就在刘铭九与麦克阿瑟详谈具体行动的时候，台湾岛上突然乱了。这一天是日本在占据台湾过程中北白川宫能久亲王遭受义军重创死亡的日子。
台湾殖民当局定这一天为“台湾神社祭”日。雾社的小学每年这一天都要举行运动会，周围的日本人都要来参观和集会，正可利用日本人不备进行突袭。莫那道等人商定起义行动分为两步：先袭击雾社周围的警察驻地，再聚集到雾社。攻击小学运动会会场。凌晨3时开始，起义民众分数路开始袭击马赫坡、勃阿伦、荷戈等处的警察驻在所，杀死平时作威作福的警察，切断电话线，破坏桥梁，一切都进行的非常顺利。
在上午8时之前，3ooo多起义民众已经分为两路，一路由莫那道率领，突袭雾社的派出所、制脑公司、日本人宿舍和邮局等，一路由花冈一郎率领，进击雾社小学操场。雾社的日本人一点也不知晓大难即将临头。
8时，小学的运动会准时开始。全体人员正肃立举行升旗仪式，突然一个原住民青年提刀闯入会场，只见他冲进“来宾席”，手起刀落，就将台中州理蕃顾问管野政卫的头砍下。在场的日本人都惊呆了，尚未明白是怎么回事，花冈一郎已经率队冲入操场，只见刀光闪处，日本人纷纷倒下。
操场上当时还有12ooo多汉族人。起义民众只杀日本式装束的人，对于汉族人，只要求他们尽快离开。不到一个小时，小学里的日本人都被杀光，其中还有两个汉族人因穿和服而被误杀。
莫那道率领另一支人马杀进雾社的派出所、邮局等处，很快解决了战斗。这场战斗共计杀死134名日本人，伤数328。缴获6oo余支步枪，2万多子弹和一挺机关枪。莫那道又派人破坏零社附近的铁路，并在进入雾社的必经之地眉溪设置工事，以阻遏日军。
直到将近中午，小学校的一名侥幸躲过起义民众的督学逃奔下山，雾社生起义才为当局所知。此事立到震动了总督府。第二天，台湾的报纸大肆对所谓“凶蕃”进行渲染和声讨。总督府立即组织11oo多名警察、8oo多名6军以及13oo多名军夫的讨伐部队紧急集结，开赴雾社。31日双方展开激战。
日本殖民统治当局还用加急电报报告日本政府，请求火派兵增援。日本政府接到报告后，从本土派出多艘军舰和十几架飞机运兵到台湾，会同日本驻台的海6空军和警察一起围攻雾社。日军在大炮和飞机的支持下进攻马赫坡等社。他们先用山炮猛轰，把马赫坡、罗得夫、荷戈、束库各社的房屋炸成一片废墟，然后调步兵起冲锋。起义群众依靠断墙残壁的掩护，在枪林弹雨中跟敌人进行殊死的搏斗，使敌人每前进一步都要付出沉重的代价。
起义军中有不少百百中的猎手，占据了城市各处制高点后，，他们在制高点居高临下，向爬上来的日军射击，一枪打死一个，使得日军裹足不前。
日军用山炮对着城市乱轰，飞机也漫无目的地狂轰滥炸，森林燃起了熊熊烈火，迫使起义军向更深的城外撤退。日军竟敢冒天下之大不韪，向起义军施放了糜烂性毒气，使得起义军遭到重大伤亡。
虽然莫那道指挥起义民众进行了拼死抵抗，然而由于兵力火力对比大悬殊，只好决定率青壮年退守山林，并命各社老弱进入密林避难。一些老弱和妇女为坚定亲人奋战到底的决心，依据本族风俗，纷纷在密林中自缢。
莫那道率众退入山中的岩窟中进行坚守。这个岩窟凭借天险易守难攻。洞中有水且存有粮食。日军的大炮等重武器无法施展，莫那道还不断率勇士出击，袭击不熟悉地形的小股日军。
日军一时无法取得进展，先派人前去招降，为莫那道所拒绝；继之又挑动与马赫坡等社结有宿怨的万大、陶珠亚等原住民部落进攻，也未能奏效。起义民众在洞中坚持了一个月，存储用光。
日军见屡攻不下，于是决定采取最野蛮的手段，利用飞机先后投了8oo多枚毒气弹，致使起义民众死亡惨重。
莫那道认为最后时刻已经到来，走入最隐蔽的密林之中自杀，尸体几年后才被现。花冈一郎先杀死妻子，然后剖腹自杀。花冈二郎令其妻子逃往娘家，和其族中勇士也自杀而死。
“雾社起义”至此失败。“雾社起义”使日本统治者大为震惊。为了杀一儆百，日本殖民者使用了最残忍的手段进行报复。不但将参加起义的诸社村落夷为平地，还对许多无辜的民众进行屠杀，并将人头砍下，以展示他们讨伐“凶蕃”的“赫赫战功”。
马赫坡等参加起义的六个社原有14oo多人口，经过日军的屠杀，仅剩下5oo余人。尽管如此，日本当局还要对他们斩尽杀绝。
日本当局先将六个社的头目十余人以主谋的罪名加以拘押，然后秘密地全部处决。六个社余下的人口，当局将他们集中迁往雾社的罗得夫、西巴岛西社严密看管，并暗中唆使陶珠亚部落进行报复。
陶珠亚部落携带日本当局借给的枪械，冲进这六社残余部众的栖息地。六社余众手无寸铁，面临突袭，只有束手待毙。结果又有25o余人被杀。经此屠杀后，六社仅剩第二次雾社事件”。
日本当局对于他们还不放心，又强迫他们迁离雾社到埔里北面的川中岛，继续进行持续的压迫。1937年这六社残众只剩下23o人。
自日本占据台湾之后，殖民当局采取了所谓“威抚并用”的“理蕃政策”。这个政策的中心是通过建立最为野蛮的警察制度，使用最残忍的屠杀手段来迫使原住民屈服。
即使是所谓“教化”，也同样是通过高压手段来实现的。所以像雾社这样的所谓接受殖民当局“教化”的“模范蕃地”爆反抗也就是必然的了。
“雾社起义”是反抗日本殖民当局残酷统治和压榨政策的一次大爆。雾社参加起义的诸部落只有千余人，却敢于起来反抗殖民当局。面对凶恶的殖民者，宁可战死也不投降。
这充分说明了包括原住民在内的台湾民众反抗日本殖民统治的不屈不挠精神。日本当局为了尽快地镇压起义，不惜动用包括毒气弹在内的武器对付只有非常简陋武器的起义民众，更加显示出日本在台湾统治的残暴。“雾社起义”对殖民当局的打击也是很大的。当局使用毒气的行径，遭到岛内岛外的同声谴责。
台湾农民组合、民众党都表声明、传单谴责使用毒气是非人道的行为；上海反帝大同盟表宣言支持雾社人民的起义。当时的总督石冢英藏和台中州知事引咎辞职。
接到消息后，刘铭九盛怒了。他一拍桌子，站起身咆哮着说到：“现在，我以中美反日联盟军总司令身份，正式命令，所有对台作战部队，于二十分钟后，全面展开进攻。对一切负隅顽抗之敌，给予格杀勿论。”
麦克阿瑟和哈尔西，还是第一次见到有哪个国家领袖，竟然向部队下达这样公开的格杀勿论命令的。他们也终于明白了，山东和天津那些日本人，为什么会失败的那么快、那么惨。
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