闽地空虚，有逃遁山谷的闽越遗民复出，故于东冶旧地设一侯官驻军镇之，远属会稽南部都尉管辖。昭帝时因闽越遗民相聚渐多，立冶县。东汉初属改冶县为东侯官都尉。东汉灵帝中平五年，改刺史为州牧，直接掌握一州的军事、行政、民政等大权，位于郡守之上，十三部遂成为郡以上的一级行政区划，郡下设置县。东汉汉献帝建安元年，会稽太守孙策攻侯官，废侯官都尉，并上表奏请于会稽南部分侯官北地设立建安县、南平、汉兴三县，寓意建安年间、南方平定、汉室复兴，连同侯官县为闽地最早正式设立的四县。
建安八年，孙策进兵建安，平定三县，设南部都尉府于建安县，析建安县桐乡设建平县，连同闽地原建安、南平、汉兴、侯官四县同属南部都尉府，建安县开始成为全闽地经济政治中心。
吕蒙是赫赫有名的东吴大将，江陵一战，蜀将关公兵败麦城，吕蒙立功至巨，孙权任命他为南郡太守，封孱陵侯，赐钱一亿，黄金五百斤。封爵还未颁布，吕蒙疾病发作。孙权准许吕蒙搬到建安县的云际山安居养病。
三国吴景帝时，因人口日益繁多，析建安县校乡设邵武县，绥安，将乐县等等。三国吴景帝永安三年，于建安县新设设建安郡，改南部都尉为建安郡太守，下辖建安、建平、吴兴、东平、将乐、邵武、绥安、南平、侯官、东安十县，基本囊括闽地全境，并成为孙吴最大造船基地之一。
晋武帝太康三年析建安郡侯官、东安二县设晋安郡，治侯官县，于晋安郡新设八县。南朝陈文帝永定元年合建安、晋安两郡为闽州，治侯官县。天嘉三年晋安郡陈宝应拥兵自立，攻建安郡城，建安郡太守萧干拼死抵抗，不为所制。天嘉八年，陈文帝派兵入闽援建安，剿陈宝应，复建安郡，攻晋安郡，全复闽地。光大二年改为丰州，建安郡属之。光大年间析晋安郡地设南安郡。
隋文帝开皇三年，隋文帝将地方州、郡、县三级制改为州、县两级制。开皇九年隋军南征攻陈，于建安郡遭重创，日久城破，屠建安县城，闽地入隋。开皇九年平陈厚，废晋安、建安、南安三郡，改丰州为泉州，州治闽县。大业二年改泉州为闽州。大业三年改闽州为建安郡，治闽县，原建安郡城为属县。
唐高祖武德元年改建安郡为建州，州治闽县。四年，迁建州州治于建安县，辖建安、闽县、唐兴、建阳、将乐、绥城六县。六年，析闽县地复设泉州，辖闽县、侯官、长乐、连江、长溪五县。八年，建阳并入建安县。
太宗贞观三年，建州绥城并入邵武县。后复置沙县、将乐县、建阳县，同属建州。垂拱二年，析泉州南部分新设漳州。景云二年，改泉州为闽州，而新设泉州于闽南。开元十三年，因闽州西北有福山，改称福州都督府。玄宗开元二十一年，各取福州、建州首字，设置福建经略使，闽地始有福建之称。
五代后梁开平三年，封王审知为闽主。五代后晋高祖天福六年，封王审知之子王延政，建州镇安军王延政为富沙王，此后与闽主互攻不已。五代后晋天福八年，富沙王在建州称帝，改国号为大殷，次年复改为大闽，复称闽王，以建州为首都，辖福建全境福、建、泉、漳、镛、镡州六州。南唐保大四年唐兵攻闽国，破建州城，劫掠一空，并迁闽王族于金陵。改建州为永安军，旋改忠义军，下辖建安、闽县、浦城、将乐、建阳、松源、建宁、归化八县。北宋太祖开宝八年，平南唐，复称建州。