还没安顿停当，大火已经烧了过来。原来因为北风太大，把火场中的一些可物从空中带了过来，有的落到城头上，也有少数落入城中。好在白天史可法刚见火起，就命城中做好防火准备，此时众人急忙救火，虽然不免手忙脚乱，好歹没引发城内的火灾。史可法赶紧调动手中能调动的所有力量在城上和城墙内严防，这才保住扬州这座千年古城免遭祝融之灾。
入夜以后，卢象升、史可法、曹诏等人在城头观火，无不触目惊心。卢象升不免担心深入流贼大营的刘全忠部，心想这么大的火，他们可别与流贼玉石俱焚了。不过在城北某处，每隔一小会儿便会有规律地响起炮声，卢象升一听便知必是刘全忠，这才放下心来。
这场大火一直烧了四天四夜，连信鸽都无法出城。卢象升很想追剿流贼残兵，以及向朝廷禀报此次大战的战况，可连城门都出不去，也只得作罢，每天只能在城头上望眼欲穿。不过对于连日恶战的关宁铁骑、天雄军、民团团勇、甚至是被俘的流贼来说，这四天可是这些天来最舒服的日子，最起码可以踏踏实实地吃饭睡觉了。扬州城的劫难，结束了！
不过包括卢象升、曹诏、史可法在内，任谁也没有想到和注意到，就在城外大火熊熊烧之时，一支规模相当庞大的舰队悄无声息地由此经过，疾速向上游驶去。这支舰队清一色悬挂黑帆，也不打任何旗号，在经过扬州城时，还特意选择夜晚通过。
夜间江面本就漆黑一团，再加上城内的人注意力全集中在大火上，竟无一人察觉。至于从南京来的水师战船，本来也没有夜间巡江的习惯，再加上武备松弛，这几天竟一直停泊在南岸，基本上什么也没干。
而此时此刻，西南方向七百里之外的湖口，一场史无前例的大水战也已接近尾声。就在流贼兵分两路，攻打滁州和扬州的同时，此前一直缩在鄱阳湖里的叛军水师，终于开始孤注一掷地向湖口的北海舰队发动猛攻。
对此戚显宗早有准备。北海舰队仍然运用娴熟的襙帆技术和炮击技术，在己方几乎不受损失的情况下，牢牢控制着湖口水路和江洲岛。几天下来，叛军“水军大都督”顾君恩的各种大小战舰损失几近百艘，大船就剩那艘做为旗舰用的艨艟巨舰了。而北海舰队只是三艘小型战舰受到冲撞轻微受损、伤亡几十人而已。不过北海舰队辛辛苦苦储备的弹药亦消耗大半，有的战舰已经全部打光。
这一天清晨，叛军战舰再次冲击湖口，北海舰队刚刚迎战，威海号上负责瞭望的水兵突然高声叫道：“西面发现大批战船！”
话音刚落，数里外一声闷响，水兵当即失声惊叫道：“那些战舰对我们开火了！”