穆尔哈齐随努尔哈赤渡河追至吉林崖，发现众敌复又聚集杀来，努尔哈赤机智地脱帽诱敌隐身，张弓对冲在最前面的敌人一箭射去，利箭贯脊使其倒地而亡，穆尔哈齐也射死一人。一阵交战之后，敌军纷纷投降，余者或逃窜、或坠崖而死。在这次以被动变主动的战斗中，努尔哈赤与穆尔哈齐兄弟以四人击退了八百余名敌人的进攻，扭转了战局。战斗结束后，努尔哈赤针对此次之役，感慨的说道：“今日之役以四人败八百众，天助我也”。
为了清除来自宗族内部的敌对势力，穆尔哈齐极力主张收服六祖宝实子孙所占据的章甲城，在他的主张下，努尔哈赤与其一起，以突然袭击的策略一举攻取了章甲城，将城中的族众收归已有，扫除了自己门前的障碍，震慑了三祖索长阿的子孙。
穆尔哈齐与其兄努尔哈赤一起，率军攻取了先前率部众截杀自己的哲陈部托漠河城，俘获人畜而还。随后挥师征讨鹅尔浑城，在进军鹅尔浑城途中穆尔哈齐在先开路，努尔哈赤在后压阵，一路所经之处，都是仇敌，穆尔哈齐率部沿途厮杀，才来到鹅尔浑城下。在攻打鹅尔浑城时，努尔哈赤肩部中箭，浑身上下三十多处受伤，无力指挥战斗，关键时刻，穆尔哈齐挺身而出，代兄指挥，取得了此次攻打鹅尔浑城的胜利。
当努尔哈赤统治势力逐渐壮大后，穆尔哈齐多次率兵征讨，每战必先士卒，先后出征鸭绿江、纳殷、珠舍里等部，将其征服。为表彰穆尔哈齐的功绩，努尔哈赤赐其“青巴图鲁”称号，汉译为诚毅勇士。由此可见，穆尔哈齐在跟随兄长努尔哈赤创业中，以其忠诚、刚毅、勇猛而深受兄长努尔哈赤的尊重与厚爱。
穆尔哈齐与大将额亦都一同率兵攻打巴尔达城，当大军行军至浑河时，正值汛期，河水暴涨，大军无法涉渡，部属皆劝穆尔哈齐、额亦都二人，率兵回返复命。穆尔哈齐厉诫部属，“受命出征，安能不战遇水而返耶？”。随令善泅水土卒，贡索泅渡，将绳索连接两岸坚实树上，大队士卒扶索而渡，越过浑河。巴尔达城中守军，自认为浑河河水暴涨，形成了一道天然屏障，穆尔哈齐所率的军马，纵有天大的本领，也不会在此际渡过浑河，前来攻城，因此放松了全城的军事防御。
率部渡过浑河的穆尔哈齐、额亦都二人决定，将部众隐蔽起来，待到夜晚敌人无备时，发起进攻。当晚，穆尔哈齐、额亦都二人发出攻城命令，所部将士奋勇猛攻，城中守军从睡梦中惊醒，有此军士来不及披甲持械与攻城将士拒战，两军接战，矢石如蝗，额亦都率先登城，身受创伤五十余处，部众的指挥大权落在了穆尔哈齐一人身上。在双方交战最激烈的时刻，穆尔哈齐亲率将士搏杀，身体多处受伤，仍率众奋战不已，终于攻克了巴尔达城，凯旋归来。穆尔哈齐率军回返时，其兄努尔哈赤出城外迎接，设宴慰劳全军，重奖了穆尔哈齐与额亦都二人。
在闻名于世的古勒山大战前夜，素有军事指挥天赋的努尔哈赤，面对着十倍于已的九部联军，也显得束手无策。自己部众中，兵微将寡，巧妇难为无米之炊，怎么部署也不足以与敌兵抗衡。此时，骁勇善战的穆尔哈齐向兄长提议，由自己率一队精兵埋伏在古勒山后，当敌兵大队到来时，人多势众，必然会选择在古勒山前的开阔地古勒之野列队结阵，乘敌人列队结阵不稳之机。自己率精兵突击，采用擒贼先擒王的战术，打乱敌人的阵角，然后由努尔哈赤指挥全线冲击，一举可以击溃敌军。
努尔哈赤采纳了弟弟穆尔哈齐的建议，令其率一队精锐骑兵悄悄地埋伏在古勒山后，寻找战机。九部联军到来后，叶赫部贝勒布寨以九部联军统帅的身份命令大军围攻古勒城，城中滚木雷石齐下，两军激战，杀声连天。双方正在激战时，穆尔哈齐率骑兵风驰电掣般地冲了出来，直接冲入到了九部联军攻城的队伍中，一时九部联军大乱，叶赫部贝勒布寨惊恐之余，尚不清楚冲到眼前的骑兵是怎么回事时，自己的坐骑被滚木绊倒，将他摔了下来。布寨还没来得及爬起来，被冲过来的骑兵挥刀砍死，九部联军一见统军主帅被杀，全队立即慌忙起来，争先逃命。努尔哈赤指挥大队将士转守为攻，击溃了九部联军，活捉了乌拉部的布占泰，取得了古勒山大战的全胜。
由于在创业初期，骁勇善战的穆尔哈齐，每战必征，战则率先，致使身体多次受创。后期，随着伤病的困扰，无法从征，被恩养在家中，在赫图阿拉城家中病逝，时年六十岁。穆尔哈赤病逝后，努尔哈赤亲自临祭，将其安葬，葬于虎栏哈达之郝图阿喇。