孝宗驾崩，遗诏命刘健等辅政，孝宗死后，由朱厚照即位，即武宗。武宗被身边以刘瑾为首的宦官诱惑，贪玩享乐，不理政事，刘瑾便与马永成、谷大用、魏彬、张永、邱聚、高凤、罗祥等八人乘机干预朝政。刘健等人多次上书要求武宗上朝处理政务，清理后宫的玩乐设备，武宗总是表面答应，实际并不执行，反而变本加厉地在后宫玩乐。身负先帝重托的刘健看着年轻的武宗这么不争气，十分自责，于是只得上书请求退休，武宗婉言相留，但仍然不理朝政。
于是，刘健等人不断上疏，指出政令错误的地方，尤其指斥贵戚、宦官。由于奏章很多，呼声很高，武宗迫不得已，假装命令下面商议。刘健十分失望，再次请求退休回家养老，李东阳、谢迁也跟着提出退休，武宗没有办法，只得按刘健等的意见处理朝政。刘健等人眼看武宗被宦官诱惑，沉迷享乐，不理朝政，于是决心铲除“八党”，朝中大臣纷纷响应。刘瑾等人非常害怕，于是哭着向武宗求救，武宗听了他们的哭诉，非常恼怒，于是下令将部分反对宦官很积极的官员下狱。“八党”不仅没有除掉，刘瑾还被任命为司礼监，大权在握，在努力没有结果的情形下，失望的刘健、谢迁再次请求退休回家，这次武宗批准了，于是刘健告老还乡。
刘健回家后，刘瑾等人更加嚣张，增设特务机构，四处活动，镇压异己，排斥忠臣，引进私党，大肆掠夺农民土地，导致阶级矛盾迅速激化。河北、河南、山东、山西、湖广、江西等地都爆发了大规模的农民起义，退休在家养老的刘健痛心疾首，却毫无办法。而刘瑾也一直在寻找机会想陷害刘健，在他退休的第二年三月，刘瑾等人诬陷五十三人为奸党，榜示朝堂，而刘健位列第一。
刘健被削职为民，并夺去一切封号，刘瑾被诛杀，刘健官复原职，刘瑾被杀后，武宗仍然宠幸宦官张永等人，数次南下巡游，沿途不断骚扰人民。刘健听说后，气得吃不下饭，连连叹息说：“我辜负了先帝的重托啊！”
朱厚熜即位后，专门命行人来慰问刘健，把他比做北宋名臣司马光、文彦博，并大加赏赐。这年刘健年满九十，世宗下诏命令大臣专门到刘健家里送上束帛、饩羊、上尊等，并封他的孙子刘成学为中书舍人。刘健逝世，享年九十四岁，刘健死后，留下数千言的奏章，劝世宗正身勤学，亲近贤才，远离奸佞。世宗闻讯后，十分惊愕悲悼，为其辍朝一日，派官员按例赐祭葬，并追赠刘健为太师，谥号“文靖”。
刘健，气度威严，以身作则，退朝后，同事私下晋见，他不说一句话。李东阳用诗文引导后来人，海内人士都击掌谈论文学，唯独刘健执意教人研究经学，寻求性理的根源。《明史》称其“事业光明俊伟，明世辅臣鲜有比者”。