他在泷隐村杀人取尸体后和带土对峙时，自称已经超越二代火影和大蛇丸，将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门秽土转生，并且以提供带土目前缺乏的战力来换取佐助交涉条件，对带土提议携手合作。
带土本来因他以佐助为目标而想拒绝他。但兜在黑绝的帮助下找到了宇智波斑的尸体并秽土转生，最后带土被迫同意。
交换条件是战争结果出炉前不能与佐助碰面，以及必须接受带土的监视。由于兜对转生者的束缚力不够，于是绑架前来侦查御手洗红豆，并吸收她身上咒印的大蛇丸查克拉以强化控制力。
其后，药师兜与宇智波佐助及用别天神摆脱秽土转生的宇智波鼬交战，兜在交战后被伊邪那美击败后，被宇智波鼬用幻术控制解除秽土转生，除了宇智波斑之外，所有被秽土转生的灵魂都已解除秽土转生。
但是宇智波斑知道如何脱离秽土转生的控制，在秽土转生即将解除之际，终止了与转生者之间的通灵契约，才得以继续留在战场，随后以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式，取回自己的查克拉后与鹰小队同行。
兜最终重拾自我，终于脱离了鼬的伊邪那美，以仙人模式出现在战场，在二代火影的帮助下，用医疗忍术抢救濒死的佐助，让佐助能够再战宇智波斑。
斑开启无限月读以后，兜连同其他人一起中了此术并被神树缠绕。
最终木叶原第七班结束了第四次忍界大战，无限月读被解除，包括兜在内的所有人终于重获自由。
由于兜已醒悟，并且曾在第四次忍界大战中抢救佐助，间接带来忍界大战的胜利，所以不用再被列入叛忍名单中。
兜与儿时的伙伴乌鲁西一同在木叶开设了孤儿院，并担任院长，重兴当年养母的旧业。
鸣人等人返回木叶后，将带回的一众克隆人“宇智波信”托付给了兜。
但是，如今却完全不同。
原本发动第四次忍界大战的药师兜，却成了木叶的一员，坚定了保持着“火之意志”！
而且在千叶、大蛇丸、药师野乃宇的培养下，实力突飞猛进。实力达到准影，甚至半只脚踏入准影的境界。
比之旗木卡卡西还要强悍三分。
大蛇丸曾言，药师兜可是比卡卡西还要天才三分的忍者。这句话从任何的忍者说出来，都不一定可信，但是在天才的大蛇丸嘴里说出来完全不一样。
不过，低调的药师兜，却没有到处张扬，继承了他母亲药师野乃宇善良和低调的性格。
如今的药师兜不禁学会了龙地洞的仙人模式，药师野乃宇的医疗忍术，甚至千叶和纲手的部分忍术都是学了过去。当然秽土转生之术，千叶也是毫不保留的教给了药师兜。
药师兜对于千叶的信任，十分的激动，在他心目中，除了母亲药师野乃宇之外，最为重要的人就是宇智波千叶，甚至比他的科研大蛇丸的地位还要高。
千叶对于药师兜的忠心也是十分的满意，把迪达拉、山椒鱼半藏、团藏的转生的机会交给了他。
至于山椒鱼半藏还是团藏的转生者，千叶让药师兜转生了团藏，然后再让团藏解除山椒鱼半藏的秽土转生之术，极其简单的就完成了这件事。