当原子弹在广岛和长崎掷下以后，奥本海默心中的罪恶感就愈发难以解脱了，以至于作为美国代表团成员在联合国大会上脱口而出：“总统先生，我的双手沾满了鲜血”。气得当时美国总统杜鲁门大叫“以后不要再带这家伙来见我了。无论怎么说，他不过只制造了原子弹，下令投弹的是我。”而面对记者，奥本海默则坦言：“无论是指责、讽刺或赞扬，都不能使物理学家摆脱本能的内疚，因为他们知道，他们的这种知识本来不应当拿出来使用。”
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3、战后活动
1947年到1966年期间奥本海默担任新泽西州普林斯顿高级研究院院长。1947年担任原子能委员会总顾问委员会主席，这个委员会和爱因斯坦一起，反对试制氢弹，认为会引起军备竞赛，威胁世界和平。
奥本海默怀着对于原子弹危害的深刻认识和内疚，怀着对于美苏之间将展开核军备竞赛的预见和担忧，怀着坚持人类基本价值的良知和对未来负责的社会责任感，满腔热情地致力于通过联合国来实行原子能的国际控制和和平利用，主张与包括前苏联在内的各大国交流核科学情报以达成相关协议，并反对美国率先制造氢弹。
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4、身陷指控
由于在20世纪30年代美国发生大萧条後，他开始对共产主义理论感兴趣。1937年他父亲去世为他留下30万美元的遗产，他用来资助西班牙内战中反法西斯的国际纵队，并资助了美国的一些左翼活动。美国参议员麦卡锡（JosephMcCarthy）指控政府官员中有多位共产党员，许多人因此下台，甚至被迫害致死。奥本海默也被盯上，被指控为与共产党人合作，包庇苏联间谍，反对制造氢弹等。1953年12月，艾森豪威尔“以他早年的左.倾活动和延误政府发展氢弹的战略决策为罪状起诉，甚至怀疑他为苏联的代理人”对奥本海默进行安全审查并吊销其安全特许权。1954年4月12日至5月6日长达四周的安全听证会。这就是轰动一时的“奥本海默案件”。
其间尽管爱因斯坦数次三番在《纽约时报》等报刊上“抗议美国政府迫害原子物理学家奥本海默”，尽管洛斯阿拉莫斯实验室158名科学家联名抗议对奥本海默的审讯，尽管在听证会上作证的大多数科学家都指出因对核政策持不同意见而受审是对于民主的基本原则的践踏，真正的国家安全必须建立在对像奥本海默这样的知识精英的信任和使用上，而审查的结果也“没有发现他对国家有过不忠诚的行为”，但原子能委员会的保安委员会和原子能委员会仍然决定剥夺奥本海默的安全特许权，从而结束了他的从政生涯和借助于原子能来寻求国际合作与和平的政治理想。
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5、获得平反
被解职后，奥本海默在普林斯顿大学从事教学工作，美国科学家联合会对他的审查进行抗议，认为他是麦卡锡主义的牺牲品。肯尼迪担任总统後，建议以为他颁发“费米奖”的方式平反。他决定将1963年度美国原子能方面的最高奖——费米奖授予奥本海默，并准备亲自出席仪式。不幸的是，他在仪式的前10天，也就是于1963年11月23日在得克萨斯州达拉斯市遇刺。肯尼迪遇刺后，他的继任约翰逊于同年为奥本海默颁发了费米奖（FermiAward）和5万美元的奖金，但只是形式上的恢复名誉，仍然不允许他介入军事秘密。在授奖仪式上，当奥本海默走向主席台时，由于年老体弱，打了一个趔趄，约翰逊总统见状，赶忙伸手去扶他，奥本海默推开他的手，说道：“总统先生，当一个人行将衰老时，你去扶他是没有用处的，只有那些年轻人才需要你去扶持。”他最后在答谢时对约翰逊总统说：“我想，今天的仪式是需要您的胆量和宽容的，我觉得这是我们光明前景的预兆。”
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6、晚年生活
1965年，奥本海默患了肝炎，身体不佳。他于1966年退休，1967年2月18日在普林斯顿死于喉癌，许多科学家参加他的葬礼，遵照他的遗嘱，将他火化，骨灰撒到维尔京群岛。
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7、生平追求
奥本海默一生中所追求的目的是什么？他曾经在一次演讲中对此做了精彩的阐述：……在工作和生活中，他们应互相帮助并帮助一切人……我们应该保持我们美好的感情和创造美好感情的能力，并在那遥远的不可理解的陌生的地方找到这个美好的感情。
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科学的目的不仅仅在于求真、探索大自然的奥秘，也在于致善、改善人们的生活条件并增进人类福祉。
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