战技训练之后，便是战阵训练。
战阵训练的基础是旗帜号令训练，戚继光《纪效新书》中称“号令、旗鼓皆治军之要。古今名将用兵，未有无节制号令，不用金鼓旗幡而浪战百胜者。”李定国深以为然，便按照书中所载，再结合义军的实际情况，因地制宜地制作了各色旗帜和各种号令，适用于行军、作战、宿营等各个环节。但鉴于义军中士卒大部分都是地地道道的文盲，极少识字的，要让这些大老粗辨认前后左右的方向和各种复杂的旗帜号令，甚为困难。
戚继光《纪效新书》中所载要“各便宜简明号令，合行刊给，各于长夜，每队相聚一处，识字者自读，不识字者就听本队识字之人教涌解说，务要记熟”。而李定国则会首先教授下面的士卒识字，至少是要认清方向、旗帜、号令和军规，当他们在理解的基础上认识完那些事物后，李定国就要求他们熟记硬背下来，到操练演习时，要一字不差地执行。平时李定国会经常抽查战士相关知识点，如果有谁有一条记不住，就是五个军棍。幸得李定国麾下大部分都是二十岁以下的年轻人，接受能力强，有些人多少认识些字，掌握的很快。
按照《纪效新书》的要求，务必使得将士“耳只听金鼓，眼只看旗帜”，“大家共作一个眼，共作一个耳，共作一个心。”戚继光在《纪效新书》曾言：“开大阵，对大敌，比场中较艺擒捕小贼不同。堂堂之阵，千百人列队而前，勇者不得先，怯者不得后，丛枪戳来，丛枪戳去，乱刀砍来，乱杀还他，只是一齐拥进，转手皆难，焉能容得左右动跳；一人回头，大众同疑，一人转移寸步，大众亦要夺心，焉能容得或迸或退。”“若旗帜金鼓不动，就是主将口说要如何，也不许依从，就是天神来口说要如何。也不许依从，只是一味看旗鼓号令。如擂鼓该进，就是前面有水有火，若擂鼓不住，便往水里火里也要前去，如鸣金该退，就是前面有金山银山，若金鸣不止，也要依令退回。只有这样，才能强弱同奋，万人一心，攻坚摧强，无往不胜。”这便是李定国着重队列、旗帜、号令训练的原因。
戚家军成军后所向披靡，东南剿除倭寇，北地击败蒙古，可谓纵横天下无敌手，这跟他一贯旗帜鲜明、号令统一的严整甚有关联。
对于这种自己压根不懂的旗帜号令等事宜，李定国也不敢盲目用在义军身上，他将靳统武、张胜、高文贵、王之邦、白文雅等将领一起研究这《纪效新书》，征询他们的意见，凡是他们一致认同可以在义军中适用的，李定国才拿出来推行，如果他们认为不适合，李定国也不会把那个方法打入冷宫，等到若干年后，他熟悉战争了，再拿出来看看。
经过跟众将的协商，李定国决定沿用近一半义军旧习，其他的可以照搬《纪效新书》。
比如用黄、红、黑、青、白五色旗来表示五个方位，来引领全军。如黄色旗帜代表中军，当黄旗扬起时，就是中，列队的各人都要往中间看；在作战时，举黄旗，就是中军欲变动，各队都要静听号令施行；红色代表前，黑旗代表后，青旗代表左，白旗代表右。
号令方面是，如果听到擂鼓声响，各军士们就要奋勇往前冲锋，与敌人进行交战；如果军士们与敌人交锋时，听到鸣金一声响，各人便要停止与敌交战；又听到鸣金一声，各军士们便退了下来；当然在大规模战争时候，有号炮和大型旗帜来做指挥号令。