奏折首先说的是“首逆”朱由崧。很显然，在戚显宗、孙传庭同时大败叛军后，除了流贼以外，朱由崧手中已无其他兵力，在内地无法立足，唯一能依靠的，就是那支神秘的舰队了。而该舰队在开出长江口后失去踪迹，能去的地方并不太多；能拥有如此强大舰队的势力，同样屈指可数。眼下的当务之急，便是让北海舰队移防长江口，同时全力调查舰队的身份和去向，待弄清来龙去脉之后再做计议。
奏折同时指出，朱由崧虽为“首逆”，但现在对朝廷威胁最大的，其实是已经不受朱由崧节制的流贼。而流贼又分为两大部分，一部分是在南京附近、刚刚被卢象升打败乞降的“曹襙”、王光恩、贺锦、贺一龙等部，另外一部分则是正在挥戈西进的李自成、张献忠二部。
对于南京附近的流贼，周延儒认为他们虽已乞降，但过去流贼诈降，或是降而复叛屡见不鲜，绝不可轻信。卢象升虽已奉诏回京，但李来亨、郝永忠、曹文诏、孟拱、刘全忠等部应继续拱卫南京，伺机继续进剿，以期彻底消灭流贼余部，或迫其真降。
至于实力最强、威胁最大的李自成、张献忠二部，周延儒给出的办法是，让原归孙传庭指挥的李定国、解勇二将率军追赶。他认为二贼或已入陕，或正要入陕，说明流贼始终重视陕西，官军正该在此与流贼决战。当然，把李定国和解勇调至陕西也需要时间，眼下留守陕西的官军必须死守潼关和西安。另外，可令南阳的左良玉，以及洛阳、开封一带的大明军第一师分别追击，但不可浪战，须等他抵达陕西后，再统一指挥行动。
因为奏折是明折递至内阁的，所以大多数官员都很快了解了周延儒的平叛方略。有不少人认为这个方略并无过人之处，甚至有些头痛医头、脚痛医脚，被流贼牵着鼻子走的感觉。更有王洽、杨嗣昌等人当即指出，流贼入陕后，目标未必是潼关、西安或是陕北，也有可能会向南入川，而周延儒对此却只字不提，实在堪忧。
但周延儒的奏折也确实有些新意。他认为无论是“四正”还是“六隅”，最大的问题是无兵可用，或是有兵而不堪用。导致平叛只能靠总督率军追击，疲于奔命，故此难以成功。因此他建议，“四正六隅”一共十省，可模仿河南的大明军第一师，临时打乱卫所军编制，同时还可以募兵，每省各组建一支机动兵力，设总兵官、副总兵官带兵，统归督师指挥。若这十省官军可用，剿灭流贼就指日可待了。
对此建议，大多数官员的第一反应就是反对，因为卫所军制乃是祖制，岂可随意变更。河南的“大明军第一师”，已经被他们视为眼中钉肉中刺了，哪能再多模仿？
但让他们郁闷的是，周延儒有皇帝撑腰。朱由检看罢奏折后龙颜大悦，当即下旨：“如今平叛剿贼为第一要务，事急须从权。朕既用周延儒为督师，便要用人不疑。所请一概诏准，钦此！”