抗倭援朝战争胜利后，汪应蛟移调保定巡抚，时保定恰遭大旱蝗灾，粮食颗粒无收，造成饥民无数，畿民困敝，而矿税却有增无减，强行摊派，百姓苦不堪言。汪应蛟一面开仓赈灾，帮助饥民度过灾荒，一面上疏直言请尽罢矿税，减轻百姓负担。他说：“自去夏六月不雨至今，路馑相望，加以频值寇警，屡兴征讨之师，按丁增调，履亩加租，赋额视二十年前不啻倍之矣。疮痍未起，而采榷之害又生。不论矿税有无，概勒取之民间，此何理也。天下富室无己，奸人肆虐何极。指其屋而恐之曰‘彼有矿’，则家立破矣；‘彼漏税’则橐立罄矣，持无可究诘之说，用无所顾畏之人，蚩蚩小民，安得不穷且乱也。”在汪应蛟的力争下，神宗帝终下诏停矿税、释系囚、录建言谴谪诸臣。
汪应蛟官保定时，看到保定一带也是“荒土连封，蒿莱弥望”，对此情状，他认为“惟屯田可以足食”。于是，上疏朝廷，建议“开渠置堰，规以为田，可七千顷，顷得谷三百石”。此疏“得旨允行”，引之卓有成效。后来，汪应蛟为根本解决河北水利问题，又奏请“通渠筑防，量发军夫，一准南方水田之法行之。所部六府，可得田数万顷，岁益谷千万石，畿民从此饶给，无旱潦之患；即不幸漕河有梗，亦可改折于南，取籴于北”。这一建议得到了工部尚书杨一魁和神宗的称许。
只是后因神宗去世，明王朝走向衰落，使他的建议未能实现，但汪应蛟利用“易水可以溉金台，滹水可以溉恒山，溏水可以溉中山，滏水可以溉襄国。漳水来自邺下，……其他山下之泉，地中之水，所在而有，咸得引以溉田”之变河北为江南的设想，不失为一个宏远规划。不久，汪应蛟辞官归婺源故里。在居家的十九年里，他曾捐俸置义田五十亩，建“正经堂”，修“三贤祠”并讲学其中。
光宗即位，汪应蛟复起任南京兵部尚书。当时，东西战事又起，朝廷骤加赋银数百万，汪应蛟急上疏力诫，并列上十八个爱养民众得民心的事例，汪应蛟的上疏得到熹宗的嘉奖与采纳，加赋计划为之取消。接着，熊廷弼奏议加征饷银1200万两，用以镇压农民起义的军费开支，也被汪应蛟上疏阻止。
汪应蛟为人，忠诚正直有节操，把国当作自己的家，谨慎地收支、杜绝浪费，国家经济依仗他。皇帝的保姆客氏对墓地的要求超过了制度，汪应蛟坚持不给，于是得罪了皇帝，恰逢有人说他年老不能干事，他坚持请求退休，下诏加太子少保，用传车送回乡。辞别皇上，上疏陈述圣人的学说，引用宋代儒者的话，劝告戒备宦官、宫中妇女.很久以后，死在家中。汪应蛟为学主张诚敬，他做官居家、推辞接受全以道义作为标准，退居乡里后，谢绝世俗事务，常穿着粗麻布衣。