葡萄牙人取代了阿拉伯人成为了印度洋贸易的实际控制者；这直接导致了地中海的衰落，而南大西洋取而代之成为东西方贸易的主要航道；里斯本发展成为非洲贸易和东方贸易的超级中转站，所有来自这些地方的商品都被运送到里斯本，在几内亚公司或是印度公司进行分配调度后才能发往欧洲各地；在贸易活动丰厚利润的吸引下，大批的农民涌入沿海城市寻找出海机会，葡萄牙的农业出现了衰落的迹象，国家开始依赖于海外贸易；在向其他欧洲国家出口许多异国商品的同时，本国也开始大量进口外国的产品。
由于农业的衰落，农村劳动力的缺乏，依靠土地生存的教会和传统的贵族阶级不可避免地走向了没落；与此同时，从事商业活动的资产阶级和参与海外扩张的贵族或掌握钱财，或握有大权，成为了时代的宠儿；铺张浪费、盲目攀比的奢华之风也开始在社会上盛行；有钱人开始使用黑奴；在这片铺天盖地的铜臭味中，中世纪纯朴节俭的民风一去不复返了。
在航海活动的带动下，天文学、数学、地图绘制技术等等都得到了长足的发展；地理学、植物学、动物学、医药学等方面的知识也在此背景下大大丰富了起来；欧洲人认识了新的人种、新的民族、新的风俗习惯、新的宗教形式，开阔了眼界；葡萄牙文化在此时打上了深深的海洋的烙印，而葡萄牙语也开始成为一门世界性的语言。
伊比利亚半岛国家的航海活动是在文艺复兴的背景下进行的，反过来航海活动的发现又为文艺复兴运动注入了活力。建筑上的表现就是“曼努埃尔式”装潢的出现。文学上，记述航海活动的游记性质的散文开始流行起来，其中最著名的当属费尔南·门德斯·平托。他记述其远东之行的《游记》。因为这本书大大褒扬了中国和日本的文明和富饶程度，致使葡萄牙人都不愿意相信；还拿作者的名字开玩笑：Fernão Mendes Pinto 变成了Fernão， Mentes?— Minto!（意即：费尔南，你撒谎吧？—对，我就是在撒谎！）。另外就是文艺复兴时代最伟大的葡萄牙诗人路易斯·德·卡蒙斯（Luís de Camões，澳门译做贾梅士）了。根据当时流传在社会上的几本东方游记，再加上自己远航到印度和澳门的经历，他写出了歌颂达·伽马远航印度事迹的长篇史诗《卢济塔尼亚人之歌》（Os Lusíadas）。除了达·伽马的事迹之外，他还借诗中人物之口，讲述了从阿丰索·恩里克斯开国以来的葡萄牙历史，字里行间洋溢着无比的爱国热情。据说这部史诗最精彩的篇章就是在印度和澳门写就的。
至今澳门东方葡萄牙协会旁边的白鸽巢公园里面，还留有当年他曾经避过雨的山洞，旁边立有纪念碑。他逝世的日期六月十日（1580年）如今被定为葡萄牙及葡人社区日（Dia de Portugal e das unidades Portuguesas），供全世界的葡萄牙人纪念那段辉煌的过去。比卡蒙斯稍早的吉尔·文森特（Gil Vicente）被称为“葡萄牙戏剧之父”，写出了许多讽刺社会现状的戏剧作品。意大利诗人彼得拉克发明的十四行诗（Soneto）也在这个时候传入了葡萄牙，被卡蒙斯等人发扬光大，一直到十九世纪也仍然是葡萄牙文坛的主流。
但是，在这片繁荣背后隐藏着危机。从达·伽马远航开始，海外发现活动便不再是某个大商人或某个王子所能负担得起的了，庞大的远洋船队，军队的粮饷和弹药等等，都必须从国库拿钱。而这些付出并没有得到完全的回报。葡萄牙人总是在世界各地碰到驻军被杀害、商行被焚烧、舰船被击沉的厄运。开始时他们的巨舰大炮还能形成威慑力，但是时间一久兵员不足的劣势便暴露无遗。在印度的几个要塞总是受到当地人或阿拉伯人的围攻，日后马六甲等地也受到了荷兰人的骚扰。要维系这些要塞的所有开支都必须从海外贸易的收益中支出。东方商品的成本一下子就高了起来。这还是能为王国带来收益的地方；超级鸡肋北非更是困难重重，几个据点不断受到摩尔人的压力。
得到了来自东方的财富之后，国王曼努埃尔开始变得挥霍无度起来。用来自印度的黄金，他在里斯本建造了一座庞大而豪华的修道院：杰洛尼莫许修道院（Mosteiro dos Jerónimos，应该是为一个叫做圣耶罗米[S. Jerónimo]的教团兴建的）。这座修道院的完工标志着新的建筑式样的出现。这种建筑风格的装饰以海洋为主题，窗户周围和廊柱上雕刻着海浪、贝壳、远航的船只、航海仪器、远方奇异的海洋生物和植物等等。因为这种建筑风格始于曼努埃尔统治时期，所以被称为“曼努埃尔风格”（estilo manuelino）。今天这座修道院里面安放着四个人的遗体：第一个到达印度的航海家瓦斯科·达·伽马；撰写史诗歌颂葡萄牙人远航事业的葡萄牙文艺复兴时代最伟大的诗人路易斯·德·卡蒙斯（Luís de Cam?es）；十九世纪葡萄牙作家、史学家亚历山大·艾尔库拉诺（Alexandre Herculano）；以及二十世纪葡萄牙文坛上最伟大的诗人费尔南多·佩索阿（Fernando Pessoa）。
国王还改变了若奥二世时期对犹太人相对宽容的政策，下令所有犹太人必须改信天主教。这批被迫改变信仰的犹太人被称为“新基督徒”，他们的悲惨经历成为几个世纪以来葡萄牙文学的主要题材之一。伟大的荷兰数学家、哲学家，犹太人斯宾若沙的父母当初就是从葡萄牙逃难来到的荷兰。但是另一方面，在前任国王若奥二世的遗孀莱奥若尔的倡导下，于1498年在里斯本成立了以救助穷困为目的的慈善堂，并很快推广至帝国的每一片殖民地。该系统成为了现代社会保障系统的前身。澳门的慈善堂至今还在新马路市政厅广场上。1521年幸运儿曼努埃尔去世了，葬在了杰罗尼莫修道院。
继位的若昂三世是狂热的天主教信徒，在他任内耶稣会的组织正式进入了葡萄牙。后者藉着在东方的优异表现迅速取代了圣方济各会，成为海外传教活动中的中坚力量。为了培养传教人才，他还将数度易址的里斯本大学永久性的迁到了科英布拉，并从欧洲各地聘请了大批的有水平的教师，改革了教育体制并增加了教师的补贴。宗教裁判所也是这位国王任内开始在葡萄牙设立的。因此他得到了“虔诚者”（o Piedoso）的雅号。
不过，这时嘉靖皇帝正在为自己和葡萄牙国王签订的合约而高兴。从此，大明可以学习欧洲的先进知识，同时可以将设立工厂所生产的多余物资通过葡萄牙而倾销欧洲了。