孔有德带着大军东进居然没有官军追击，大出孔有德意料，自己的老上司登莱巡抚孙元化还要招抚自己，就连自己辽东兵的死对头张可大也被孙元化下令阻止：“哈哈哈，山东兵都是属鼠的，都躲起来了，明日围攻登州。”
登州城外孔有德大军云集，孙元化一身戎装仗剑城墙上朝城外的孔有德大军喊话道：“城外的叛军听着，本抚劝你们归顺朝廷，本抚当会奏请皇上，对尔等所犯之罪既往不咎，所欠粮饷朝廷也会一并补发。”
孔有德看着城楼上的孙元化对自己的招抚很是用心啊，自己大军都杀到城下了还要招抚，上司挺关心属下的吗？：“巡抚大人好意众兄弟心领了，只要朝廷补发所欠粮饷，俺们愿意归顺朝廷，为朝廷效力，巡抚大人俺们军中有数百伤员，请打开城门放他们进城医治。”
“打开城门”孙元化一声令下，登州城门缓缓打开，数百孔有德部下搀扶着进入登州城内，登州城门轰然关上，耿仲明一见巡抚大人放叛军进城，孔有德是何居心且有不知，山东兵和辽东兵素来不和，耿仲明和登州兵也是矛盾重重：“将军，俺们可以趁夜间人们熟睡之时，里外夹攻。”
“好，就按你们的意思办”夜半三更耿仲明带着手下人马发动送奇袭，城外的孔有德大军一见城中火光四起，对登州发动进攻：“进攻，攻下登州，杀啊。”孔有德大军对登州城发动突然袭击，同耿仲明里外夹攻，登州守军仓皇迎战。
孙元化急令张焘率辽兵守登州城外，又派总兵官张可大发兵进攻，形成两路夹攻之势。张焘统帅的手下人马大都是同孔有德在江东干过，都是老熟人，双方一开战张焘的兵卒随即投入孔有德行列：“总兵大人，张涛的大军都投降叛军了。”孔有德大军朝着张可大冲杀过来，张可大孤军难敌大败而逃，双方战至深夜，登州城中的内应耿仲明、陈光福等人，立即举火开门，叛军杀进登州城来：“杀啊”
总兵张可大战败退守水城坚守，终因寡不敌众，水城陷落，张可大杀死妻妾后自尽于太平楼，孙元化在城楼上看到叛军杀进城来，登州守军被杀得大败，孙元化见大势已去朝京师方向跪哭道：“皇上，登州巡抚孙元化无能，登州为叛军所占，臣只有一死也谢陛下。”
孙元化正要抹脖子，被身后的家丁死死拉住：“巡抚大人，不要啊，三位公子还年幼该怎么办。”孙元化的三个儿子孙和鼎、孙和斗、孙和京年龄都不大，孙元化看着叛军不断涌上城墙来：“刘三，你带三位公子跟夫人逃命去吧。”
叛军不断涌上城来，孙元化脖子上的长剑被叛军打掉，将孙元化俘获捆绑起来，孙元化誓死不向叛军妥协，身陷囹圄中的孙元化对孔有德等叛将晓以利害，明以大义，孔有德回心转意，请求招安。朝廷也同意孙元化带罪招抚，巡按王道纯藏匿了诏书，叛军长时间求招安不得，再次反叛。孙元化又说服叛军，让他回朝陈明真相，孔有德念旧，将孙元化宋光兰、王徵、张焘等人放还。王道纯袭击叛军，致使叛军复叛，攻打莱州，乱事扩大。
京师
孔有德吴桥叛乱的消息传到京师，京师文武百官一片言辞激烈各省官员也是纷纷上疏，广东道御史宋贤上疏抨击山东巡抚余大成登莱巡抚孙元化：“登莱抚臣孙元化侵饷纵兵，贪秽已极。其所辖士卒，数月间一逞於江东，则劓截主将；再逞于济南，则攻陷城池，皆法之所不赦者。”
广西道试御史萧奕辅指责孙元化放任孔有德，又说张焘卸罪於波涛，借词于风汛。崇祯帝看着山东乱成一锅粥，地方各省官员都把目光集中到山东来，大有幸灾乐祸不要在自己管辖之内，一个个站着说风凉话，崇祯帝一脸阴沉看着文武百官：“山东叛军为患，众爱卿说说该如何调兵平定。”
兵部尚书梁廷栋高大的身躯一张蜡黄冬瓜脸一身大红朝服刚上任不到一年，山东的叛乱兵部也不好受，兵部刚刚接道山东的公文，孔有德再次复叛，围困莱州城：“皇上，孔有德已经围困莱州城，莱州巡抚徐从治和登莱巡抚谢琏拼死抵抗，请求朝廷派大军增援，臣认为应立即调集边军镇压叛军。”
大学士周延儒与兵部主事张国臣等提议招抚，一见兵部尚书梁廷栋又要派兵南下山东，现在山东的境内的兵马还少吗？这些人都是怕与江东军作战：“兵部不是已经派京营总兵刘同柱南下山东了吗，却迟迟不到莱州解围。”
“父皇叛军作乱已有一年，再不加以派兵镇压，朝廷颜面何在，关外金寇虎视眈眈，朝廷大军尽皆调往山东，京师岂不危也，儿臣认为当速出兵镇压叛军，以儆效尤。”朱太子看着朝堂之上居然为反叛的叛军闹得势不两立，总兵邓圮、王洪已率川兵万人自昌邑来援，距莱州仅四十里，却接到命令驻足不前，指望招抚成功。此时的莱州已经被困数月，在巡抚徐从治、谢琏和莱州知府殊万年等的带领下，守卫莱州的军民“备刍粮，设守具，据敌数月”。在叛军的重重包围之中，尽管城中已到弹尽粮绝的地步，仍拒不开城投降。而明孔有德见状，拼命攻城，巡抚徐从治亲上城楼，被叛军炮火击中，重伤而死。徐从治的死更激发了莱州军民守城的决心，“莱州人感其义，卒坚守不下”
周延儒见太子殿下也主张出兵镇压，但山东现在是个啥情况，皇上已经派了督理钦差刘宇烈主持剿灭叛军，底下的人都是想着招抚叛军，一个个都按兵不动：“皇上，督理钦差刘宇烈正在招抚孔有德叛军，山东各军都已按兵不动。”
听完周延儒的话，朱太子对大明朝的官员完全不敢恭维，当兵的也在等着招抚叛军，却见一小太监慌慌张跑进奉天殿来伏地跪拜道：“皇上，高公公连夜传来书信，督理钦差兵败沙河，登莱巡抚谢琏被俘，莱州知府殊万年被德诱杀。”
“猖狂，无能。”崇祯帝闻言勃然大怒，朝廷大军一败再败，朝廷颜面荡然无存，刘宇烈这个督理钦差是怎么当的，居然上当受骗折损两员朝廷大官：“刘宇烈这个混账东西，山东是一败在败，传朕旨意缉拿刘宇烈下狱，兵部速调集大军镇压叛军，一定要给朕剿灭叛军。”