“恩非专指孚敬三臣也，徒以大礼故，仇君无上，死有余罪”，冯恩这不是冲着张璁他们三人来的，而是冲着我嘉靖皇帝来的，欺君犯上，死有余辜，嘉靖于是将冯恩打入大牢，还派了之前就和冯恩有怨隙的汪鋐主审。庭审当天，冯恩立于庭前不跪，汪鋐对冯恩多加威胁，严刑拷打，但冯恩威武不屈，当庭和汪鋐对骂起来，斥骂他是小人。这个场面被围观的百姓看到后，纷纷称赞：“是御史，非但口如铁，其膝、其胆、其骨皆铁也”，“四铁御史”的称号由此而来。
无论冯恩如何争辩，还是被判处了死刑，在要执行秋决的那个冬天，冯恩的儿子冯行可写了血书，自缚庭前，请代父死。“祖母吴年已八十余，忧伤之深，仅余气息。若臣父今日死，祖母吴亦必以今日死。臣父死，臣祖母复死，臣茕然一孤，必不独生...赦臣父，苟延母子二人之命。陛下僇臣，不伤臣心。臣被僇，不伤陛下法。谨延颈以俟白刃。”看到冯行可感人至深的血书后，嘉靖内心也被打动，于是便将冯恩案发回重审，在都察御史王廷相、刑部尚书聂贤的斡旋下，最终冯恩以“奏事不实律”轻判，发配雷州。
冯恩遇赦回归故里，并花钱购置了大量田地，成为当地著名的富商，到隆庆登基以后，冯恩又被起用为大理寺丞，而后致仕，最后死于81岁高龄。据其第八子冯时可，在《先廷尉公传》中言：“傍亩益拓，末年至三万亩。”不但良田达三万余亩，还拥有花园、商铺等产业，他建了一座一百英尺高的塔，在塔上可以看到整个松江城。
在以后的三十年间，冯恩过着一种奢侈的生活，根据冯恩儿子的描述，他妻妾成群，外出旅行时，相当排场，还心血来潮想搬到南京去住，他在那里买了两套房子，后来作为他的儿子们参加乡试的处所，为了让母亲高兴，他安排烟火表演，据说，这种烟火表演直到他母亲离世才取消。
史学家王世贞、李维桢、徐学谟以及唐顺之、莫如忠、等人，与冯恩家族都有着深厚的交情，王世贞曾给冯恩作《冯廷尉京兆父子忠孝传》，徐学谟在其《归有园稿》中为冯恩妾，冯时可母亲作《冯母马太人传》，又有以诗《送冯敏卿再仕川中督学》等。