本愿寺由于十一代法主显如两个儿子确定谁做继承人的关系分为两个地方：三男本愿寺准如之本愿寺，称西本愿寺。至此，本愿寺分为东西两家。准如一脉的西本愿寺法统，被称为“真宗本愿寺派”，仍以正统自居；长子本愿寺教如一脉的东本愿寺法统，被称为“真宗大谷派”。东西本愿寺同位于京都，已成为一道文化风景线。
本愿寺家是伴随着“一向一揆”的爆发而达到鼎盛的。加贺国暴动的成功说明了其威力的强大，这也对其他宗派和战国大名显示了力量。虽然本愿寺家的法主不主张发动暴动来挑战社会，但是没办法控制汹涌澎湃的信徒。莲如上人的“不得诽谤国法，不得诽谤佛法，不得轻慢地头“守护”的法谕也渐渐被抛弃，从东海到中国，从北陆到四国，到处都有一向宗的势力。
一向宗的发展使得其他宗派和大名极为不满，他们决定联合起来扑灭一向宗。他们联合起来迫害一向宗信徒。莲如于1496年建的本愿寺于1522年被比睿山僧人焚毁，证如上人又重修本愿寺家，随着规模的扩大，本愿寺渐渐向着城市化发展。
到1523年，大阪城的前身----石山御坊就筑好了。它也成为一向宗的总部，指挥着全国的一向宗事务。
本愿寺家所具有的宗教优势在战国时期很明显，连年的战乱使处于战国食物链最底层的农民贫苦不堪。而对净土真宗的信仰能使他们得心灵有所寄托，因此全国净土真宗的教徒数量惊人，轻易就可发动规模浩大的一向起义。大名们在镇压领内叛乱时无论怎样残忍都不能根除信仰坚定的一向势力。许多久经沙场的名将曾死在口念“南无阿弥陀佛”，将生死置之度外的一向一揆众的起义上。所以本愿寺家也是一般大名都不愿得罪的。
看到这些和尚和信徒，何无敌心生一计，他派遣岛津良子和莲如和尚接触。许诺封他为日本国大法师。听到岛津良子的的话，正在打坐的莲如和尚睁开了眼，问道：“这是天皇加封，还是明朝皇帝加封？”
岛津良子说：“天皇加封有什么用？明朝皇帝嘉靖信的是道教，他是九重天的天帝转世。封你的是明朝驻大日本国总督何无敌将军。”
莲如和尚说：“何无敌将军是释迦摩尼佛转世专门来解救日本苦难的。”
岛津良子知道，本愿寺摊子虽然铺的大。可是外面的一向宗和尚们多是野心家。这些人搞起义搞一向一国，搞成了就不服从本愿寺了，搞不成就跑到本愿寺来避难。何无敌将军封他为日本国法师，一是安抚他，二是让他有个名号，这样如果西日本和九州的一向宗教徒不听明军指挥。明军就会出动大军和本愿寺僧兵一起围剿。
莲如和尚得了封号，拿到了明军赏赐的金钱，喜滋滋将僧兵交给了岛津良子指挥。