香料群岛舰队和爪哇舰队相继灭亡的消息如晴天霹雳一样震惊了整个巴达维亚，这可是整整一百二十条船呢，整个联合东印度公司不过两百艘而已，如今百分之六十化为乌有了，即便能保住东印度群岛，联合东印度公司的破产也就在眼前了，更何况，丢了舰队以后，外援中断，各地要塞已经不可能坚持下去了。
有了这样的明悟，在如丧考妣的同时，上层人物不得不考虑自己的将来了。破产当然是可怕的，但那是公司的财产，也就是十七人委员会的财产，并非是自己的，丢了自然不可惜。而且破产也不是最可怕的，可怕的是破产后没有东山再起的机会，那就是彻底沉沦了。既然有了这样的想法，众人考虑的更多的是如何保全自己的生命，以便日后能卷土重来。
保全性命自然只能投降了，于是华夏武成十六年（西历1714年）六月初七，巴达维亚总督和评议会以保全个人财产为由，向华夏提出投降的先决条件。对此，已经从凌牙门赶到巴达维亚的大都护林耕断然拒绝，只允许每个荷兰人保留三百荷兰盾的财产，其余一律作为华夏军费的赔偿，同时要求巴达维亚评议会答应将细兰全岛和东印度普利卡特、萨德拉斯的商业据点以及荷属澳大利亚全部交出。
巴达维亚评议会认为丢了东印度群岛之后，斯里兰卡和普利卡特、萨德拉斯以及荷属澳大利亚一样保不住，可以将上述四地交给华夏作为赔偿的一部分，但是华夏不能在随后彻底中断了夏荷贸易，同时还希望提高每人保留财产的份额。
对于朝廷希望在夺取领土后继续保持贸易的心理，林耕是有所了解的，因此爽快的答应了荷兰人的讨价还价，只是对于荷兰人希图保留更多个人财产的要求做了坚定的抵制。此时，攻克各地荷军堡塞的夏军逐步返回巴达维亚，胜券在握的林耕便向荷兰人下达了最后通牒，要求其在六月十五日中午前开城，逾期将视作拒绝投降。
在林耕的逼迫下，巴达维亚方面最终无奈的接受了通牒。
六月十五日上午，巴达维亚守军开出城外，正式向刘文来投降。双方随后签订《椰城条约》，正式将荷属东印度及荷属斯里兰卡、荷属澳大利亚、荷属印度商站全部割让给华夏。而华夏方面则予以保证，一旦接收了细兰等地之后，将派船运送东印度群岛各地的荷兰人（不含德意志雇佣兵）前往细兰，随后由细兰等地的荷兰船只运输其归国，并允许荷兰方面今后继续在科伦坡、马塔拉等通商港口与华夏贸易。
此后，在华夏武成十六年六月至八月间，荷兰在东印度群岛各地尚在坚持的要塞在得到巴达维亚的命令后相继投降；八月初，普利卡特和萨德拉斯两地商栈迫于洋面上出现的夏军舰船的威慑，宣布接受巴达维亚的命令将除商船以外的全部资产交予华夏。
九月初，夏军大举登陆细兰，贾夫纳方面最终也不得不同意将整个细兰交予华夏，至此夏荷战争宣告结束，华夏不但将荷兰联合东印度公司驱逐出东印度群岛和东部印度，更打开了前往南方方丈大陆的门户。
夏荷战争的结局大大震惊了欧洲各国东印度公司，使得他们对露出獠牙的华夏帝国充满了忌惮，然而华夏的开拓重点很快转向方丈大陆及太平洋上诸多岛屿，并没有进一步垄断印度贸易，这使得葡萄牙、法国、丹麦、瑞典等与华夏相对友好的欧洲国家松了一口气。
不过英国人就没那么轻松了，生怕华夏彻底中断中英贸易并对加尔各答、马德拉斯等地发动进攻的不列颠东印度公司急忙撤换了丹佛等人，并从孟买管区派遣资深董事前往华夏道歉。为了不让法国在中欧贸易中一枝独秀获取超额利益，华夏朝廷最终接受了英国人的认错，并开出一张四万英镑的巨额罚单。
在东方实力有限的英国人不得不忍气吞声的接受了罚单，并暗中誓言复仇，只是迫于如日中天的华夏国势只能暂且隐忍，但中英之战就此埋伏了伏笔