原来，上古时候人类修真者与妖族修真者共处整片大荒之地，虽说当初的人类修真者比较强悍，但妖族修真者却也是丝毫不亚于人类修真者。只不过，高强的妖族修真者或躲于深山老林之中，一心潜修；或在深水碧潭里修建洞府，过着与世无争的日子，这才让人类修真者取得了中原腹地的控制权。
当初，这中原腹地尚未有分化南仙、北道两域。在人类修真者将妖族修真者赶出中原腹地一千年之后，整片中原突然地震不断，群山倒塌，江河逆流，地浆翻涌，弄得中原腹地成为一片人间炼狱，众多生灵因此而死死伤伤，怨声载道，苦不堪言。
中原腹地会出现这般情景，便是因为当初的天空出现一个彩色的空间缝隙，这彩色空间缝隙充满阴阳五行之力。在这彩色的空间缝隙之中，出现一块令牌，这令牌便是人尊令！！
人尊令从那彩色空间缝隙中飞跃而出，带动彩色空间中的阴阳五行之气，流溢而出的阴阳五行之气令整片中原地带发生了翻天覆地的变化。这般惊人的变动自然引起了修为高强之辈的注意，他们发现此事都归于来路不明的令牌所致，便出手抢夺。
那时候的修真之辈，其修为之高便有许多达到人尊之境，便连一些妖族高手都连连出世，纷纷加入抢夺之中，那一役可谓风云变幻，地动山摇。不过，由于人数太多，他们便用法力将人尊令禁锢起来，随后彼此比斗，败者退场。
当时两个最为厉害的人类修真者，打败所有竞争者，彼此争夺这人尊令。他们两人实力相当，谁也无法打赢谁，便连番抢夺那块人尊令，这令牌一会在他那里，一会又落入那人手中，如此轮回不知几多次。最后，他们两人一人一手握住人尊令，将人尊令拆成两半，分成人与尊两块令牌。
而在此刻，这两块令牌绽放出耀眼的光芒，那彩色空间缝隙受到令牌的刺激，照射出道道光影，这些光影刹那之间便落入到所有修真者的灵台识海中的灵魂里面，令这灵魂产生了变化。这两人各自得到人令与尊令，知道此令的妙用，便想要夺取对方手中的令牌，可惜谁都无法得偿所愿。他们两人就利用手上的令牌，号令其他修真者，两方进行长期的纷争。也便因此，而出现了南仙、北道之域。
在南仙、北道出现之后，又过去了数千年，这段时间，整个中原早已经换了称呼，也在这段时间内，两个地域的大地终于恢复到了元气。就在这一刻，北道区域之中出现了一位号称角龙人尊之人，他并不受北道区域的尊令所限制，便连他下属妖怪精兽，都也不受尊令限制。
便因此，这位角龙人尊带领众多妖魔，对着北道区域所有的修炼之士，进行了大规模的扫荡。而当时的北道区域，便有五大派，是为昆仑、蜀山、龙虎山、点苍、峨嵋，其中昆仑便是尊令的持有者所创建。
其他四派与北道众多修真者，在尊令的统帅之下，对角龙人尊进行了反击。然而，情况并不乐观，这角龙人尊的修为竟然不在尊令的持有者之下，这才使得北道区域的修真门派死伤惨重。
随后，这尊令的持有者将角龙人尊的事儿告知了人令的持有者，可人令的持有者却对此丝毫不顾，还说尊令的持有者是技不如人，才会这般行径，他还说尊令的持有者为了夺取他手上的人令之牌才弄出这般排场，故而人令的持有者根本并没有对尊令的持有者的说法，做出什么举动来。
尊令的持有者见人令的持有者如此做法，便也没有多说其他，自顾抵抗那角龙人尊，可惜到最后这尊令的持有者被角龙人尊所杀。这角龙人尊欲要夺取那块尊令，可尊令却将他拦阻在外。却是奇怪，这尊令居然自动归落到昆仑手中。而后，角龙人尊又对南仙区域展开了杀戮。
到这时，人令的持有者才知道当初尊令持有者所说并非虚假，可惜这事已经太迟了，他也如尊令的持有者那般，被角龙人尊所杀，人令也同样将角龙人尊拦阻在外，角龙人尊大怒之下，将南仙区域的修真之士击杀得毫无还手之力，而人令也不知如何，到最后转手到碧虚宫的手中。
便在所有人都以为是世界末日时，其他各界之人纷纷降临到人界之中，来人共有一十之数，其中五人居然与角龙人尊一伙，这五人名为应龙妖尊、虬龙仙尊、苍龙佛尊、蟠龙鬼尊、黑龙魔尊。而其他五人却是各界至尊，其中便是妖界之主没有妖尊令，而其他四人各手持尊令牌。
不过，那妖界之主却背着七个剑鞘，驱使地藏阎罗像。最后，他们五人联合人界众多修真士，一同将他们六人击败，同时将他们六人分别封印在各界之中。妖尊令，也从应龙妖尊体内飞出，落入到妖界之主的手中，此事解决之后，各界之主便离开了人界。
但是那些受角龙人尊所驱使的妖魔，却依旧厮杀着南仙、北道区域。当时，南仙区域对这些妖魔根本毫无还手之力，北道区域却也相差无几。到最后，北道区域做出了一个决定，便是昆仑、蜀山、龙虎山、点苍、峨嵋这五个最强大的门派，运用阵法，将南仙、北道的妖魔尽数封印了起来，而同时也将附近的人们一同被封印在内，其中便有昆仑、蜀山、龙虎山、点苍、峨嵋，这五个大派。
所谓的三荒，便是封印这群妖魔的地方。