说起混沌宇宙战士的来历，还要追溯到帝皇再世，人类还是一个统一帝国的时代。
帝皇麾下的三大审判庭中，阴影审判庭是最先成立的，它是帝皇维持统治的重要工具。随着星际大开发步伐的加快，为了应对各种外形生物的威胁，异型审判庭也成立了。
按理说，至今为止，人类依然没有发现任何外星智慧生物的存在，专门处理人类叛徒的异端审判庭是没有必要存在的，但事实上，异端审判庭却是三大审判庭中，规模最大，任务最重的。
进入星际时代以来，许多种族从原生人类中衍生开来，不过无论他们自称是兽人，矮人，还是精灵，都还属于人类的范畴。但是有的类人生物，却不在这个范围之内。
比如混沌人类。
这个特殊的群体，在异端审判庭秘本上记载的首次出现时间，大约是在七百年前。先是在一些生活条件艰苦的偏远行星，出现了一小撮精神体格异常，信奉怪异宗教的狂热分子。
起先，这些人并没有引起帝国的足够重视。但是他们就像旱季非洲草原上燃起的一把火，很快就形成了燎原之势。
而且据阴影审判庭传回来的情报，那些异教徒就像是感染了病毒的丧尸一样，嗜血，狂躁，极富有攻击性。更可怕的是，他们的情绪似乎有极强的感染力，能够迅速同化身边的人类。这种能量不但在动摇帝国的统治，也在威胁着整个人类族群的生存。
帝国科学部门对几个异教徒俘虏进行了**实验后，发现他们的身体内，都存在着一种不明能量，正是它，导致了人类的变异。
在了解到这种能量影响的变异是不可逆转，不可治愈的以后，帝皇下达了命令，对八颗情况最严重的星球进行了饱和式轨道轰炸。原本充满了绿色生机的星球，就这样变成了表面土地完全熔为玻璃的死亡之地，上亿人类死亡。
然后，帝国内部的大清洗开始了。代价惨重的休克式疗法过后，帝国科学部门和帝皇经过深入研究，终于初步了解这种能量的性质，并且将其命名为“混沌之力”。
帝皇成立了异端审判庭，专门负责对混沌势力。帝国的几位对精神原力造诣深厚的灵能大师，研制出了一种能够大大提高对混沌之力抵御能力的精神屏障，也就是赎罪刻纹。
不过这种刻纹只能施放与女性身上，所以异端审判庭的主力战斗部队，都是女性。
然而，异端审判庭的成立，并没有完全阻止混沌之力在人类世界的蔓延。
纪元483年的某一天，帝皇钟爱的儿子们，人类力量的顶峰，宇宙战士们，叛乱了。
此次叛乱的规模之大，影响之深远，也许只有旧地球时代那场毁灭了全球的核战争可以媲美。
数量接近一半的宇宙战士放弃了人类的荣耀，人类的忠诚，投入了混沌的怀抱。他们在不明人物的率领下，向帝皇的皇宫发起了进攻。
帝皇率领着剩下的宇宙战士，进行了英勇而惨烈的战斗，最后，付出了生命的代价，才将其击退。伤亡超过百分之八十的混沌宇宙战士，终于退回了未知的空间。
帝皇死后，人类帝国很快分崩离析，曾经并肩战斗的宇宙战士各个战团，也成为了敌人，刀兵相向。不过，三大审判庭和各个宇宙战士战团还是秉承着一条最高命令：以消灭混沌为最优先考虑。