在郧阳巡抚的任上，主修有郧阳志书——《郧台志》十卷，裴应章主修，彭遵古纂修。志书记述了郧阳设立郧阳抚治的史实。抚治管辖范围包括鄂、豫、川、陕毗邻地区的荆州、襄阳、南阳、汉中、郧阳等8府和上下荆南道、关南道、汝南道、商洛道等5道，商州、金州、裕州、夷陵州、归州等9州，共65个县。志书中记载了84任郧阳巡抚，兵部尚书原杰和凌云翼、工部尚书潘旦和王以旗、吏部尚书王学夔、刑部尚书王世贞等著名人物，曾在郧阳抚治任职。同时还收录来郧任巡抚的37名抚臣，郧阳抚治有121名朝廷重臣任职，据查证，其中有50多人在《明史》中有传。
裴应章三十岁为官，深得隆庆和万历帝的信任，言听计从，立下不少功绩，足慰平生之愿。当他年届古稀，正好功成引退，于是上本皇上，获准回县，荣归故里。神宗御宴裴公，同僚相继饯行，沿途官员迎送不暇，回到家中有儿孙绕膝，侍候晨昏，心情分外舒畅，无公务之纠缠，恒沉醉于山水之间。如本县之南极山、金莲寺、大丰山、明溪的滴水岩等，都有他游玩的遗迹。兴之所至，便吟诗作对以自娱。还在南门城外建有一座楼，名为：望耕楼。他常在楼上看农民终岁劳动，与家乡父老谈论稼穑，或约好友饮宴、吟诗作赋其间，乐度晚年。
裴公关心民瘼，恒把乡亲应兴应革意见，提供地方官办理。对本县及邻县人民，常怀济困恤贫之心。连城浮粮很多，当事者议分旁邑人民负担，裴公独非其议，认为浮粮宜豁不宜分，才能减轻人民负担。宁化县吴某向他家借银数百两，无力偿还，就毁去债券，免其归还，宗族间有穷苦无力建房者，给族属住房数十间，以资居住。
裴应章回到清流三年，因年老疾病缠扰，日与药炉为伍，而长子汝庞又先应章一个月病卒，致使病情加剧，药石罔效，逝世年七十三岁。当他临终时，召集儿孙，勉励多读诗书，谨言慎行，为官要廉洁奉公，爱民重士，居家要济困恤贫，亲邻睦里，以此作为告诫子孙的遗言。
裴应章病故后，地方官申文上奏，巡抚、按察申奏朝廷，神宗帝为纪念有功大臣，辍朝一日，以示哀悼，追赠他为“太子少保”。加封溢号“恭靖”。派遗官员为他营葬，还用皇帝名义派大员祭奠他，给裴应章以极大荣誉，他的坟墓在宁化安乐。
裴应章死后，清兵人关侵扰，时局动荡，边防告急，满朝文武官员，无不思念他过去的功绩。咸认为应章一生高风亮节，有卓见远识，不愧是大臣器才，并公议立“恭靖”牌坊。御史乔承诏为他立“天官家宰”坊，“奕世尚书”坊，这些牌坊，都是跨街设置在县衙前，系在今“清苑”前面十字路口。本县父老，以裴应章安邦定国，劳绩卓著，由地方官设祠纪念，春秋祭祀，以志功绩，他的著作有《编蒲》、《蠹余》，《谏草》、《焚余》、《庄子摘语》、《左传纂语》等流传于世，现巳荡然无存。