再加上当时朝廷所推行的“卫所制度”和“屯田制度”，大量中原内地南征部队留驻，高土司统治的范围被逐渐排挤，缩小到了少数民族聚居山区，半山区，河谷地带和部分坝区。
本来“改土归流“的目的是“驾驭束缚，藉此招徕，使其接受正朔，不致叛乱，逐步做到不战而降，不削而弱。
“然而当时吏治不清，流官中饱私囊，加之土司的剥削极为残酷，使得当时的少数民族边民生活极为艰难，故在土司所统治的少数民族地区暴乱不断。
到了清乾隆年间，川，黔一带贫苦农民因受官府地主压迫，失去产业，来到此地帮工，或佃耕，或行商，或开办作坊。
有的积蓄银两，向土司购买土地，居住下来。
到了嘉庆年间(1796—1820年)，高土司出卖土地越来越多，因而使一部分傈僳族，傣族农民无田可耕。
这最终导致了道光元年的唐贵起义，这次起义规模很大，世居于当地的傈僳族，傣族，彝族青壮年男子大都参加了义军。
最终，清政府动用贵州，四川和云南共3万多官军(当时云南全省一共只有3万多官军)才将此次起义镇压。
镇压此次起义仅从云南藩库的提银就达13.5万两，而当时云南实征的税银只有12万两。
此次起义，云南提督张凤等多名官员被撤职，土司高善被处斩。
此次起义后，清政府在永北直隶厅增设了旧衙坪经历署，派流官镇守。
并规定土司永远不准再出卖少数民族耕种田地。
光绪十九年(1893年)，永北又爆发了针对高土司的丁洪贵起义，此次起义，土司高履坤被杀。
光绪二十五年(1899年)，末代土司高长钦承袭土司职位。
毗时，永胜的流官已经掌握了权力，高长钦的土司职位已经成了虚职。
原来属高土司管辖的地区已经不再向他们交租，他们的税赋由朝廷流官领导下的政府直接收取。
尽管这样，土司的职位还是得到了保留。
高土司历史的终结终于一场关于寺院租金的官司。
当时的永胜县城里寺院比较多，比较有名的有灵源寺，无垢庵，宝积殿等。
这些寺院一直由高土司家管理，其中店铺的租金也由高土司家收取。
随着高土司家权势的减弱，租金的归属问题争议越来越大，最终导致了一场官司。
后来，这场官司打到了县府，判决结果为寺院为公有财产，高土司家不再收取租金。
由于高长钦在讯堂上出言不逊，当时的流官杨厅丞给省府写了一份报告，要求对高土司家彻底改土归流。
光绪三十四年正月二十二日，时任云贵总督锡良上奏朝廷:“云南永北直隶厅属北胜土知州高长钦，骄奢淫逸，暴戾恣睢，苛虐夷民，迭被控告，查北胜土州地方，关系紧要，前经奴才奏请改流，并声明仍留土州原衔，准予世袭在案.现袭土州高长钦既属苛虐不职，未便稍事故容.相应请旨斥革，仍照改流原案，准其另楝夷众悦服之人，承袭职衔，以示体恤。”
光绪三十四年(1908年)二月，朝廷“以暴戾恣睢，革云南北胜土知州高长钦职。”
至此，曾经权倾四方的高氏土司的历史正式终结。
末代土司之女高玉柱
同时，说到高氏土司，还不得不提一下的是其中的后代之一高玉柱。
高玉柱为末代土司高长钦之女，出生于1906年，年幼时，家中设有私塾，高玉柱从小聪明伶俐，才智过人，诗词歌赋，琴棋书画，跃马狩猎，无不熟悉。
时人称为滇西才女，闺中俊杰，其所着诗词，绘画甚多，今仍有部分在民间流传。
从1936年开始，高玉柱和云南少数民族喻杰才以西南沿边土司，夷苗民众代表的身份在南京共进行了数次请愿活动，请愿期间，高玉柱受到了当时很多政府要员和社会名流的接见。
在南京和上海期间，高玉柱在电台，大学，学术交流会等场所进行了大量的演讲，《中央日报》，《申报》和《北洋画报》等媒体对她的活动进行了报导，《边事研究》，《西南评论》等刊物也对他的请愿活动进行了报导和评论。
1938年l2月，高玉柱与岭光电，杨砥中等人又申请成立《西南边疆民族文化经济协进会》，并获得批准。
1940年秋，高玉柱和喻杰才在贵州的毕节发起组建“西南夷苗民族解放大同盟”，提出了大同盟关于开发西南夷苗民族地区政治，军事，经济，文化建设的四大方案。
后来，“大同盟”被诬蔑为是“夷苗民众组织暴乱”，被贵州省政府下令取缔。
1942年初，她被国民政府任命为西南边疆宣慰团少将团长，对云南，贵州，广西，西康等省的土司和少数民族头人宣传民族团结，巩固边疆，一致抗击日本帝国主义的侵略。
高玉柱1942年病逝，虽然她未曾做过土司，但高玉柱以土司的身份进行的活动在民国期间的影响力远远超过了一个普通的土司，她对中国西南少数民族民族意识的唤醒起到了非常重要的作用。
总之，高氏土司的兴衰和中国土司制度的变迁息息相关。
高氏土司的每一次重大转折点的出现看似偶然，其实都和中央王朝的“改土归流”有着直接或者间接的关系。
当然，已经说到民国时期了，的确，其实改土归流并不是古代封建王朝的事情，在那时并没有彻底完成，是一直到民国时期，才彻底完成。
的确，这是真的，清朝时期虽然进行了大规模的改土归流，但是并没有彻底完成，还有一些遗留下来的，算是封建残留吧。
所以到了后面的民国时期，也进行了一些更彻底的改土归流措施，才消除这种封建残留。
举个简单例子，在民国时期，云南边疆执行实际管辖的土司为政府所关注，云南地方政府陆续实施了若干改土归流措施，因此，还保留较为完整的南甸宣抚司也在改流的冲击下发生了巨大变化。
云南边疆民族地区的改土归流，早在明代已见诸史籍，清初，中央政府在巩固对云南边疆统治的过程中，乘机在某些地区实行了改土归流。
雍正四年(1726年)，清政府任命鄂尔泰为云南巡抚兼总督事，在云南推行了规模巨大的改土归流。
但由于云南边疆民族地区社会，经济发展水平极不平衡，清政府的统治势力还不够深入，环境较为恶劣等因素，鄂尔泰提出以澜沧江为界，“江内宜流不宜土，江外宜土不宜流“…
于是，改土归流只在澜沧江以东推行，地处“江外“边疆的南甸宣抚司不在改流之列。
其后的乾，嘉两朝基本上着力于进一步巩固江内的流官政权，江外则维持土司统治。