与此同时，杨廷和掌握着裁汰原来六部尚书以下官员的权力。
外交部，卫生部，邮传部，工业部，交通部，农业部，新六部直接对皇帝负责，干得都是皇帝都想干的事情，由于事情进展的顺利，所以看起来越来越热火朝天。里面聘用的都是举人、秀才，监生，或是商人，有些干脆是兵工厂的员工直接调用。
他们都是实践着嘉靖皇帝主张的，这时一个尖锐的矛盾浮现了出来。原来的藩王后代经过繁衍，已经数量激增。明朝财政收入全部去购买粮食发放都有点不够。这让各位大臣头疼，连大权在握的杨廷和都不敢私自定夺。好在嘉靖皇帝英明睿智，他为解决长期困扰明王朝的宗藩问题而颁布实施的《宗藩条例》。明朝的宗藩制度始于建国初期，本身藩王还带军打仗，能起到武将的作用。后来明成祖经“靖难之役”继位，害怕藩王谋反，就让藩王除了混吃等死读书之外，什么都不许做。
在这个制度下，宗室家族世代承袭，只享受优厚的待遇，但却无所事事，成为由朝廷供养的一群寄生阶层。随着时间的推移，宗室生齿日繁，人数不断扩大，朝廷的负担也就日益加重。洪武时，山西惟封晋王一人，到世宗时剧增为两万余人;朝廷所支付的禄米也由每年1万石，增至87.2万余石。
这还仅仅是在山西一地，明王朝背上了沉重的负担，越来越无法忍受。面对严重的“宗藩”问题，嘉靖皇帝采取一系列措施，予以解决。更要命的是，湖北有全国四分之一的藩王。所以封在武昌的楚王要为自己建个坟，还得以二换一的将樊哙等人的后裔迁走。区区楚王府，第一代楚王朱桢的后裔，居然膨胀到近万人。当然，到这时只有少数人领到禄米。别的人只能靠自己谋生路，于是偷盗者有之，欺行霸市者有之。更有甚者，还有人勾结在一起盗掘坟墓的。明代时，汉代楚王刘交坟墓被盗。虽然，汉楚王刘交在自己墓碑刻上了“薄葬墓中无宝”字样，还是没有逃脱毒手。居然，这就有明楚王旁支庶出后代的一分功劳。这楚王从朱桢开始，与帝王血脉日渐疏远，但是因为楚王会来事。不断和各个皇帝交流，所以首任楚王居然获得了宗人府掌管的位置。以后的楚王，也很得皇帝们宠信。楚王对自己的位置看得很清楚，所以没有过谋反的举动。不过，官府对楚王系的庶出也不客气，犯罪的也不判罚，直接扔进长江里了事。后来上海滩的大哥们，绑人扔进黄埔江就是学的武昌府的官员。
嘉靖颁布实行的《宗藩条例》，它一方面限制诸王宗藩的请封活动，另一方面减少亲王的禄米，规定了数十条具体条款。这在一定程度上限制了宗室贵族势力的膨胀，减轻了朝廷的财政负担。一方面允许藩王后代们自谋生路，从事各个行业。
为了鼓励藩王们自谋生路成功，嘉靖以河南，山西，湖北，四川，河北五地作为试点。从嘉靖元年开始，所有的藩王只有长子一脉可以继承王位，而且首代藩王以亲王礼，后代则是郡王。以后，不断削爵，直到镇国中尉。最后，降为庶民。此外，都直接降低为庶民，靠自己的本事吃饭。
以前明朝的藩王制度，一个最大的麻烦，就是历代分封不断，只要是皇室子弟，就要分封给爵，就是要用国家的财政，把王爷们养起来，日久天长，越养越多，财政负担也就越大。
明朝养藩王的开支有多大？看看制度规定就知道：皇帝的其他儿子，要封亲王，亲王的世子袭爵，其他儿子都是郡王。郡王的长子袭爵，其他儿子要封镇国将军。再往下，镇国将军的儿子们，要封辅国将军，辅国将军的儿子封奉国将军，奉国将军的儿子封镇国中尉，如此世代传承，宗室里靠国家财政养活的寄生虫，可以说是几何级数增加。
而从财政开支说：亲王的固定工资，即禄米，每年就有一万石，郡王是两千石，镇国将军一千石，辅国将军八百石。其他的各类爵位，更都有数额规定，累积下来，本身就是个天文数字。另外还有每年不固定的各色赏赐，有时候甚至比固定工资还多。
而对于藩王来说，政治上没自由，吃饭穿衣受限制，但生孩子的自由，却是绝对有，大多数的藩王，都是逮着机会可劲生。生了就要给待遇，世代繁衍下来，人数滚雪球一样增加。就拿《天潢玉牒》里的记录说，到了嘉靖元年，明朝的宗室总数，就比明初膨胀了上千倍。
现在一改革，王朝负担的总量大大减轻。更重要的是，为了给明朝政府增加收入，并给藩王子弟一条出路，规定藩王不得纳妾，除非藩王妃离婚再嫁。各个宗室，以前娶了侧室的不用离婚，但是添加新的侧室不允许，除非原配离婚或者死亡。
同时，为了给宗室子女找出路，鼓励他们投身新设立的学校医院，以及航海部门。此外，农学，以及新设立的药学，化学行业，以及工业制造业鼓励他们参加。那些辅国将军以下的宗室对此非常欢迎，因为禄米虽然好吃，可是人微言轻的旁支未必能拿到手。更重要的是，有些贫困的宗室宁愿自谋生路，但是以前因为制度所限，他们不能如愿。
现在给了他们一个出路，这些宗室自然非常欢迎。同时，宗室可以充当营以下的低级军官，并鼓励操纵技术兵器。但是营以上的军官，不鼓励他们充当，这自然是为了防止他们谋反。