长孙无忌已经大权在握，当然不愿意失势，更乐意拥立一个懦弱听话的外甥当皇嗣，以便将来操纵政权。选李泰显然不合适，因为李泰于贞观十一年置文学馆收纳了诸多人才，以后又有文武群官投靠门下，已经拥有了自己独立的党羽势力，一旦上台当了皇帝，肯定会重用自己的亲信，不会重用长孙无忌一类的老臣。而且李泰业已成年，有一定的政治能力，长孙无忌想控制他不是一件容易的事。而李治就不同了，他为人懦弱，又没有自己的政治势力，所以成了长孙无忌期望的最佳人选。故为此，长孙无忌极力美化李治，将李治的懦弱赞扬为“仁孝”。一旦“仁孝”的李治嗣位，他的擅权也就没有问题了。
另外，李泰与李治争立太子的矛盾，背后涉及功臣子弟与元老重臣的权力分配问题。李泰的党羽多是一些功臣子弟，比如柴绍之子柴令武、房玄龄之子房遗爱、杜如晦之弟杜楚客等等。这个集团与长孙无忌是有矛盾的。这些功臣子弟年龄较轻、阅历较浅、职位较低，要想自己掌权，必须把长孙无忌等元老重臣赶下台去。长孙无忌想巩固自己的权势，当然也要排斥这些功臣子弟。
李泰本人也没有想过拉拢朝廷元勋。他仗着父皇的宠爱，自以为皇太子非他莫属，从不收敛自己的行为，连朝中的三品大员都不放在眼里，还因为三品以上的公卿对其不下马行礼而怀恨在心，居然到太宗面前告状。李泰目空一切、傲视群臣的态度，让朝中重臣极为不满，结果导致朝中有权有势者多被长孙无忌拉过去站到了李泰的对面。
“自古嫡庶无良佐，何尝不倾败家国”，这个道理唐太宗十分清楚，如果他选择的继承人得不到贤相良臣们的拥戴，保存基业是很困难的。李泰的党羽多为不肖的功臣子弟，非属“良佐”之列；李治则得到了以长孙无忌、褚遂良、李世勣为代表的有势力的核心集团的拥戴，可以保证“贞观之治”的政策得以继续贯彻实施。唐太宗在立太子的问题上陷入了两难，按感情来说，他一贯倾向李泰；从理智来说，他不能不择取李治。
为了争取李泰能获得元老重臣的支持，庸太宗曾故意放出话来试探大臣的反应，叙述了魏王泰“自投我怀”的亲密之情，还转达了李泰乞求立为太子时的奇怪许愿：“我只有一个儿子，如果我死了，一定把他杀掉，传位给弟弟晋王（李治）！”此言一出，马上遭到褚遂良的反对：“陛下失言。哪有身为皇帝却肯杀他的爱子，而传位弟弟的？陛下从前既封李承乾当太子，而又宠爱魏王李泰，嫡庶不明，终于造成今天的灾祸。”驳倒李泰虚伪肉麻的许愿是不难的，难以对付的是如何打消唐太宗感情上的袒护。于是褚遂良干脆直言自己的忧虑：“若为立泰，非别置晋王不可。”这无异警告席太宗，如果坚持立魏王泰，就必须先杀了晋王李治，否则，日后必有一场夺位大乱。褚遂良的这番话触到太宗的痛处，唐太宗不想让兄弟相残的事再度发生，如果立魏王李泰为太了，邢如何才能保证晋王李治的安全呢？唐太宗强压住矛盾的心理，当场就泪流满面地说：“我不能尔。”
其实，唐太宗对李泰和李治都持怀疑态度。他欣赏李泰的政治才干，却担心他容不得诸位兄弟；他欣赏李治的忠厚善良，却不满意他的柔弱寡断。就在唐太宗犹豫不决的关键时刻，李泰犯了一个致命的错误。他见舅舅长孙无忌极力拥立李治，生恐父皇改变主意，便在暗中威胁李治：“你跟李元昌感情最好，李元昌已经处死，你难道不担心？”还说什么“不要与我争，否则，后果不堪设想！”这番话杀气腾腾，实在是做得太过火了一些。李治胆小怯弱，经李泰这么一吓唬，惟恐李元昌参与谋反之事牵连自己，便害怕得整日提心吊胆，忧形于色。唐太宗召见李治时，见他忧心忡忡、魂不守舍，再三追问之下，李治才将李泰的话如实相告。太宗听完恍然大悟，开始后悔说出封李泰当太子的话。
这期间，太宗还与李承乾有过一次面谈。李承乾说：“臣贵为太子，更何所求？魏王久有夺嫡之心，只恐被他加害，才与朝臣谋自安之道。一帮凶险不逞之人，遂教臣为不轨之事。今若以泰为太子，这是中了他的圈套了。”
李承乾这番话的分量，并不亚于褚遂良对李泰虚伪誓言的揭露。这时，唐太宗才认识到，他必须面对现实。他不无痛楚地说：“承乾言亦是。我若立泰，便是储君之位可经求而得耳。泰立，承乾、晋王皆不存；晋王立，泰共承乾可无恙也。”李泰当太子，李承乾和李治都会送命；李治当太子，李承乾和李泰都可平安。
太宗在太子李承乾被废以后没有选立魏王李泰，是不希望使后世子孙看到储君之位可以依靠所谓经营而得。
晋王得立唐太宗下决心立李治为太子，确实经过一番慎重考虑。但是，他对群臣的态度并没有十分的把握。他知道长孙无忌支持李治，态度坚决，但对长孙无忌是否能代表绝大多数朝臣，心中仍存疑虑。唐太宗必须得到群臣的公开表态，才能最后定夺。
贞观十七年四月初六，太宗在两仪殿的朝会结束后，只留下长孙无忌、房玄龄、李世勣、褚遂良等，旁边侍立的是惴惴不安的晋王李治。他说：“我三个儿子（太子李承乾、魏王李泰、齐王李佑）、一个弟弟（汉王李元昌），竟做出这种事来，使我心灰意冷。”说罢，竟然自往御座之上，抽出佩刀欲自刺。长孙无忌等人无不大惊失色，争着上前，一面扶抱起太宗，一面夺下了他手中的佩刀，回手将佩刀递给站在一边的晋王李治。长孙无忌似乎明白太宗此举究竟为何，于是请他将心事赐示。太宗于是说：“我欲立晋王。”长孙无忌闻听此言，正中下怀，马上就毫不犹豫地说：“谨奉诏。有异议者，臣请斩之。”太宗对晋王李治说：“你的舅舅应许拥立你了，还不快快拜谢。”李治于是急忙下拜。太宗又对长孙无忌等人说：“公等既符我意，不知道外面会有什么议论？”长孙无忌曰：“晋王仁孝，天下归心久矣。乞望陛下试召问百官，必无异辞。若有不同者，乃是臣负陛下，罪当万死。”太宗见状，也就不再犹豫。于是召集六品以上全体官员于太极殿，对他们说：“承乾悖逆，李泰凶险，都不可当太子。我打算在群儿中选择一个人，不知谁适合？你们只管明言。”大家齐声欢呼说：“晋王仁孝，当为嗣！”李世民大为欢喜。
魏王李泰对形势的变化毫不知情，他带着百余名随从正前往太极宫。唐太宗命城门守卫阻止其随从人宫，而只引导李泰一个人进入肃章门，遂即将他软禁在北苑。
贞观十七年（643）四月初七，太宗亲驾承天门，下诏立晋王李治为太子。当月，李泰被革除雍州牧、相州都督、左武侯大将军之职，降为东莱郡王。后来，又改降为顺阳王，流放均州郧乡（今湖北均县北），贞观二十一年，进封濮王。
懦弱的李治当上皇太子，可见并非出于唐太宗的一厢情愿，而是一种无可奈何的选择，可以说极大程度上是由长孙无忌等元老重臣竭力促成的，正如唐太宗对李治所说的：“你的舅舅应许拥立你了，还不快快拜谢。”即使在立李治为太子之后，唐太宗心中仍有不甘，他曾把李泰所上表章示于群臣，说：“泰文辞美丽，岂非才士？我心中念泰，卿等所知。但社稷之计，断割恩宠，责其居外者，亦是两相全也。”遗憾之情溢于言表。