那些嫉妒沈有容大功的人跳了出来，认为计擒倭寇是不对的，容易引起倭人的报复，朝廷竟然认为桃烟门不过是过境商人，并未将他们当作倭寇处理。沈有容他们不仅没有得到奖赏，反而又冒功之嫌，黄承玄竟也因此事而移镇，沈有容于是拂衣而归。后来，这些倭寇又行作乱，沈有容之功才得以大白，但那已是沈有容回乡几个月之后的事了。
沈有容在海坛待了一小段时间后，金学曾把他调到了浯铜。浯铜此地乃“吃空额”的渊蔽，沈有容赴任后，“痛洗夙弊，鼓舞士卒”，革除了此弊，提升了士卒的士气。正因为如此，福建各个水寨巡逻兵船多有被倭寇劫掠的，只有沈有容一军擒倭寇十八名，斩首十二级。为了防止又有所抬头的倭患，福建兴泉道的王岵云提议招募巡逻兵800人，商船24只分为二哨，令沈有容统帅其中之一。沈有容得到这股生力军后，马上出海巡逻，直到与广东交界的地方，与一股倭寇相遇，“斩首三十二级，夺回南澳捕盗张京兵船一只”，立了大功。但有官员因为沈有容没将此船物归原主，所以陷害他说：这艘船上，那些所谓被倭寇杀的士卒，都是沈有容为了报功自己杀的，如果此罪坐实，那沈有容就不仅是革职查办的问题了。好在金学曾明察，洗刷了沈有容的冤屈。但因为此事的影响，沈有容前五年等于白干了，没能得到升迁。
朱运昌调任福建巡抚，将沈有容调往浯屿，太守程达认为此地距崇武卫所、料罗卫所都很远，无法相互照应，而且厦门也自有水军，所以建议移水寨于石湖。此提议得到了时任巡海道的徐学聚的认同，胆石湖的老百姓却不乐意，他们认为如此一来“兵害恐其无已”，太守程达只好对老百姓说，徙镇此地的是沈有容，老百姓这才平静下来。因为沈有容治军严整，而且他曾为民请命，请当时的税监高寀停止了征收运粮船的税费。福建靠海且多山，粮食产量甚少，多靠从广东进口，粮价本来就很贵，如果再征收重税，那么福建的民生势必会受到致命的影响，所以百姓们都很感激沈有容，还为他立了生祠，沈有容来带兵，自然不会侵犯百姓的利益。
上下达成一致，改建石湖水寨得以进行，沈有容没向政府要一分钱，用的钱全是靠卖掉旧水寨材料与往年立功得到的赏金，费时约一年，水寨得以建成。期间，沈有容还组织士卒为石湖沿海修了一段石筑的长堤，有效地防止了土壤盐碱化的加剧。水寨建成后不久，有7只倭船横行在浙、闽、粤沿海，沿海将士却不能“以一矢相加遗”。这股倭寇由浙江流窜到福建万安卫所，攻打城池，焚烧船只，劫掠了许多民众，并且在西寨停泊了十余日，沈有容得到消息后，率水军在崇武卫所严阵以待。倭寇不敢前来，从乌邱出澎湖列岛，逃亡东蕃。
台湾自古以来就与我国大陆有着密切的联系：三国时东吴大帝孙权就曾派将军卫温到过台湾；隋炀帝曾三次派人到达台湾；南宋时，已在澎湖列岛驻军；元世祖忽必烈曾两次派人到达台湾，设置了澎湖巡检司，管理台澎；在明朝，郑和下西洋时到达台湾；到了明朝中后期，中国大陆人民的足迹遍布台湾南北，已经开始了开发台湾的进程。
这股倭寇到达台湾后，在大员建立了据点，四处劫掠，并向东南沿海前往台湾的商人、渔民收取“报水”，连台湾土著民也深受其害，不敢再在沿海平原打猎，只好迁往内地山区躲避。朱运昌对此十分头痛，“安得豪杰，为我荡寇分忧者？”当然，只有沈有容，因为沈有容“枭捷善战，每临敌先登，意气闲暇；两舟相隔丈许，提刀飞身过之，立斩数人，一舟披靡，而后众将士从之。又加以沉毅多谋，料敌出奇无穷”，这样智勇双全的将领上哪儿去找？
沈有容得到朱运昌的密令之后，先派遣渔民郭延前往侦察，并秘密备战，在郭延侦知这股倭寇的确切消息后，沈有容下令出征。但“时腊月，非出海候，诸将及舵师皆有难色”，沈有容将朱运昌的密令下达，但为了防止奸细告密，他只说：“吾近往耳，聊以惧窃窃通我分地者。”摆出了一副只是例行巡逻的姿态。
于是，沈有容统战船24只前往征剿，可惜天公不作美，船队在过澎湖时遇上了飓风，船队飘散。因为当时天色已晚，沈有容不得不冒险停泊在地势险峻，船不得并行的丁屿门。在这里等候了三天，飘散的船只才归队，但只剩下了14只船，沈有容认为倭船不过7只，我军是他们的一倍，破之足矣，于是又再向台湾前进。到了第二天，与倭寇相遇，“将军率诸将士殊死战，无不一当百；贼大败，尽出辎重投之于海令我军拾，而姑少缓师。我军无一人取其秋毫，战益力，斩馘火攻，须臾而尽。”是役，“斩级十五，而投水焚溺无算，救回漳泉渔民三百余人”，“倭遂去东蕃，海上息肩者十年”。在明军登陆修整的时候，台湾土著民的一个酋长大弥勒“扶老携幼，竞以壶浆、生鹿来犒王师，咸以手加额，德我军之扫荡安辑之也”，并邀请沈有容去它们的寨子做客。随行的学者陈第将一路见闻记载下来，整理成《东蕃记》，是现存最早的台湾史料。沈有容此次军事行动是明廷在台湾显示主权的一次重要行动，当时福建官府因决策失误未能在台湾开府设县，也没有留下驻军。
沈有容立此大功返回福建，等待他的却是“总府方索宝，而本将又复忌功”，要没有朱运昌在上面给他顶着，恐怕又不免得咎，但最后的结果竟是“捷闻，文武将吏悉叙功，有容赍白金而已”，只得了六两赏金。这时，朱运昌却因病去世了，沈有容十分伤心，七次具文乞归，但新任巡抚徐学聚坚持不允，沈有容只好继续在福建沿海，奔驰于危涛之间。
荷兰东印度公司成立，派韦麻郎率领一支舰队前往中国。他们的舰队首先停泊在大泥，本来想与暹罗国王的朝贡使团一同去中国碰碰运气，但没想到朝贡使团还未出发，暹罗国王却死了。但韦麻郎却在此地结识了李锦、潘秀、郭震三名中国奸商，也不算没有收获。福建政府派遣了詹献忠等人，去让韦麻郎归国，但他们因为贪图荷兰人的钱财，竟带了许多货物去卖，并且沿海也有许多商人私自去做生意，荷兰人得到了好处，通商的愿望更加迫切了，所以韦麻郎又派通事林玉去贿赂税监高宷。
林玉虽被福建官府抓获了，但高宷已经得到了消息，就派遣了心腹周之范去见韦麻郎“说以三万金与宷，即许贡市”，韦麻郎“赠饷甚侈”，同意了高宷的要求，并派遣通事与头目九人要去福州与高宷详细商谈，但因为风候不对，未能成行。高宷还与他的死党福建总兵朱文达密谋说：“市幸而成，为利不赀。第诸司佐佑，唯公图之！”朱文达于是对福建巡抚徐学聚说：“红夷勇鸷绝伦，战器事事精利，合闽舟师不足撄其锋，不如许之。”但徐学聚头脑清醒，坚持不许，将驱逐荷兰的事交给了参将施德政与都司沈有容。
沈有容听说荷兰强占澎湖，要求通市时，就说：“夷意岂在市？不过悬重赂饵我，幸而售，将鼾睡卧侧，踵香山澳故事，睥睨中土尔。”力主不可通市。受命之后，沈有容认为对待荷兰这件事“剿而得胜，徒杀无罪，不足明中国广大；不胜，则轻罢百姓力，贻朝廷羞，不如谕之”。所以他先释放了林玉，想要用为反间，然后架一艘小船直接去了澎湖。
沈有容见到韦麻郎后，说：“天朝体统甚肃，上有抚、按二台，中有藩、臬诸司，外有将领、郡邑百执事，纲纪相承，凡事非商定不敢以闻。若欲求互市于闽，互市事至钜，孰敢主之？若等皆良商，独不识此乎？”韦麻郎说：“来者俱言市成，将军言不成，何也？”并说高宷的使者已经来了。沈有容又说：“堂堂中国，岂乏金钱巨万万；尔为鼠辈所诳，钱既不返、市又不成，悔之何及！”韦麻郎叹服，“从来不闻此言。”但他的一个手下却在这时拔出战刀来说：“中国兵船到此，想似要与我等相杀，就与相杀何如？”沈有容厉声说道：“中国甚惯杀贼，第尔等既说为商，故尔优容；尔何言战斗，想是元怀作反之意。尔未睹天朝兵威耶？”荷兰人语塞。韦麻郎一方面答应说马上回去，并招待沈有容留下；另一方面将给与周之范的钱财索回，只让他带给高宷玻璃器具等物，让高宷将乞市文书带奏，天子准许后再说三万金的事。
但沈有容等了几天，韦麻郎依旧没有走的意思，沈有容假意说要离开，韦麻郎立刻赶来相留。沈有容厉声对他说道：“郎不去，恃汝舟大与？壑可藏、力可负、凿可沉、撞可破，而舟何可恃耶？郎不闻沈将军破倭奴东海上，海水尽赤？吾不忍若颈之续其后，故谕而归，汝郎不从吾言，吾去矣，郎请后勿见我，毋贻空自悔也！”林玉也在一旁帮忙劝说。在这时，施德政为配合沈有容，已在料罗卫所集结了五十艘战船，并做好了火攻的准备。福建政府又下了严令：“兵民从海外入者，一钱不得着身；挟钱者治如法。”断了荷兰人的妄想。韦麻郎审时度势，只好离开了澎湖。当时荷兰的战舰“舟长二十余丈、高数丈，双底。木厚二尺有咫，外鋈金锢之。四桅，桅三接”，“左右两樯列铳，铳大十数围，皆铜铸；中具铁弹丸，重数十斤，船遇之立粉”，作战能力十分强。
福建水师的战船却多是商船与渔船改造的，虽有五十艘之多，但未必稳操胜券。所以沈有容能谕退荷兰，是十分难能可贵的。韦麻郎离开之前，特别找了画师为沈有容画像，并用铜铳及铳弹与一些特产赠送，以示敬仰。沈有容只收下了铜铳及铳弹，可能已经有师夷长技的思想了。韦麻郎离开后，三位汉奸皆被斩首。沈有容回厦之后，与友人陈第登临南普陀后山，留下了“骋望极天，徘徊竟日”的题名石刻。
然而这时，高宷竟然已经上疏为荷兰人请求互市，听闻韦麻郎离开这事后，顿足说：“德政乃败吾事！”后来，此疏虽被万历帝驳回，但高宷已经嫉恨上了施德政与沈有容。徐学聚本想立即为沈有容表功，但因为“宷党”朱文达等人的阻挠而未能成功，但澎湖的百姓们却没有忘记沈有容的大功，为其树“沈有容谕退红毛番韦麻郎等”的碑刻，是公认的“澎湖第一碑”。
沈有容还乡未及一年，福建政府派遣使者十次去请沈有容复任，沈有容坚持不许，而且这次连林茂槐的面子也没买。福建的崔御史却也给他写了信。原先沈有容在浙江时崔御史曾经在他离任后，私下里举荐过他，沈有容激于知己，于是复任。但没想到，部分将士因为沈有容先前的功勋而嫉恨他，不与他合作，沈有容十分后悔，又动了回乡的念头。福建巡抚王士昌将水军参府的创建工作交给了他，先前，黄承玄创立了“专统水军，弹压要地，随势排荡”的福建水标参军，并让沈有容担任此职，王士昌更是要在原来的定海卫所建设一军署，以便更好的防卫海疆。沈有容想到此衔是黄承玄为自己特别设置的，所以就又留了下来。
袁八老率其党三千余人流劫福建沿海，后又逃往广东，王士昌将平定海盗的任务交给了沈有容，但此时福建水师已经衰落，战船很少，无法追捕，沈有容只好进行招抚。袁八老“幸听命”，但这时却有人散布围剿的流言，沈有容只好冒险“躬架小舟，抵其船而受降”，招抚才得以顺利进行。
辽东后金国进犯加剧，于是明廷设置了山东副总兵，驻登州，统领水师，以为陆上策应。沈有容因为以往功勋，“为当世名公所知”，被任命了此职。沈阳、辽阳相继陷落，后金占领了辽东半岛及部分沿海岛屿，对明朝造成了严重威胁，因为辽东半岛就像楔子插入海中，直逼天津于山东登莱，如后金从海上进攻，那后果不堪设想。
于是，辽东经略熊廷弼从全局出发，提出了“三方布置之策”，第二条就是“以登莱渡海为奇兵”，并推荐陶朗先为登莱巡抚，驻登州。沈有容也被提升为总兵、都督佥事，“登莱遂为重镇”。据称，当时登莱有水陆兵员共五万人，马万余匹，甲杖火器二百余万，战船两千余艘。
由于辽东“经抚不和”，致使广宁失陷，辽东的民众纷纷逃入沿海的岛屿，日夜盼望明朝水师的救援，但此时陶朗先却不知出于何等考虑，竟然下令：“敢渡一人者斩”。沈有容立即上书争之，并派数十艘船前往救渡，获济的辽东民众共达三万四千余人，后陶朗先因贪赃被视为熊廷弼的党羽入狱，绝食而死，明廷以袁可立代之。
沈有容在登州结识了戚继光的长子戚柞国，当时戚柞国四兄弟正在编辑《戚少保年谱耆编》，它以戚继光的活动为主线，比较全面、真实的记载了戚继光的一生。但年谱完成后，戚柞国等无力将其刊行，幸而得到了沈有容的资助，才得以问世。戚柞国对此十分感激，特地在此书沈有容题的序言后加以附记记载此事：“会我大都督宣城宁海沈老公祖开府东牟，怅门客之浇漓，怜屋乌之幽独，知不肖辈食贫有日，叹先少保功业失传，慨捐资费，为不肖辈成此一书，以传世世。”沈有容的一次义举，为后人了解与研究戚继光，提供了重要的史料。
后金国驻守在复州的副将刘兴祚遣生员金应魁持一封密信交给沈有容，称“欲反正内应，以报中国”。刘兴祚本来是不满明朝官将的欺压才逃入建州的，但他却因为在任上秉公审断女真人与汉人的纠纷，得罪了一批女真高官，发现自己无法保护汉人的合法权益，于是决心脱离后金。沈有容将这一情况向登莱巡抚袁可立作了回报，袁可立接受了刘兴祚的要求，并派沈有容出海接应。
刘兴祚开始积极准备，决定于起事，袁可立为此向朝廷上疏道：“今二月内，总兵沈有容执有生员金应魁奴酋伪授世袭总兵驻复州刘兴祚即刘爱塔密禀一纸，内称彼欲反正内应，以报中国，因求臣免死加衔牌票。臣念辽阳以纳降陷城，广宁以判官诱败，兴祚之言未可凭信。又思因间用间，实兵家妙用。……当此时也，乘宁前驻防之众，朝鲜助兵之初，大兵出关东下，旅顺犄角夹攻，宣川拥鲜众而应，恢复之功似有可图者。但谋贵万全，兵须审势，知彼知己，能为可胜，是又当慎图之耳”。
袁可立令两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”，沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”“命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。去讫四月内，贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，……五月登兵与岛帅布置相应。”张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
但因为叛徒王丙的出卖，刘兴祚遭擒，差一点被斩首，后来由于阉党迫害导致袁可立的离任，而使这一诱降计划受阻，但刘爱塔一意归降，最终还是在崇祯初年归顺明朝并战死疆场，这是明清战争史上明朝诱降满清级别最高的将领，为辽东间谍战之著名战例，至今为研究明清战争史者所称道。
因为刘兴祚的反叛，努尔哈赤将辽东半岛的民众迁往内地，这时明廷有人就建议据守辽东半岛的金州，沈有容上言，“金州孤悬海外，登州、皮岛俱远隔大洋，声援不及，不可守。”但毛文龙依然派张盘进驻金州，但不久便被后金军击败，后金为了防止明军再度前来，焚毁了金州城的城垛与角楼。
袁可立曾下令让沈有容进军广鹿岛，沈有容是袁可立幕下的登镇总兵，曾在平倭和收复台湾及抗清战争中立下过赫赫战功。此次东征为老将出山，正于国家危难之际，登莱巡抚袁可立十分倚重之。然登州总兵沈有容并不满于东江总兵毛文龙依仗阉党势力的跋扈，二人矛盾日深。
魏忠贤当权，一批清流高官相继遭罢，袁可立也于此时再次遭贬，袁可立去，沈大将军无所依，决然随去。不久，沈有容得重病，连起居都步履颠危，于是以年老乞骸骨，以67岁高龄还乡，三年后，卒于家中，明廷念其功勋，追赠都督同知，并赐祭葬。
沈有容有八个儿子，有详细记载的有三个：六子沈寿崇袭其职，在北京近郊被李自成部所杀；八子沈寿峣，响应金声号召，组织义军抗清，兵败被杀；四子沈寿岳因积极支持郑成功与张煌言抗清，被斩首。真是将门出忠烈呀，沈有容上司袁可立的儿子袁枢，也在清军攻陷南京后拒不降清忧愤绝食而死。