四月十九日，捻匪至渭南赤水镇，华州团练约集华阴乡团合力堵贼。迨华阴乡团齐集华州，询及华州回汉砍竹跶架之事，因而团练中有无赖者，忽起抢劫回民之念，然难以为辞。遂声言回民将作捻匪内应，必先除内患，然后再堵匪贼。二华团众，即寻至华州之秦家村。
秦家村者，系华州回民居住之一所也。团众直至秦家村，声言‘回民造反，必先剿洗！’而秦家村回民自知无罪，苦口哀求，团众坚执不允，登时将秦家村放火烧毁，任意抢，劫。团众此时，心满意足，饱载而归。恐回民之鸣于官而治其最也，又于各处飞递传单云‘陕西不留回民，天意灭回！必将回民歼除净尽，回房烧毁不留！’
各处见传单后，助粮助兵。有不从者，仍以烧房杀戮为令。遂致回民居住不安，逃避无处，绝无生理，拼命相争。
左宗棠在写给吴可的信中，认为回民起事实由汉人激变，团诱民变，汉激回乱。这里所说的汉人是指地主团练，他认为回民叛乱是由团练屠杀引起的。
左宗棠对于陕西的民团十分反感，他认为陕西团练之设，名为弭乱，实为乱阶，推原其由，善良者畏事，绝不与闻；刁滑者喜事，争先恐后。迨至充为团练头目，吓诈乡邻，借端索求，又有无赖游民，每日支得口粮，百十成群，抢，劫成风，此风一炽，天下多事矣。如今岁关中回汉相杀，虽实回民滋事，实由汉人（地主团练）有以激之也。
陕甘地主团练四处飞递”灭回”传单，”各处见传单后，助粮助兵，有不从者仍以烧房杀戮为令。遂致回民居住不安，逃避无地，绝无生理，拼命相争。如同州府、咸阳、泾阳等县，乡团尽将城内回民男妇诛戮，房屋烧毁无存……遂致咸阳、同州各处有围城之举。传单所到之处，汉人（地主团练）先行攻打焚烧，倘遇回民噍类不留。未经旬日，陕西各处回民俱行激变。
当然左宗棠作为传统士大夫阶层，尽管对陕西民团所作所为十分不满，认为没有陕西民团所作恶事，陕甘两地回乱不至于闹到不可收拾之地。
他心中对回民也十分排斥，虽然认为陕西地方团练做得有些过火，但也没有为那些叛乱的回民伸冤的意思，在给吴可的信中字里行间杀气腾腾，可想而知他心中对于回乱是何想法了。
吴可对此也没说什么，立场不同想法便绝然不同，他此时只能做好本分之事，至于左宗棠的想法他左右不了。
而除了回汉直接冲突之外，朝廷与伊斯兰教争夺回民主导权的门宦之争，也是导致这次大规模回乱的因素之一。
门宦来源于汉族的“宦门”“门阀”一词，是中国穆斯林的特有组织。它上有教主，道堂，下有清真寺，形成一个严密的组织。教主一呼百应，教徒唯命是从。门宦之间，各自**，相互排斥，矛盾和冲突经常发生。
明末清初，随着甘肃回族聚居地区农业经济的发展和回族内部矛盾的激化，甘肃伊斯兰教内部产生了三大教派（格底目，依黑瓦尼，西道堂）和四大著名哈里发（虎夫耶门宦，哲赫忍耶门宦，嘎的林耶门宦和库不忍耶门宦）。
乾隆时代起首先在甘肃河州一带回民中出现了政教合一的哈里发国家。哈里发制度作为新的政治力量的兴起，改变了原来的政治格局和民族关系，派生出十分复杂的内外矛盾。
朝廷对门宦势力采取了严厉打击和极力压制的政策，这不仅表现在朝廷自乾隆以后竭力企图取缔回民的哈里发门宦组织，而且这一政策直接演化为大清王朝对整个回回民族的歧视和排斥。
这种粗暴的干涉政策激起了西北回民的激烈反抗，这样很自然将斗争的矛头指向朝廷，使回民有了一个共同的反抗目标。
随着伊斯兰教的发展和苏非主义在西北回族社会中的进一步传播，甘、宁、青地区的一些回族在远赴麦加朝觐期间接受并学习了新的伊斯兰教理论，回国后便积极传播，并得到广大穆斯林群众的热烈欢迎与支持，使得具有较高组织程度的各种门宦开始出现在回族社会中。
随着门宦的形成和门宦制度的发展与完善，回族社会内部又发生了巨大的变化，这个变化就是回族社会内部组织化程度的加强与提高。而这个变化过程所引发的社会整合使原有的社会关系发生了重大的改变。这种社会关系的改变在西北地区穆斯林民族的内部与外部都发生了重大的变化。
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