在音忍一行往大蛇丸方向去的时候，一支由漩涡鸣人、奈良鹿丸、犬冢牙、日向宁次和秋道丁次组成的小队在身为中忍的鹿丸的带领下开始了营救佐助的任务。途中，小队的队员分别先后和音忍四人组的成员进行单挑。这期间君麻吕出现，带走了棺桶，但最终被鸣人追上。这时佐助完成了咒印的升级，破桶而出。恰巧小李赶到，拖住了君麻吕。鸣人最终在终结之谷追上了佐助。
佐助见鸣人穷追不舍，便声称要杀死鸣人。鸣人虽然感觉到佐助的杀意，但决心无论用什么手段都要把佐助带回村子。于是两人开始了大战。起先佐助占据了上风，后来鸣人使用体内九尾的力量力压佐助，但佐助在对阵中“升级”了他的写轮眼，又再度和鸣人打成平手。这时鸣人体内的九尾让查克拉环绕在鸣人周围，并长出一条尾巴，而佐助则使用了咒印的状态二，变成了鹰的形态。两人各自使出绝招――鸣人的九尾力量的螺旋丸和佐助的咒印状态的暗黑千鸟在终结之谷的大瀑布上碰撞。在僵持状态下，佐助击中了鸣人，而鸣人则在佐助的护额上划出了一条裂纹。两种强力忍术的碰撞产生了巨大的爆炸，爆炸的威力足以山崩地裂。之后，鸣人昏倒在地。胜利了的佐助并没有杀死鸣人，因为他要用自己的方式获得力量，而不是像鼬所希望的那样做。佐助离开了鸣人，去寻找大蛇丸。
第二部开始时，佐助的面貌没有太大的变化。他依然冷酷，而且自称斩断了鸣人之间的羁绊，全身心地去追求力量。在三人再次见面的时候，佐助攻击了鸣人和小樱，不留情面。但另一方面，对于一些陌生人，他反而不大愿意随意杀戮。佐助和大蛇丸之间也仅仅是互相的利用关系。和其他音忍不同，佐助对大蛇丸既不恐惧也不尊重。只有在训练的时候，他才愿意和大蛇丸在一起。佐助没有佩戴音忍的护额，他身上唯一的标记就是宇智波一族的纹章。
在第一部到第二部的两年半时间里，佐助的能力大大提高。他使用草雉剑作为武器，并开发了新术千鸟流，可以让全身布满千鸟，攻击靠近的敌人。他还掌握了雷系查克拉的形态变化，可以不借助任何媒介使查克拉刀任意变化。可能由于大蛇丸的影响，佐助学会了类似潜隐蛇手的忍术。他对咒印的控制能力也大大提高，可以做到将身体的一部分提升到咒印状态，实力变得深不可测，甚至可以通过写轮眼与鸣人体内的九尾对话以抑制鸣人九尾的力量。
在第二部中，佐助在和佐井见面时初次登场。他对佐井的出现无动于衷，还对大蛇丸的迟到表示不满。当佐井表示他会与比佐助更加好地和鸣人合作时，佐助用写轮眼震慑了佐井。此后佐井试图帮助鸣人和小樱，将佐助带回木叶村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬，就算大蛇丸夺走他的身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
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