罗什、僧肇之后，长安大乱，僧徒四散，三论传承，记载不明。南传罗什之学者虽不乏其人，但对后世均无甚影响。此学所以传承不绝者，端赖以《华严经》、“三论”命家，兼修禅观的僧朗。僧朗有得业弟子僧诠。僧诠门徒数百，上首弟子有法朗、智辩、慧勇、慧布4人，其中最著者为法朗。他在僧诠门下，禀受《华严经》、《大品》（即《摩诃般若经》）、《大智度论》、《中论》、《百论》、《十二门论》。僧诠殁后，于陈、永定二年（558）奉敕移住兴皇寺，被尊为兴皇大师。陈、隋三论学者多出其门下。其中最著名者为吉藏。他著作宏富，陈义精微，评判由晋以来各家学说，亦采取南北各派长处，大凡当时流行的经典，多为注疏，在此基础上，正式建立了三论宗。
当时，除吉藏一系而外，同时弘传三论的学者亦复不少。因此三论学说在初唐曾盛极一时。后来法相、华严、禅宗相继成立和流行，此宗逐渐不振。但大历（766～779）年间，金陵有玄璧法师弘传三论，浙江金华有慧量法师专讲三论。
虽至中唐，传三论者尚有人在。会昌禁佛之时，此宗章疏被毁殆尽，几成绝学。
清代末年，海运畅通，杨文会居士始从日本将此宗失传的章疏著作取回，世人方能探讨而窥其全貌。
经论和章疏此宗所依经典，自罗什、僧肇、僧朗相承以来，就以《大品》、《法华经》、《华严经》为宗依。至法朗又加《涅槃经》。即有4部大经，所以隋唐诸三论师的传记中每每有“四经三论”或“四论三经”之说。此外《维摩经》、《仁王经》、《金刚般若经》、《胜鬘经》、《金光明经》等，也都有较详细的疏解。《智论》、《中论》、《百论》、《十二门论》是此宗的根本论典，除《智论》外，吉藏均有注疏。关于此宗的专著如《大乘玄论》、《法华玄论》、《净名玄论》、《二谛章》、《三论玄义》等皆是此宗的要典。
此宗广破一切有所得，实有实无的偏见，说大乘经同明一道，同以无所得正观为宗，对如来所说经教，不作高下优劣之分，但因众生的根性千差万别，所以佛说的法门就有种种的不同。这叫随机施教，因病授药。因此立有二藏三轮以判一代佛教。二藏是依《大品》、《智论》等所说的声闻藏、菩萨藏，也就是小乘藏和大乘藏。吉藏《法华游意》中说佛教中虽复尘沙，今以二意往收，则事无不尽。一者赴小机说，名曰小乘；二者赴大机说，称为大乘。而佛灭度后，结集法藏人，摄佛一切时说小乘者名声闻藏，一切时说大乘者名菩萨藏，即大小义分，深浅教别也。三轮的判教一是根指《华严经》；二是即《华严经》之后，《法华经》之前一切大小乘经；三者摄末归是《法华经》。
二藏和三轮，形式不同，其实一致。二藏是横判，三轮是竖判；二藏是大小两乘，三轮也只是本末二轮。所以说《法华经》之前“般若”诸大乘经为枝末者，以其不废三乘权教故名枝末，非谓“般若”等明理不究竟被判为枝末，不同阿含经本身是权教，说为枝末。
理论诸法性空的中道实相论，为此宗的中心理论。这种理论，总说世间、出世间万有诸法，都是从众多因缘和合而生，是众多因素和条件结合而成的产物，这叫缘起，离开众多因素的条件就没有事物是独立不变的实体，这叫无自性，也就是性空。即缘起事物的存在就是性空，不是除去缘起的事物而后说空。如《十二门论》所说“众缘所生法，即是无自性，若无自性者，云何有是法。”这就是说缘起法无自性就是毕竟空，但为随顺世俗的常识，而说有缘起的事物，把缘起和性空统一起来，这就是中道。所以，不离性空而有缘生的诸法；虽有缘起的诸法，也不碍于毕竟空的中道实相。为了阐明这种理论，此宗更立有真俗二谛和八不中道等义。
(一)真俗二谛。也叫第一义谛和世俗谛。对于二谛的解释，佛教各宗不尽相同。此宗自摄岭兴皇以来，即以二谛为言教。二谛是言教乃根据《摩诃般若经》
和《中论》说的。《大品般若经具足品》说:“菩萨住二谛中为众生说法，世谛、第一义谛。二谛中众生虽不可得，菩萨行般若波罗密以方便力故为众生说法。”
《中论四谛品》说:“诸佛依二谛，为众生说法，一以世俗谛，二第一义谛。”
《百论》亦有类似的说明。这些经论说法都意味着二谛只是为教化众生而假设的言教。即为著空者依俗谛说有，为著有者依真谛明空。明空不住空，为显示不是自性实有；说有不住有，为说明不是断灭的空无。如此，虽说空没有，为令人体悟到超越空有、言忘虑绝的诸法实相，便是法性理体。所以真俗二谛不过是为了说法教化上的方便，适时而用的假设，如标月之指，意在月，而不在指，由此二谛言教，体悟无所得的中道实相。
(二)八不中道。此宗依《中论》卷首“不生亦不灭，不常亦不断，不一亦不异，不来亦不出”八不偈之意，以显发中道实相。认为原来凡夫二乘有种种偏执偏见，概括起来有生灭断常一异来去四双八类，这些偏见，是种种戏论，所以对它们一一皆用“不”字来否定它，令诸众生离此八偏，以悟入空有不二的中道。