“庞培将整个地中海划分为十三个区域，给每个区域配备相同数量的船只以及一名指挥官。分割开的兵力同时在十三个区域突袭船数巨大的海盗，将其一举俘获。事先逃跑的海盗藏匿在老巢西里西亚，庞培本人亲率六十艘精良船只出征前去清剿。但在此之前他先彻底消灭了第勒尼安海、利比亚、撒丁岛、科西嘉岛和西西里岛所在海域的海盗，在此其间他整整四十天不休不眠，手下的指挥官们敏捷细心，发挥了很大作用。”(普鲁塔克，《比较列传》，第五卷，第26页)
罗马人像鹰一般掠过海面，渴望吞噬海们的鲜血。庞培为帝国报了多年的侵犯和凌辱之仇。海盗船有些被击沉海中，有些在围困之下只得驶往陆地，可是在那里的步兵军团正等着将他们一网打尽。沿岸的防御工事被夷平，不知所措的海盗们抱头鼠窜，眼见逃跑不成，只得投降求饶。
庞培对投诚者的宽大政策被认为是西里西亚海盗得以迅速清除的主要原因之一。在当时的罗马，对俘获的海盗一般均判处死刑，但庞培给予他们投降的机会，保证投降者相安无事，并用土地来交换他们的船只，理由是“因为可以区分那些执迷不悟者和那些被形势所迫成为海盗的人”
庞培温和地对待一些仍在海上漂泊的海盗，满意地接纳他们的船只和下属，对他们不做任何的伤害;于是其他的海盗便燃起希望，带着妻儿向庞培无条件投降。庞培赦免他们的过错，并通过他们去找到和抓获其他的自认为罪孽深重而藏匿起来的海盗。”(普鲁塔克，《比较列传》，第五卷，第27页)
当然，赦免海盗还有另一个原因，那就是与米特拉达特的大战在即，必须快速解决海盗的问题尤其是必须从这位本都国王的身边夺去这些曾在之前的战争中提供强大支援的海盗盟友。
在地中海西部开辟了贸易运输后，庞培率兵前往海盗的中心基地，逃匿的海们都藏身在那里。海盗们自信之前在西里西亚陡峭的海岸上修建的防御工事无法攻克，便在那里向庞培挑战。
当罗马人靠近西里西亚海岸时，海盗们出来迎战，相信可以在自己更熟悉的海域将其打败。可是庞培的海军声势浩大，他的谋略更是无可挑剔。海战失败后，海盗们逃往位于陶罗山的防御工事，结果落入了罗马人的包围。军团力量的部署和赦免的承诺发挥了作用，海们很快纷纷投诚。庞培又一次表现出大度，赦免了两万名海盗，将他们当作殖民地居民安置在索罗斯和迪美两座城邦中。
带着从海船舱里搜出的财宝和俘获的九十艘船，罗马舰队在庞培的率领下穿过地中海驶向罗马城。“我们的海”此时已干净太平，罗马城在帝国的中央熠熠发光。普鲁塔克提到，仅仅三个月的时间里，庞培终结了多年由海盗带来的恐惧和不安。但似乎很难在如此短的时间内消灭如此多的海盗。即使庞培的军队庞大、战略部署出色，可是行动的范围整个地中海实在太大，他的军团很难在三个月内消灭所有的海盗。
庞大舰队的分区域部署肯定有利于促进罗马与海盗之间的谈判:罗马在赦免海盗和给予他们居住土地的同时，也获得了没有劫掠者的安宁以及海们的部分财宝。庞培必须展开适当的行动来对付那些不愿谈判的海盗，比如摧毁他们的海岸防御工事和惩处那些与之勾结的城邦。不过庞培是个谈判高手，仅给了海盗们一个出路，那就是变成殖民地居民。而海盗们明白罗马的行动目的在于铲除自己，便选择了这唯一的生路，因为面对如此庞大的罗马军队，与帝国开战就等于自杀。
庞培的军事行动过后，“山地西里西亚”虽然向罗马帝国屈服，但由于当地人的天性，这里仍是时常发生叛乱的中心。不过再没有达到之前的声势和规模。
儿子成为了海盗
奔流不息的历史长河中总会有令人惊讶的水花，时常出现峰回路转，令人啼笑皆非。作为罗马最杰出将领之一的庞培，通过成功地清剿海盗而达到荣誉的顶峰。可是命运却恰恰安排他的小儿子以海盗的身份来为父亲而战。
罗马内战的法沙利亚一役(公元前48年)中，格涅乌斯庞培…马格诺被凯撒打败，逃往埃及。可是之后被埃及人出卖和杀害。于是他的小儿子塞克斯托庞培与哥哥格涅乌斯以及其他元老一起，集中兵力，在非洲各省与凯撒对抗。公元前45年，凯撒在西班牙的蒙达平原战胜庞培兄弟。哥哥格涅乌斯被俘处死，弟弟塞克斯托庞培用游击战术来抗衡凯撒军队，当看到败局已定，遂逃往西西里岛胜利之后，凯撒返回罗马，掌握领导权，但在第二年遇刺身亡。他的死没有带来元老们预期的安宁，而是在凯撒的支持者和反对者之间发起了新一轮的内讧。由屋大维、马克安东尼和雷必达组成的“后三头”开始为凯撒复仇，打压所有反对派。
“后三头”尽管受法律认可，但实际上却像一个军事委员会，完全不需要元老院的参与便可做出各种决议。他们上台后首先采取的措施之一是将成千上万的政敌流放国外。刺杀凯撒事件的始作俑者布鲁托和卡西奥已经离开意大利，控制了所有的东部省份，从希腊和马其顿一直到叙利亚，还包括与之结盟的东方各王国。但在共同参加的菲利普斯一役失败后，两人均自杀身亡。
很快，“后三头”内部出现了意见分歧，屋大维和马克安东尼间的对立让内战有进一步扩大的趋势。公元前40年始，屋大维镇压了一场由卢西奥安东尼和福尔维亚发起的叛乱，此二人分别是马克安东尼的哥哥和妻子。同年春天，屋大维和马克安东尼的军队在布林迪西对峙。但很快两人达成协议，重新划分帝国权力。雷必达的权力被削弱，被限制在非洲，但仍是三头之
此时的罗马恢复了安宁。唯一的麻烦似乎就是不断作乱的庞培的小儿子塞克斯托。他那时已经组织起新的军队，其中接纳了许多受“后三头”迫害逃离罗马的人。他还借助海盗的帮助，再加上劫获的船只，建立了一支庞大的海军，由熟悉西西里海域的行家们来指挥。以西西里岛为基地，塞克斯托·庞培开始不断地征服海岸居民点，控制了这片海域的航线运输。他对第勒尼安海和地中海的快速侵犯威胁到了罗马的海上供给，尤其是妨碍了小麦运输船的通行。
贝雷约·帕特库洛(《罗马历史》，第四卷，第73页)评论说塞克斯托缺乏教养，谈吐粗俗。事实上，塞克斯托很能审时度势，在西班牙时善于运用游击战术，在西西里岛懂得利用海盗来对抗强敌。他的军队中有很多人是在父亲庞培手下获得了自由的奴隶，还有不少是塞克斯托本人解放的奴隶，这种来自人民大众的组合在对抗罗马贵族的时候总是怀有强烈的敌意。
马克·安东尼曾说服塞克斯托协助自己来对付屋大维，可是当布林迪西合约签订后，小庞培又被排挤在外。安东尼执意撕毁与塞克斯托·庞培的协议，“命令”他撤回西西里岛。可是塞克斯托无意像安东尼“请求”的那样“回家”，遂令梅诺多罗收复赛尔达尼亚岛。同时加强对意大利海岸的包围，完全阻拦了从非洲到罗马的小麦运输，使得罗马城的粮食匮乏加剧。
屋大维不愿以任何条件与小庞培谈判，但又没有足够的资金组建一只能够与之匹敌的舰队。新的征税法令导致了饥民暴乱，更令屋大维举步维艰。当时饥民们在广场上向屋大维投掷石块，屋大维一时性命堪忧。安东尼派出军团镇压众人，将他救出。事已至此，安东尼向屋大维施压，让他与小庞培达成协议。
塞克斯托·庞培也很烦恼，因为他的追随者们分成了两派，一派希望与屋大维议和，另一派是被赛尔达尼亚岛的征服者梅诺多罗解放的奴隶，他们主张一战到底。塞克斯托最终被说服议和，将船队航行至埃纳利亚岛，与屋大维和安东尼的驻军之地遥遥相望。第一次会晤发生在公元39年的年中，在专门为连接海岸而修建的一座桥上进行，“后三头”的驻军以及载着塞克斯托前来的船只齐聚于这片海岸。
第一轮谈判以失败告终，因为塞克斯托·庞培本以为能取代雷必达成为“后三头”之一，谁知得到的仅是获得赦免而已。在一番拉锯之后，终于达成协议。
那些曾参与刺杀胡里奥凯撒、之后又加入小庞培队伍的人必须遭到流放;其余仅是躲藏在西西里岛的流放者们可以返回罗马，并拿回被没收财产的四分之一;而对于之前没有被流放、出于害怕才出逃的人，可以将所有的不动产还给他们
小庞培必须撤走在意大利的驻军，并保证地中海内的航行畅通。西西里、撒丁和科酉嘉地区的各省均交给小庞培统治，交换条件是必须恢复对罗马的小麦进贡，此前进贡由于战乱而停滞。
另外，安东尼还以交上伯罗奔尼撒半岛上各城邦欠缴的赋税为条件，将阿卡雅和基克拉迪群岛让给小庞培。在签订协议的同时，还缔结了屋大维之子马克克劳迪奥马塞洛和塞克斯托庞培之女的婚约。
合约签订后，双方在舰队甲板上和岸上营帐里大摆筵席，以资庆祝。阿皮阿诺发现气氛并不融洽，双方互不信任，入席时都在衣服里藏有匕首。甚至梅诺多罗向塞克斯托献计，要趁此机会刺杀“后三头”。小庞培听后，训斥梅诺多罗没有自行实施计划，而现在自己已经知道了，他的名望不允许他采取这样的举措。
权力划分之后，塞克斯托庞培返回西西里岛，屋大维和安东尼返程罗马。在回罗马的路程中，人民欢欣鼓舞地欢迎他们，以为从此可以不再挨饿。得以返家的流放者们也同样满心欢喜。唯一不高兴的那些已经占有了流放者的财产现在必须返还其中四分之一的人。
但是，这种和谐的气氛不会维持太久。因为屋大维一直痛恨塞克斯托庞培，想方设法要撕毁合约。
他并没有等待很久。公元前39年年底，与小庞培的矛盾又一次爆发。重新敌对的原因不完全清楚。可能是伯罗奔尼撒半岛上各城邦欠缴的赋税没能交上，或是所谓的“海盗”袭击了向罗马运送粮食的船只。屋大维不得不“快速”从高卢返回，抓捕这些所谓的“海盗”。他们在酷刑之下承认是受小庞培所派。
在此种紧张的气氛中，公元前38年3月矛盾爆发。科西嘉和撒丁的总督梅诺多罗手中握有三个军团和大量的辅助部队，因为某个原因与塞克斯托闹翻，通过加约凯撒手下的一名已获自由的奴隶，投奔了屋大维。
屋大维不敢轻信梅诺多罗，下令建造新的三层划桨船用以增加亚得里亚海舰队的实力，并在沿岸修建防御工事他还召集伊利里亚和高卢两处的军团，企图在合适的时机直取西西里岛。
安东尼对屋大维撕毁合约一事并不支持，但也没有采取任何具体措施，只是放言威胁说，但凡看到弃主的梅诺多罗，就要将他钉死在十字架上。
梅诺多罗后来将手中掌管的岛屿和军队都交由屋大维支配。屋大维给予他丰厚的奖赏:成为自由公民(他之前的身份是获得自由的奴隶)，并代理第勒尼安海舰队的高约卡尔比西奥撒比诺海军上将的职务。
屋大维计划以夹钳形式作战:舰队会合在墨西拿海峡，用以吸引和摧毁小庞培的海军，如此便可以确保步兵从瑞希奥穿行至墨西拿，最终抵达西西里岛。小庞培看到了危险，想方设法阻挠屋大维的亚得里亚海舰队和第勒尼安海舰队会合。他派出四十艘船驻守在墨
西拿城边，等待亚得里亚海舰队的到来，同时令海军上将梅
内克拉特斯前去拦截第勒尼安海舰队。
在米色诺海角附近，梅内克拉特意外地发现屋大维的舰队正在库马斯海湾沿岸航行，屋大维的舰队夹在海岸与庞培舰队之间，狼狈地搁浅于礁石上。幸运的是，梅诺多罗此时正在屋大维的船队里，代理卡尔比西奥的职务，他对梅内克拉特恨之人骨。这场战役事实上是他们两人的决斗。梅诺多罗乘坐较高的船只，运气更好一些，尽管受了伤，但最终将梅内克拉特杀死。而卡尔比西奥盲目地追击几艘庞培军舰，一直到了开阔的海域，等他返回时才发现右翼船队由于缺乏掩护，在海岸边被击毁。战斗持续了一整天，夜幕降临的时候庞培舰队已经胜利在望。但或许是缺乏自信，接替梅内克拉特职务的德摩卡雷斯选择撤回梅西纳，与小庞培会合。这个举动让卡尔比西奥绝处逢生。与此同时，屋大维随着亚得里亚海舰队也来到梅西纳海峡。小庞培的舰队正剑拔弩张，等待着他们的到来。屋大维的兵力优势很明显，但他想谨慎行事，也许是认为对方这么少的船只是个陷阱，于是按兵不动，等待第勒尼安海舰队的到来。当得知卡尔比西奥在库马斯惨败后，他决定前去会合。
在梅西纳海峡对面的埃斯西雷奥山顶，小庞培发起进攻。屋大维是个极其糟糕的海上战略家，竟下令停船，并将船头朝向进攻方。面对小庞培手下驾轻就熟的海盗们，屋大维的船队毫无还手之力。小庞培的船只数量虽然少，但将对手打得溃不成军。甚至连主帅船都遭到重袭，屋大维只得弃船而逃，以免与船同沉。幸好他的副手卢西奥科尔尼斐西奥更具备海战经验和常识，下令开船，在开阔的海域与庞培舰队开战。如此来，才得以击沉德摩卡雷斯的旗舰。
然而经验丰富的海盗们攻势凶猛，大有将屋大维船队杀得片甲不留之势。
但此时由卡尔比西奥和梅诺多罗率领的第勒尼安海舰队突然出现，转变了局势。塞克斯托庞培看见对方实力大增，决定不冒险迎战，率队返回西西里岛。
亚得里亚海舰队在梅西纳海峡惨败后的那个夜晚，让屋大维苦不堪言，终生难忘。他坐在岩石间，周围到处是木头和残骸，就在不久前那曾是自己在拉文纳组建的强大舰队。水面上四处漂浮着手下土兵的尸体。
第十三军团的到来让屋大维的心安定下来，他传信给意大利所有城市，宣告自己安然无恙，以免滋生叛乱。但是此时他在拉文纳组建的强大舰队已经所剩无几。阿皮阿诺叙述说，第二天屋大维“视察海面，满目是被毁的船只，有些完全烧毁，有些被烧了一半，有些仍在熊熊燃烧，还有些已经散架;海面上到处漂浮着船帆、舵盘和残骸，被救回来的船只也大都严重受损。”(阿皮阿诺，《罗马历史》，第五册，第88页)
战败之后，屋大维仍不死心，在将损失不大的船只修葺之后，利用小庞培疲于应战的时机，又一次向西西里岛进军。这一回他们遇到了同样强大而且是突如其来的新敌人。猛烈的南风在梅西纳海峡掀起巨浪，将屋大维的一些船只冲到岩石上，撞得粉碎。
梅诺多罗又一次显示出自己是屋大维舰队中最有能力的统帅，他命令自己的船队在宽阔的海域抛锚停船，那里的海浪比较小。而其他由卡尔比西奥、科尔尼斐西奥和屋大维本人率领的船只都在岸边停船，结果亚得里亚海舰队和第勒尼安海舰队剩下的那些战船全部被大海吞噬。阿皮阿诺描述当时的情景，“……无论是留在船上还是跳到海里，将士们都无法幸免于难，或是被狂风巨浪卷走，或是被漂浮的木头撞个粉碎。海里漂满了活人和死人;所有试图游回岸上的人都被强劲的海浪卷到岩石上，摔得粉身碎骨。”