爱子的死，给皇太极和宸妃以沉重的精神打击。宸妃所遭到的打击尤重，整日郁郁寡欢，终于忧闷成病。
1641年宸妃弥留之际，皇太极正在松山战场上指挥作战。他得知宸妃病危的消息后，立即召集军事会议，对围困杏山等地做了具体的部署，然后立即日夜兼程赶回盛京。
当他进入关雎宫时，宸妃已驾返瑶池了，终年33岁，正是风华之年。皇太极悲恸欲绝，寝食俱废，乃至昏死过去，经紧急抢救，才渐渐苏醒过来。
为表示对爱妃的悼念，皇太极为宸妃举行了隆重的丧礼，之后频繁地举行各种祭典活动，并请僧道人等为宸妃布道诵经，超度亡魂。皇太极亲撰了祭文，还赐宸妃海兰珠谥号为敏惠恭和元妃。
自从失去宸妃，他朝夕悲痛，饮食顿减，身体每况愈下，还昏迷过去，“言语无绪”。后来，诸王大臣请他去到蒲河射猎，借以消愁解闷。不想，路过宸妃墓，触景伤情，又引得他大哭一场。
宸妃死后不到两年，皇太极也命归九泉了。皇太极对宸妃这种真情笃意，在历朝皇帝中都是少见的。
宸妃死后火化，初暂安于盛京地载门外五里的墓地。皇太极葬入昭陵之后，宸妃也被迁葬到昭陵妃园寝内。