取得徐州会战胜利的萧天，下令全军不得休息，步步紧逼。
讨袁军中的高级将领们，在萧天之北洋军凌厉攻势主席，斗志消沉。而坐镇南京的黄兴也是一筹莫展，整个司令部充满了悲哀失败的情绪。
这时，逃到上海的程德全同段，宣布取消江苏独立，并密令捉拿黄兴。在此情况下，黄兴也觉得事无可为，便在夜间乘船离开南京，扔下所有将士，一走了之。
“百败之将”、“逃跑将军”黄兴，再次不管自己的部下跑了！
按理，像黄兴这样的革命死硬派，百战百败却又“百折不挠”，这种人只要活着，就很可怕。失败一百次并不可怕，因为胜败并不是以次数来计算，而是以最后的决定性胜利来衡量，但黄兴还是跑了。
黄兴从南京不声不响地出走后，其他高级将领洪承点、冷鹬等也当即出走，局势陷入了混乱。
这时，代理江苏民政长蔡寅、第八师师长陈之骥和代理一师师长周应时等人干脆宣布取消独立，并派人到上海去将程德全请回。程德全是个老官僚。政治经验丰富，他见南京此时尚未安定，怎肯轻易回来。
在上海的何海鸣、张尧卿、韩恢等人建立的铁血监视团在得知黄兴离开南京后，急忙从上海星夜赶来，试图挽回局势。但他们到达南京的时候，为时已晚，黄兴等人早已是人去楼空。
像武昌起义一样，在高级将领缺位的情况下，又是士兵主动站了出来。在何海鸣等人的鼓动下，第一师的士兵赶走冯国璋的女婿，师长陈之骥，并与第八师联合起来占领了都督府，再次宣布独立。
在南京二次独立的第二天，萧天指挥的北洋军前锋也已到达南京城下。
原本张勋坚决请缨充当前锋，但被萧天拒绝。
张勋是和革命党有刻骨仇恨的，不光是因为辛亥革命时期，张勋率领他的辫子兵在南京与革命军血战一场，最后狼狈退出了南京城，而是因为张勋对满清的忠诚。
这个张勋，是一个不可理喻的人物。他年轻的时候参加过中法战争，并在镇南关大捷中立下大功，并被越级提拔，最后累功升至参将衔。在甲午战争中。他又随提督宋庆出战，大败而归，后来投到袁世凯的门下重掌兵权，但还不是袁世凯最亲信的第一集团。
在义和团之乱后、慈禧太后西安回銮的时候，袁世凯曾派他沿途护卫，这下被他抓到机会大表忠心，并在北京承担过一段时间的拱卫任务。在此期间，张勋深得慈禧太后的信任，慈禧太后也对他大加笼络，恩宠备至，简直令老张万分激动。感激涕零。清末的最后一年，张勋被外放江南提督一职，他对大清的感恩戴德真的是自内心，忠贞不二。
大清一亡，张勋最痛恨的人自然就是那些革命党，这次有如此好的机会，岂能不大加报复？
可萧天却绝对不给他这个机会，萧天很清楚的知道，在自己的那个时代，这个曾经成功攻克南京的“辫帅”，对南京做出了多可怕、多禽兽的事情。
辫子兵攻克南京后，大肆的奸yin抢掠，洗城三天。对此，张勋不闻不问，似乎是天经地义一般。
在辫子兵的肆虐下，南京城陷入了极度的混乱之中，几乎是天愁地暗，中外震动，连袁世凯听了都为之咋舌。那些辫子兵在抢劫的时候毫无顾忌，几乎无兵不抢，乱兵们所到之处，挨家挨户，上自天花板，下至阴沟，挖地三尺，一丁点都不放过。
城内的妇女也饱受这些人的戕害，投秦淮河自杀的女子也不在少数。三天过后，用当时人的话来形容是，南京城内“各等人民皆体无完衣，家无一餐之粮”。
萧天绝不会让这样的事情生，也绝不会给张勋这样的机会！
甚至，这个时候的萧天，已经对张勋动了杀心！
萧天并没有急着下令强攻南京，而是一面督促各路大军尽快向南京汇集，一面开始大量向南京派出探子刺探情报。
这个时候的萧天，为了把损失减到最少，开始了鼓动策反工作。
大量的传单秘密出现在了南京大街小巷。上面写着此次政府军攻击南京，只为剿灭叛军，和南京市民毫无干系，广大市民不必惊慌。
而且南京守军中也开始出现了同样的传单，在传单上，写明了只要叛军士兵愿意放下武器，则一概既往不咎。
如果是其他北洋将领倒也算了，可偏偏出现在南京城外的是萧天！
萧天，不光在北洋，在讨袁军士兵心里同样拥有巨大威望。
这个民族英雄，军人楷模，向来都是士兵们敬仰的对象，尤其是在他攻克汉阳之后，网开一路的举动，更是深得革命党士兵之心。
眼见军心浮动，南京临时领袖何海鸣开始下狠手了。
将军中怀有异心的军官一律剪除，士兵中散布投降消息的一律枪毙，颇似当年法国大革命时罗伯斯庇尔的风格。
在何海鸣的辣手之下，军心被暂时稳定住了。
随后，安徽讨袁军总司令柏文蔚从芜湖率卫队一营及宪兵一千多人来到南京，这给南京讨袁军以极大的鼓舞。但是，何海鸣、张尧卿与柏文蔚之间出现不和，柏文蔚带领少数人从水西门出走，而他带来的大部分人却自愿留在南京继续作战。
８月1５日，北洋炮兵就位，萧天下令炮击南京富贵山等炮台。
８月底，北洋各路援军到达，南京之战拉开大幕！