而在这一段时间之内，秦国也发生了诸多变化。
称王之后，秦国也就不必再谨守原本的三公六卿制度，可以堂而皇之的改革。
首先是彻底废除了秦国根本就不在的封君封邑制度，推行了郡县制度。
自秦国立国以来，秦国虽有勋爵，但是却没有任何一位封君。
秦国的宗室，大多都是秦邑的老秦人，与秦国王室的血脉关系稀薄，所以，也没有宗室子弟得到分封。
孤儿秦国没有封君，治理城邑的，也只是一些城邑大夫而已。
在改革郡县制之后，原本的大夫改官职为太守，职权虽然由原本的军政一体变成了军政分离，但是自身的待遇与地位并没有太大的变化。
所以，除了极个别的大夫心有不甘之外，大多数的城邑都非常轻易的完成了郡县制改革。
而在改革完成之后，经过紧接着推行的便是三公九卿制度。
先设最好行政长官为丞相，以姜默为相，总领秦国政务。
而后设太尉，为最高军事掌官，负责全国军务。这个官职被秦寿留给了白毅，又因为白毅远在巴蜀，所以秦国的军事暂时由秦寿亲自负责。
而后设御史大夫，地位相当于副丞相，暂时由咸宁担任，主官记事与监察百官等等。
下设御史中丞；侍御史，弹劾中央和皇宫一切事；监御史，中央派到地方各郡负责监督郡守的御史。
三公之外，便是九卿。
九卿之首为奉常，掌管宗庙礼仪。
秦国精通礼法的人并不多，所以由孔儒兼任。
又设郎中令，主管宫殿警卫，由黑夫担任。
设卫尉，主管宫门警卫，由李亚夫担任。
设太仆，掌管宫廷御马和国家马政，由秦龙骧兼任。
设廷尉，主管国家律法，由黄巨鹿担任。
设典客，主管外交事宜，暂时未有人任职，乃是由御史大夫咸宁兼任。
设宗正，掌管宗族事宜，由秦氏族老担任。
设治栗内史，主管国家税收，暂未有贤能任职，由姜默兼管。
设少府，主管王族产业，相当于是秦国王室的小金库。
在照搬完了秦国的三公九卿之后，秦国随即发现自己似乎漏了极为关键的东西。
其一是秦国的教育机构，其二是秦国的工业机构，其三是秦国的农业机构。
于是在三公九卿之后，秦国又设有三思。
一为“进学司”，主管秦国的所有教育事务，旨在为秦国培养人才，司正依旧是能者多劳的孔儒兼任，而若有咸阳学宫之中的教习，乃至于秦国将来官办学院的所有院正及教习，都会被充入其中，称之为“学官”。
其二为“劝农司”，主管秦国农业生产。设司农，由许远担任，主要负责为秦国培育良种，教导国人开荒种地等等。
其三为“百工司”，主管秦国的工业。设匠首，由公输墨担任，主管秦国的匠造，工业研发等等。
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