王恭妃被进封为皇贵妃后，不但没有享受到皇贵妃的优厚待遇，而且她深居幽宫，无人问津，处境更加凄苦。在这十余年中，王恭妃母子因受到明神宗的厌恶冷落，又被盛宠的郑贵妃视为眼中钉，饱受屈辱，各方面待遇极差，使尽各种手段排挤和虐待王恭妃母子。
王恭妃生下皇长子，理应进封为贵妃，但神宗就是不进封，好长时间王淑蓉的封号依然如故，再就是郑贵妃让王淑蓉母子同居景阳宫，不让她们与神宗见面，使皇帝逐渐淡化与皇长子的感情。不过作为母亲，王恭妃更在意的是自己的儿子，她对儿子的安全极为担心，一直到13岁母子还一同起卧。郑贵妃污蔑皇长子喜欢和宫女嬉戏，已不是处男，明神宗派使者前去验视，王恭妃大哭：“十三年来我同儿子一同起卧，不敢有丝毫的疏忽、不敢离开半刻，就是怕有变故，我的忧惧如今果然应验了啊。”使者不敢隐瞒，如实禀报神宗，皇长子的清白才算保住。朱常洛在嫡母王皇后、祖母孝定太后李氏的多方关照调护下，终得以平安长大成人。
儿子当了太子，但是王恭妃依然盼不到出头之日，她被幽禁在景阳宫，整整十年不能与儿子见面，晋封就更谈不上了。朱常洛的妾侍王氏生下皇长孙朱由校，太子有了儿子、明神宗有了孙子，而且朝臣们多年来的谏言力争，民间也议论纷纭，明神宗才借着给母亲加徽号的机会，顺便将王氏晋封为贵妃、皇贵妃。成为皇贵妃，听起来位极尊贵，其实因为皇帝的冷落，她凄惨的日子并没有什么改变，有名无实，始终受着迫害，一直被幽禁着，叫天不应、叫地不灵，在她身患重病时，明神宗也没有去看望过她。
王恭妃病危，朱常洛请旨见母亲一面，明神宗同意了，当太子赶到母亲居所时，景阳宫依然深锁不开，太子无奈，只得找太监拿来钥匙，破锁而入。临终时，王恭妃终于见到了自己的儿子，可惜早已双目失明，她伸出手抚摸着儿子的衣服，百感交集，凄然泪下：“你终于长大成人了，我死而无恨。”母子俩抱头痛哭，太子的侍从们也纷纷落泪，大伙哭的头都抬不起来，王氏气绝而死，在深宫中苦熬了近30年，却始终没有盼到出头之日，就这样离开了人间。
王恭妃生前受到百般摧残，后事也不顺当，王恭妃死后，明神宗并不把她的丧事放在心上，对她择地安葬之事，是极为刻薄的，依照他的本意，草草埋葬了事。但大臣们不服，首辅沈一贯、大学士叶向高数次上折，大学士叶向高上言：“皇太子母亲贵妃去世，葬礼应当从厚。”言儿子是太子，葬礼应当按明世宗皇贵妃王氏的规格办理。明神宗却欲按明世宗皇贵妃沈氏的规格办理，一再拖延，最后还是按前朝未生育子女的沈皇贵妃的礼仪办理了。当时，正值八月，天气炎热，棺椁又经十个月的停放，尸体早已腐烂不堪，礼部左侍郎翁正春上疏请示王恭妃的安葬事宜，过了两天，明神宗才命人到天寿山卜地，选得了东井左侧的平岗地，经他同意，在那里正式营建了坟园。将王恭妃葬在明十三陵陵区内东井左侧的平冈地，谥“温肃端靖纯懿皇贵妃”，其随葬金制品极少，棺内除了为数不多的丝织品外，仅有银锭数枚和一些银制器物，金锭一枚也没有放。
明神宗不派人守坟，也不拨给守坟的费用，轰动朝野、企图打杀太子的“梃击案”爆发，凶手张差供出自己是受郑贵妃手下的太监庞保、刘成指使的，还牵扯上邪教红封教。舆论激愤，时人皆怀疑是郑贵妃及其兄弟主使谋杀太子。太子的处境受到普遍关注，郑贵妃慌了，哭求于明神宗，为替郑贵妃开脱，明神宗一面要郑贵妃放低姿态亲自去恳求太子，一面命令对太子有调护之恩的嫡母王喜姐给太子做思想工作，要太子不要牵扯郑贵妃；一面自己出马给太子施加压力，让太子表态，安抚百官。最后只处死张差和郑贵妃名下的庞、刘二太监，草草将此案了结，为平息舆论的愤怒，这才下旨礼部：“给皇太子母坟户三十名，园地二十五顷，以供香火。”
明神宗驾崩，太子朱常洛登位当了皇帝，即明光宗，首先想到的就是按制度追封自己的母亲为皇后。明光宗下旨追尊生母，并说：“朕嗣承皇统，抚御临视天下，追念根源，则我的生母温肃端靖纯懿皇贵妃恩大无及。朕往昔为太子时，没有能尽亲尽孝，如今入宫为帝，更只是对当时感到痛悔，想要一伸自己无尽的深情，只有由此而求合于礼仪。想按照皇祖穆宗皇帝尊生母荣淑康妃的先例办理，礼部仔细议定再报闻。”不料，朱常洛只做了一个月的皇帝就在“红丸案”中不明不白的死去，他死后宫廷又发生了“移宫案”，追念母亲的仪礼没有行成。
王恭妃的孙子明熹宗登基后，御史温皋谟上疏揭发郑贵妃的罪行，说她“摧残孝靖皇后，至饮恨而不得一诀。”王贵妃的亲侄儿永宁伯王天瑞，也上奏指责郑氏迫害孝靖后的行为，并为其姑鸣冤昭雪，明熹宗也感念其祖母的恩德，接着他父亲的遗诏，才正式追封自己的祖母为孝靖皇太后，追尊圣母皇贵妃王氏曰“孝靖温懿敬让贞慈参天胤圣皇后”，正式上册宝。从东井把棺椁迁来，与明神宗和孝端皇后王氏一起葬入定陵的地宫内，并补充了三箱随葬品，其中，一箱放孝靖后的木制谥册和谥宝，一箱放三龙二凤冠一顶，以及玉带、玉佩、玉谷圭、金垒丝珍珠霞帔，金香熏等物，另一箱放十二龙九凤冠一顶，神主祀祭于奉慈殿，神主奉祀于奉慈殿。