从“七七芦沟桥事变”到太原沦陷，短短几个月的时间，阎锡山的十几万晋绥军主力，已经丧失了70%，手中仅剩下两三万人；山西半壁河山，陷入敌手，一些未沦陷的地区，政权也已处于瘫痪状态。又一路向南溃退的阎锡山此刻并没有绝望。一方面是因为以临汾为中心的晋南还在阎锡山的掌控之中，而另一方面在抗战爆发以来，阎锡山颇为信任的青年才俊—薄一波一直都没有令他失望。
薄一波于1937年8月所组建了第一支山西青年抗敌决死队虽然没有参与晋北和太原的战役，但是发展迅猛。平型关鏖战之时，薄一波所统率的“青年抗敌决死总队”已经发展到一个团兵力，准备在五台山地区建立抗日根据地。但是在太和岭口—阎锡山前线指挥所驻地。薄一波却向阎锡山提出：“上党地区是军事重地，我要求率部队到那里去，建立一个抗战的立脚点。”
上党地区位于今天山西省的东南部，主要为长治、晋城两市.它是由群山包围起来的一块高地。其东部、东南部是太行山脉，与今河北、河南二省分界；西南部为王屋、中条二山，与今河南省分界；西面是太岳山脉；北面为五云山、八赋岭等山地。上党地区地高势险，因此自古为战略要地，狄子奇的《国策地名考》上说“地极高，与天为党，故曰上党”。战国时代有名的长平之役便是由于缘于秦赵两国争夺上党。
当时的阎锡山刚刚以天镇、阳高战役擅自撤退的名义枪毙了晋绥军第六十一军军长李服膺。李服膺跟随阎锡山多年，阎锡山为了平息山西民怨而杀他，多少有些“挥泪斩马谡”的意味，同时也反应出当时阎锡山对晋绥军将领们的失望。因此当薄一波提出率部到上党去发展的提议，立即得到了阎锡山的同意。阎锡山更认为薄一波一介书生能有此等眼光而大喜过望，立即任命薄为山西第三行政区政治主任（后改为山西第三区专员公署专员）。
阎锡山并不知道薄一波的背后早有朱德和**两位战略家的指导。“青年抗敌决死总队”挺进上党揭开了中国**人建立太行、太岳抗日根据地的开始。而自太原失守后，国民政府在华北的抵抗基本结束，其政府官员也基本跑光了。旧政权虽已被日军摧毁，但在广大农村和大多数的小城镇，日伪政权还没有建立起来。因此华北大地之上出现了一段短暂的政权真空。**中央敏锐地抓住了这个宝贵的时机，**强调：“整个华北工作应以游击战争为唯一方向。”**建议：把八路军在三个月内扩大到十万。那时，在华北广大地区，到处是要求一心想将日寇赶出家园的民众，到处是溃兵扔下的枪支，人与枪结合起来，加上**的领导，立刻就变成了抗击日寇的武装力量。
而薄一波抓住这一契机，正式向阎锡山建议，组建5至10个旅的新军。阎锡山听了非常赞同，马上批准先组建5个旅，并以第二战区司令长官的名义发布命令，由薄一波全权负责，从速组建。而从新军组建开始一直到临汾失守之前，阎锡山对新军的态度是支持的，因为此时他一直依靠的山西旧军**的一面已经充分暴露，部队在日本人的进攻面前一败涂地，地方政权全部瓦解，即便尚未沦陷的地区竟然无人敢出来执政，连县长也无人敢当。“十月山西人人忙，富人搬家忙，穷人心惶惶，军官扔部属，小兵扔大枪”，就是这种现实的真实写照。
面对这种状况，阎锡山深感要想求得“存在”，依靠旧军、旧政权已经不可能，而牺盟会和新军敢于深入敌后发动群众，开展游击战争，坚持抗战，建立抗日民主政权，这就成为他当时能够依靠的唯一的力量。阎锡山对牺盟会和新军的发展和活动，很少加以限制；对**人提出的绝大部分建议和意见，也都能够采纳和实施。而且在公开场合或者小圈子内部，阎锡山都表示了对新军支持和赞扬肯定：“‘决死队’是革命的，抗战是最坚决的”，“薄一波不是军人，但他们练下的军队能与敌人打，这就是因为他们的办法是革命的、进步的”。牺盟会和决死队是“革命青年”，一切办法自然都是革命的。
在阎锡山的支持之下“青年抗敌决死总队”由原来的四个总队（相当于四个团）发展成四个纵队（相当于十二个团），并成立了政卫队。原来只有几百人的工卫队，也发展成相当于三个团的工人武装纵队。此外，还成立了许多独立的抗日游击支队，各县又组织了人民武装自卫队。通过阎锡山，牺盟会还推荐和委任了不少县长和县武装自卫队长。
1938年1月，晋察冀边区成立人民政府，经各界民主选举产生了“临时行政委员会”，但还要得到******政府批准才“合法”。一天，薄一波从敌后到阎锡山的驻地办事，梁化之告诉他：**在晋东北成立一个“晋察冀边区临时政府”，来过七次电报，并派胡仁奎来活动，请求批准。阎锡山回答说：“我只管一个晋，怎么能批冀，还有察呢？”
薄一波立即找到阎锡山，说：“听说晋察冀边区要申请成立临时行政委员会，这是件大好事，应该马上批。正如你所说，现在兵荒马乱，正是八仙过海、各显神通的时候。这个委员会中，有七个委员是我带到五台山地区准备在那里建立敌后抗日根据地的人，他们都是我们的人。你批准了，我们的势力就可以扩充到河北、察哈尔。因此，批准是上策，不批准是失策。”阎锡山听后觉得有道理，马上就批准了，并电告******中央政府行政院备了案。中国**对这一段时期在山西发动群众，组建抗日武装的薄一波有过一个形象的比喻，说他是“戴着阎锡山的帽子，说着**”的话，可谓形象。
但是从1938年初开始，日军华北方面军为使华北、华中连起来，以图占领徐州、威胁武汉，即开始了向黄河北岸中**队的进攻作战。2月初，日军从北面、东面分两路向晋南大举进攻，欲打通同蒲线，夺取风陵渡，聚歼中**队于黄河北岸。为实现这一进击意图，侵华日军第一军司令官香月清司集中第二十、第一○九师团，第一○八、第十四师团各一部向山西省南部及西部进犯，采取兵分两路、分进合击、迂回包围的战法。其中，一路由太原沿同蒲路南下，一路由平汉路沿邯（郸）长（治）路西进，由此造成晋南重镇临汾陷于被围危险之中。而当时阎锡山的第二战区长官部、卫立煌的第十四集团军总部、山西省绥靖公署、**中央北方局以及八路军驻晋办事处等军政机关都驻在临汾，战场态势可谓极为不利。
日军的大举进犯，使国民政府不得不放弃已经酝酿多时的反攻太原作战计划，而组织东线防御，以抵御东线日军向西进犯，稳定晋东南局势。但是除了八路军在灵石、孝义以西地区、午城、井沟一线打了几场漂亮的伏击战之外，**各部皆接战失利，纷纷从临汾转移到吕梁山的隰县、大宁、吉县等地。当时，阎锡山数次向******中央政府请求，蒋介石才允许第二战区指挥部过黄河移至宜川县秋林地区，但不准其部队到黄河以西，只能在山西坚守作战。阎锡山此时也提出了“守土抗战”的口号。在毫无退路的情况下，阎锡山命令他的第十九军组织了川口战役。王靖国将两个师部署于隰县东北的川口和大麦一线，想阻击日军前进，但又以失败告终。
临汾沦陷，日军打通了同蒲路占领了风陵渡。从事实上已经扫荡了阎锡山在山西所有的地盘。阎锡山经蒲县、大宁、乡宁、吉县，退到陕西宜川县桑柏村之后，似乎回过味来了。这时，八路军和牺盟会、决死队等抗日进步力量，却在敌人后方，在山西广大农村和山区，积极发动群众，建立敌后政权，开辟抗日游击根据地，使抗日救亡的烈火熊熊燃烧起来。阎锡山看到这种局面之后，进一步感到抗战不到一年，崩溃了的是他的军事力量，瓦解了的是他的旧政权，而强大起来的却是**、八路军和牺盟会、决死队等革命力量。这种为他人作嫁衣的感觉，使阎锡山惴惴不安。
1938年12月汪精卫叛国投敌；1939年******五中全会蒋介石发表“抗战到底”就是“恢复卢沟桥事变以前状态”的谈话；会后连续颁发了《共党问题处置办法》、《防止异党活动办法》、《沦陷区防止共党活动办法》，实行“防共”、“溶共”的**政策。在这种形势下，阎锡山的政治态度显著起了变化，走向阴谋**、对敌妥协的道路。1939年3月在陕西省宜川县秋林镇召开的“军政民高级干部会议”。
会议中，阎锡山鼓吹妥协论。他一再说，抗战削弱了“二战区”，壮大了**八路军，“要自谋生存之道”。认为中国抗战前途将是：“中日不议而和，国共不宣而战。”、“抗战与和平是个政治问题。不能说主张抗战就对，主张和平就不对”；“不能说汪精卫是汉奸”；“蒋(介石)先生脑筋中决无抗战之意，今天是如何妥协的问题了”。讲到统一战线，阎说：“今天光讲抗战不讲复兴是不对的。共抗战是朋友，共复兴是同志。今天要团结同志，打击朋友。我不能背上棺材抗战。”阎锡山鼓吹对日妥协投降的言论，遭到以薄一波为首的牺盟会和新军代表的抵制和反对。牺盟会方面要求阎向全国发出声讨汪精卫的电文，遭到他的拒绝，他说：他“从来没有用个人的名义去反对另一个人”。