队消灭了血袭者同盟的所有舰船，并且都打扫了战场之后，共济会的战舰们此时才只跑出去几个行星的轨道半径而已，距离这颗恒星系的半径还远着呢！
虽然这些战舰是分开逃跑的，各自的方向全都不太相同，有一小部分因为超出了旗舰的控制范围，重新启动系统，并且利用相位跳跃成功逃离之外，绝大部分战舰因为被秦浩的旗舰跟着，所以都还只能用常规动力引擎驱动。
这边星际联邦的战舰只是一次短距离跃迁，就直接追上了他们，然后屠杀再次开始了！
因为共济会的舰船连舰载系统都不能使用，所以战斗力极其低下，消灭这些战舰只不过是耗费了一些时间而已，根本就没有任何的难度和危险。