之后李邕就遭到奸相李林甫的********。
事情是这样的，狂傲的李邕并没有听从孔璋“率德改行”的忠告，又一次把手伸向了公钱，“奸脏事发”，但这不足以断送他的性命。真正的原因是，远在长安京师的左骁卫兵曹柳绩与他的岳父杜有邻不睦，污蔑杜有邻妄称有占验之能，交构东宫，指责皇帝。这本是信口开河之谈，无凭无据之辞，却被李林甫抓住，严令审讯，查出柳绩是祸首，却莫名其妙地将柳绩连同他的岳父杜有邻一同判刑。
审讯中查出李邕曾送给柳绩一匹马，便以“厚相赂遗”受到牵连，又因李邕与淄川太守裴敦复有私交，裴敦复曾荐李邕于北海。裴敦复亦遭到株连。心狠手毒的李林甫立刻责令他的两个爪牙吉温、罗希奭驰往山东，将李邕、裴敦复“就郡决杀”。李邕已有七十高龄。这已是天宝六年的事了。时李唐王朝被李林甫搞得朝野一片白色恐怖。
李邕不畏惧死亡，屡出诤谏之言，武则天时他拜左拾遗，在朝堂之上当着则天皇帝的面，就敢于和御史中丞宋景一同指责则天皇帝的心腹张昌宗兄弟以权谋私。武则天想发火，但是忍住了，沉吟了半天，竟应允了宋景、李邕的批评。这就是孔璋所言，“往者张易之用权，人畏其口，而邕折其角”。可见李林甫为排除异己，绝杀李邕等有识之士的残酷，甚于武则天时期的来俊臣。对于李邕的死，杜甫悲痛欲绝，他哭道：“坡陀青州血，羌没汶阳瘗”。李白愤怒之极，感叹之极，他大呼：“君不见李北海，英风豪气今何在？君不见裴尚书，土坟三尺蒿棘居”。
最后太子也被牵连进来，玄宗立即令京兆府会同御史台官员审问。案情很快明朗，原来都是柳勣搞鬼。
但李林甫想把太子党一网打尽，授意手下指使柳勣诬告，先将案情扩大，又引李邕作证，使案情一下子扩大到地方官员，大有废太子李亨于朝夕之势。怕太子武力反抗，李林甫早就给安禄山写信，让他必要时带兵入京平乱，安禄山爽快答应，因为他为了讨好玄宗，得罪过太子。
玄宗仍旧态度谨慎，因柳勣、杜有邻等与皇室有亲戚关系，特予免死，判杖决，贬往岭南。但杖刑在执行中出入很大，受李林甫指使，行刑人将杜有邻、柳勣活活打死，积尸大理寺，妻儿家小流徙远方。由于牵连出李邕，李林甫特命人奉敕往北海将其决杀，李邕时年已70多岁。
李林甫杀鸡儆猴，使李亨十分不安，他为了表明自己的清白无私，含泪将杜良娣抛出来，宣布与她离婚，杜良娣被迁出东宫，废为庶人。杜氏家人已是死的死，流放的流放，境遇十分凄惨。
李亨对李林甫的仇恨又增几分。