每营主官称参将，是一营主帅，直属有一旗卫兵和一名亲卫总旗、小旗，职责同上；营还有副统领一名，称游击，直属有一什卫兵；营镇抚一名，直属辅兵三百，职责同上；督军一名，直属督兵队两百人，负责维护军纪、阵前督战（注：督兵直属督军，防止军官叛乱）。医官一名，下辖医护兵二十名，组织医疗队，负责进行军队医疗和战时救治。
一营还有直属的一个局的2门10人组8磅红夷炮、4门10人组6磅红夷炮、8门8人组4磅红夷炮、4门10人组千斤弗朗机大炮、6门8人组三百斤小弗朗机炮的混合炮队。
此外还有2到3个局的骑兵队，一个旗的斥候队，人数总计约3600人。
两个营合称镇，镇设总兵官一名、副将一名、镇抚使一名、督军使一名，总医官一名。
其中镇抚使直辖一个部辅兵约一千；督军直辖两个局督军队约五百；总医官直辖一个旗医护兵约五十。
一个镇还有直属一到两个部的骑兵队、一个局的斥候队、两到三个局的混合炮队，共有约二十门大小佛朗机炮，三十门大小红夷炮。再加上木匠、铁匠、皮匠、火夫，医士等后勤人员，一镇总计战、辅兵约9500人。（骑兵、炮队这些都是理想中的兵力火力配备，事实上由于缺乏足够的马匹和火炮，肯定会缺额很多），加上辅兵，一镇的实际兵力约8500余人。
辅兵的要求虽然没有战兵那么高，但也不低，新军制里辅兵也列入军籍编制，平日里和战兵一同出操，战时承担运送粮草，军械、搭桥、建营等后勤任务，战时尽量少雇佣民夫，以免出现意外导致战败，必要时，要和战兵一起战斗。可以说，新军里，辅兵的战斗力只是略输于战兵。
新的营制取消了大明后期的顽疾家丁制，同时朱由榔也根据前世的经验，再结合这世将领拥兵自重的现状，对军队的基础结构进行改组，主将的权力受到限制和分散。也大大弱化了主将的权威，只保留了操训和领兵作战的权力，执法权和赏罚权都被剥离了出去，分给了督军和镇抚。
主将掌管作战操训大事，临阵杀伐决断，便于军令畅通。平时督军执掌军法奖惩，记录军功，掌握下级的用人推荐权，是对主将明面的监督。
镇抚掌钱粮和宣传教化，与士卒打成一片，掌握军队的人心，暗地对主将和督军进行监督。督军和镇抚都由上级集体任命，同级主将有推荐权。军官升迁互调利于军官的竞争培养，加强了对军官的驾驭，使其不能抱成一团，仗势横行。
战时讲究的是临机而断，不能扯皮，商议来商议去，战机稍纵即逝，主将杀伐决断集与一身，督军只需服从执行，众心才能如一。平日权力分散，督军、镇抚各依权责而行，三人互相牵制，各成体系。如此，军队里以下凌上，变易主帅之事将再难发生！
水师的编制和陆师的编制总体区别较大。
根据不同载重的战船，需要布置不同的兵种和兵力，水师不着甲，统一以鸳鸯战袄作为作战军服。
京营水师的暂定编制如下：
以200料作为最小的战船。每艘额定战兵15人，其中肉搏队6人，统一装备腰刀、藤牌；火枪队6人，配备鸟铳和腰刀，和一定数量的弓、弩；因为船上作战摇晃，弓、弩有时比火枪效率高。炮手3人，负责操作1门虎蹲炮，再加上舵工、瞭望手、开船的水手等辅助人员，共计25人，包含正副船长、船长职同总旗、船副值同小旗。
300料，400料，500料直到千料大船。战兵和水手、炮手的数量逐步对应增加。船长的品级也相对应提升，500到800料的船长值同把总、千料以上的船长值同千总。总兵、参将等独立领军，统领船队。
其中500料大战船，至少要装备大小弗朗机炮6门，虎蹲炮10门。
千料战船，至少要装备大小红夷炮12门，如果真的装备齐了，火力还是很强大的。非常适合用来海战，内河水战的话，反倒笨拙，用500料以下的战船足矣，以300和400料的作为主力战船。每船配备二十多个肉搏和火枪兵及十几个炮手。操作3到4门弗朗机炮。
内河战船适宜多配佛朗机，因为交战距离短，佛朗机后装炮因为漏气导致射程短，威力小的劣势不明显。而比前装红夷炮装填炮弹简便，连续射速更快。扬长避短。到了海上，就是红夷炮的天下了。当然这些装备的配置也都是理想中的设计，京营水师的实力暂时远没达到这程度。
总兵级以上的将校对应散阶上将军；游击级以上的将校对应散阶将军；把总级以上将校对应散阶校尉；什长级以上将校对应散阶都尉。
军服分为朝服、战服两种，有夏冬两季各两套。
朝服分九品十八级，以散阶为准，以传统汉服为样式，红色为主调，对原有朝服进行改良，在前面和后面绣散阶标识以划分级别。
战服以大明制式军服鸳鸯战袄为准，一律包铁网，护心镜以为防护，有条件可披棉甲、皮甲、铁甲等铠甲护身，胸口绣散阶标识以划分级别。
各营军旗，规定：军旗自营级开始拥有，一面军旗代表一支军队。旗在，即使军队打光，也可以重建；旗毁，即使军队尚存，也必须解散。
军旗以火红为底，正中绣着由一条黑龙团成一个日圆形在左边，一只火凤飞翔成半月形在右边，组成的一个“明”字。寓意着大明帝国、困龙出海、凤凰涅槃、浴火重生。新军旗顶测绣“日月不落，永耀大明”，右侧绣各部番号。
大明原来的爵位制、散阶、镇戍营制、卫所营制、五军都督府各级官职全部取消，对应配上新的爵位、散阶、官职、营制。这是一个大工程，草案出来后，皇帝召开朝会，内阁、六部诸大臣及京营、西军各高级军将全体参与商讨，尽快使之完善。
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