十月初，得到清军进攻迫在眉睫的英国、法国、丹麦、西班牙四国商馆提出闭馆的要求，明郑通商司予以答应，四国商馆随即分别撤退至澳门及马尼拉，一待四国商馆撤出，郑军两大舰队立刻进泊娘妈宫洋面。{WWW.23us.com最快文字章节阅读}
英、法、丹三国商馆人员抵达澳门后，澳门总督毕美达（AntóniodeMesquitaPimentel）出面举办欢迎宴会，期间有人询问明郑水师实力及对此战预测结果。对此，英国商馆馆主benson回应道“若无泰西海军助战，大员必胜”。消息辗转传到傅魁的耳里，亲眼目睹了琼海一战的傅魁深以为然，但大军行止已然钦定，他根本无权更改，不得已，多生了一个心眼的傅魁在集结的过程中动了手脚，以至于开战之日，南澳、铜山两地的粤省水师足足比金厦的闽省水师晚出发了一个半时辰
十月十七日上午寅时初刻，海坛、金门、厦门、铜山、南澳五地的三省清军水师同时祭旗出战。一个半时辰后，海坛方面的浙省水师率先点齐二百五十艘战船及二万五千名水陆官兵驶出海坛海峡直奔台湾本岛；又过了半个时辰，在金门外海集合完毕的三百三十艘闽省战船及三万五千水陆绿营也开始杀向澎湖方向而去；只有患得患失的傅魁还在慢悠悠的集合手下二百七十条战船
“该死的蝇蛆。”坐在最先的战船上，闽省水师闽安协副将苏亮冲着目光中时隐时现的郑军通报船放声咒骂着，要知道这两天郑军通报船仿佛如附骨之蛆自金门外海开始便轮流跟着清军的船团，时不时还消失一条，由此可见清军的动向已经全部郑军掌握了。“有胆子就放马来跟你苏老爷做一场。”苏亮的话音未落，一队高耸的桅杆突然跃入了他的眼帘。“该死，好的不应，坏的应。”苏亮再度咒骂着，同时命令道。“通报军门，郑军来了。”
十一月台湾海峡上盛行北风，清军由西向东原本是不顺风的，不过清军的硬帆船可以受八面之风，因此风向对他们的影响不大。而为了抢占丁字阵头，从东往西截击的郑军却是自西南方向而来，完全是顶风状态，因此吃亏较大。
也许是看出了面前的郑军处在不利的风向上，清军先头船约二十余艘下意识的做出了抢风迎战的举动，然而还没有等清军先头部队与走之字形的六艘郑军炮船接近，从上风方向突然杀出新的一队郑军炮船。
在强劲的北风作用下，快似烈马的郑军三千料炮船以令人瞠目结舌的速度追上刚刚转向完毕的清军先头船队，兜着清军战船的屁股就是一阵排炮。清军先头舰队措手不及，刚刚想有所反击，却又遭到最初六艘郑军炮船的夹击。面临着如雨一般宣泄的炮弹，完全以跳帮战为设计思路的清军战船根本无法抵御，很快便纷纷起火，等到追上来的清军主力船团靠近的时候，最初的二十余艘船中尚且能动弹的不足半数。
南下疾行的郑军炮船已经不可追了，但还在之字形行进的北上炮船却成了清军眼中的最好猎物，一众清军将领极力恳请万正色同意对其实施追击，但万正色却直觉认为郑军的行动有诈，可他还没有说出个子丑寅卯，另一队郑军战船又从东北方向杀向清军的后卫。
“该死！”万正色立刻明白过来。“郑军所用乃骑战之术，不断以小队切削我军，譬如石榴剥子一层又一层，又譬如旋刀刮削一圈又一圈，如此周而复始，不断削减本省水师的人、船。”但明白过来又怎么样，茫茫大海，除非能缠住对方，否则来去如风的对手完全可以用骑兵对付步兵的办法慢慢吞掉整个闽省水师。“传令各船以本官帅舰布圆阵，炮口对外，跟海逆对射。”已经离开金厦半天水程的万正色原本也可以下令向金厦突围的，但考虑到出兵即告失败的后果，再考虑到粤省水师即将到来等因素，无法壮士断腕的他终于选择了一条不归路。“固阵自守，最忌自乱阵脚，予海逆可乘之机。”
可是结成圆阵有什么用，先不说在结阵的过程中冒着郑军炮火的清军的战船损失了多少，结阵成功后，清军战船也不可能彼此之间不留缝隙，如此一来，直面郑军一条战船侧舷的也最多撑死了四五条船头，以四五门轻重不一，口径各异的火炮而已，籍此来对付郑军动辄倍数的单舷火炮，其结果自然是不言而喻的。
而且郑军并非停泊不动的跟清军拼消耗拼伤亡，面对采取一次齐射便扬帆而去的郑军炮船，原本连死靶都打不太准的清军炮手更是抓瞎，匆匆忙忙射出的实心炮弹十之**偏离甚远，只有一二枚能造成威胁的却也不过是近失弹，即便如有神助的命中一发，也最多造成郑军一两人伤亡，一两处随手可灭的小火灾而已。
当然因为郑军采用行进间炮击的战法，因此命中率也不高，但怎奈何郑军出动的炮船数目较多，三十六条三千料炮船分成六组往复不断的出没于清军船团的周遭，给南北两极及四条弦渐开线上的清军外围战船造成了极大的压力。再加上郑军广泛使用炽热弹，因此战斗持续了半个时辰之后，清军便彻底置身于水深火热之中了。
顺风燃烧的清军战船在失去驾驭者后撞上了自己的同伙，进而引发了更大规模的混乱，特别是引燃了一部分清军自己的纵火船，于是情况更加不堪了。万正色见到要继续保持圆阵已经不可能了，不得已，只得下令突围。