现在真正主政的是朱由检自己，所以这些人又把矛头对准了朱由检。他们虽然不敢明着指摘皇帝，但话里话外的意思，总是皇帝的一切决策全都不对。但是要问他们对时局有什么高见，他们却一句也说不上来。换句话说，他们纯粹就是为反对而反对，他们根本没有立场，也没有政见，有的只是争权夺利的野心。
朱由检对这些成事不足败事有余的言官，不但早就想找机会打压一下里面的个人，更想从整体上削弱他们的话语权。但是明朝的政治制度相当特殊，言官在朝廷中占有非常重要的地位，由于涉及“祖制”，朱由检一时还未敢轻动。
自洪武年间开始，太祖朱元璋为了加大对百官的监察力度，改元代的“御史台”为“都察院”，级别与六部并列。但由于都察院可以监督六部官员，实则是凌驾于六部之上。其官制设左右都御史各一人，正二品；左右副都御史各一人，正三品；左右佥都御史各一人，正四品。其下又有十三道御史一百一十人，正七品，分区域监察全国各地官员，故又称“巡按御史”。
除了御史之外，六部中也有类似职能的官员，那就是六科给事中。给事中掌侍从谏诤补阙拾遗审核封驳诏旨，驳正百司所上奏章，监察六部诸司，弹劾百官，与御史互为补充。六科分别对应六部，其中都给事中为正七品，给事中为从七品。
六科给事中与十三道御史，合称“科道”。别看这些人官品不高，但权力极大，任何朝政均可插手，就连内阁也不放在眼里。而且他们有个“优良传统”，那就是像非洲草原上的鬣狗一样，是集体行动的。只要有一个人带头参劾，其他人立即群起而攻之，不把要参的对象参倒，他们决不罢休。通过这种方式，科道官员控制了朝堂上的舆论，进而影响朝廷的一切决策。
本来朱元璋赋予科道官员如此大的权力，是为了让他们制衡权臣，避免大臣与皇帝争权。孰料科道官员因此上位，比那些实际办事的官员地位更高。从洪武朝以后，朝中重臣绝大多数都是科道官员出身，若是没当过御史给事中，压根就别想入阁拜相。时间久了，科道官员渐渐也形成一个小集团，现在集体参劾卢象升即是明证。
过去朱由检对言官的奏章，看不顺眼的往往是留中，置之不理。可今天不同，王都高赉明等人是在朝堂上发难，公然挑战自己的战略决策。如果不把他们嚣张的气焰打下去，皇帝的权威何在？日后的一系列重大改革，还怎么推行下去？
正当朱由检快要忍无可忍之时，又有言官不知趣地参劾孙承宗放弃通州，致使通州五十万石粮食落入敌手，城池还被鞑虏焚毁。
至此朱由检终于勃然大怒，暴喝一声道：“尔等所言皆出自朕意，你们是要公然抗旨么？”
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