等到何孟春来吏部做官的时候，世宗已经尊称自己的父母为兴献帝、兴国太后，继而又改称为本生皇考恭穆献皇帝、本生圣母章圣皇太后。何孟春三次上书请按当初的诏书尊崇，世宗都不加考虑，此后世宗更加听信张璁、桂萼的话，又想去掉本生两个字。
张璁当时盛气凌人，上书列举礼官欺君之罪十三条，并且斥责大臣们是朋党。何孟春和九卿秦金等撰写了一篇奏疏，大略是说：“伊尹说过：‘有人说话违背了自己的心思时，一定要向道义方面去寻求。有人说话迎合了自己的想法时，一定要向失道之处去核查。近来在关于大礼的争议中，大臣们所表现出来的邪恶和正直是不一样的。像大臣们为纠正错误而提出的不大好听的数千万言，这就是伊尹所谓的违背了自己心思的话，陛下是否曾经向道义方面推求过？那么一两个小人，敢假托随顺主上孝心的名义，勾引一些不三不四、不学无术、厚颜无耻的人，迷惑陛下的理智，这就是伊尹所谓的迎合了自己想法的话，陛下是否向失道之处去核查过？为什么那些人的话那么容易得逞，而这些人的话这么难采纳呢？”于是提出了十三条质问来反驳张璁。奏疏递交后被明世宗压在了宫中。
当时詹事、翰林、给事中、御史及六部各司、大理、行人等许多大臣都写了谏章，都被压在宫中，未予批答，一时间群情激愤，不可遏制。正好早朝刚结束，何孟春就号召满朝大臣们说“：宪宗皇帝在位时，百官曾在文华门哭谏，争论慈懿皇太后的葬礼，宪宗最后听从了他们的意见。这是我们明朝的往事啊。”修撰杨慎说：“国家养士一百五十年，能不能仗节死义，就看我们今天的表现了。”编修王元正、给事中张罛等就把满朝大臣在金水桥南边拦住，说今天有哪个人不努力争取，大家就一起揍他。何孟春、金献民、徐文华又过来号召大家。于是九卿、翰林、给事中、御史、各司郎官，共计二百二十九人都在左顺门跪地请愿。世宗让司礼中官传命他们回去，大家都说：“一定要得到皇上的允准我们才敢回去。”他们从早上跪到中午，世宗两次传下指示，仍然跪在地下不肯起来。
世宗这下大为恼火，就派遣锦衣过去先抓了几个带头的。于是丰熙、张罛、余翱、余宽、黄待显、陶滋、相世芳、毋德纯八个人一起被关进了皇家监狱。杨慎、王元正于是敲打着宫门大声哭喊，大家也都哭了，哭声响震皇宫的深宅大院。世宗更加恼怒了，就传令逮捕了若干名五品以下的官员，而让何孟春等人等候治罪。第二天，编修王相等十八个人都被杖打而死，丰熙等人和杨慎、元正都被贬官或充军。明世宗这才把孟春等人以前的奏疏发下来，批评他说：“我即皇帝位，供奉宗庙祭祀，尊崇亲生父母的大礼，是我自己决定的。何孟春等诋毁君主，败坏政事，颠倒是非，罪实在不小。而且张璁等递上来的十三条意见还留在我手中没发下来，他怎么先知道的？希望他老老实实回答我。”
于是，何孟春等上书认罪，说：“张璁等递上去的十三条，在没递上去的时候就先拿草稿给人看过，并且还有副本存放在通政司，所以我们知道它。我们跟在满朝大臣的后边，能够在旁边参加讨论‘大礼’，私下里认力张璁等蒙骗陛下，所以说些话出来和他们辩论，冒犯了陛下您，罪应万死。只是我们希望陛下明察秋毫，辨别一下谁正直，谁邪恶，这样我们即使死了也会感到幸运。”世宗恼怒不休，批评说何何孟春号召大家发泄不满，不是大臣侍奉君上的方式，本该从重法办，姑且从轻扣发一个月的俸禄。不久被调出去做南京工部左侍郎。按照过去的惯例，南京各部只设一个侍郎，当时工部已经有右侍郎张琮了，又让何孟春做左侍郎，实际上是冗员了。
何孟春屡次上书称病告老，等到《明伦大典》编成以后，辞去了他的官职。何孟春的住处有一个泉，因为燕去水干、燕来水满而得名燕泉，他就被人称为‘燕泉先生’。