朱慈炯给新军重新整编，10人一队，设队长，5队一旗，设旗总，5旗为一司，计250人，设把总，4司为一部共千人，设千总。一营三部，共三千人，暂时缺编一千人。设营直属炮司，至于员额则还未定，预计人数会多于三百人，主要是朱慈炯还没了解这个时代的火炮，还需要进一步考量。
朱慈炯亲自主持训练，早晨起来，先跑十里路，跑到紫金山再返回。而后用早饭，早饭后是队列训练一个时辰、射击训练一个时辰，吃完午饭，又接着训练阵型、近身格斗、长枪刺杀等等各种战阵技巧。
很多士兵不明白，皇帝这新军要训练队列就算了，竟然还要所有人齐步走，两千人，一旗一个横队，一司一个方阵，所有人都要踩着鼓点走，一个人走错一步，整个横队都要拖出来，每人两军棍。两千人无人不怨声载道，若不是皇帝亲自操练，换了别的将军，怕是士兵非哗变不可。十天之后，这帮子人终于全部分清了左右脚，站在点将台上看着下面走的已经有些样子的虎贲营士兵，几个从五军都督府借来的教官对朱慈炯佩服得五体投地。朱慈炯毫不谦虚，洋洋得意道：“这才到哪儿，再过三个月，两千人举手投足，皆如一人，令行禁止，如臂使指”。
张嫣派来的羽林左卫，名义上是为了护卫皇帝，但朱慈炯觉得他们站着也是站着，把羽林左卫一千五百人，拉了一千人轮流过来一起训练。羽林左卫便是当日张嫣南下时的护卫，原先是京营三大营士兵，虽然足够忠心，但训练废弛，到了朱慈炯手里，被操练的叫苦不迭，一日，魏德坤前来探营，几个将官纷纷向其诉苦，哪有这样练兵的，简直就是折磨士兵嘛，纷纷要求调回皇宫，请求太后把其他卫队调过来轮换。张嫣闻听后，开怀大笑，对魏德坤道：“这帮子老爷兵，在京师时成天斗鸡走马，皇帝如今励精图治，不可扰了他兴致，不准”。
空闲时，朱慈炯也翻看前朝典籍，招见各级将官，发现这个时代的明军的装备技术并不落后，与世界先进水准相比，并无太大差距，之所以打不过顺军与清军，说到底还是大明王朝从上到下腐化所致。部队军纪废弛、装备偷工减料、打仗文官指挥、武将不听命令，若是寻常年景就罢了，但天启年间开始，连年大灾，农民军四起，这处扑灭，别处又起，明军疲于奔命，清军又趁火打劫，军费开支越来越大，十几年下来，就拖垮了大明朝。顺军破北京时，京师三大营连铠甲都已经凑不齐了。
如今朱慈炯在南京继位，北方几省的包袱都丢给了李自成和顺治，各项开支能节约好几百万两，朱慈炯决心好好整肃下明军的装备制造，原本大明朝的军械制造有两套班子，分别是工部的军器局、内府的兵仗局，原本在明朝初期，南京的这两套班子都有相当的制造能力，不过到了崇祯年间，早已经式微。得了太后首肯后，将内外军械制造合并为军械厂，厂址就在大教场原来的工部军器局的院落，院子废弛已久，朱慈炯接手后，修葺一新，添置工具器械。原本永乐年间这里足有五千工匠，如今仅余百来人，大多数还是混吃等死型，给银遣散之。
江南原本并不缺会做军械的工匠，只是朱重八太不厚道，给匠户定死了户籍，工食银又给的少，明朝初年还好，到了天启年间，南京的匠户就跑的差不多了，有本事的工匠都逃亡了，一个工匠每日给银5分，天启年开始常有天灾，米价腾贵，工银还要被匠头克扣一些，辛苦一个月，只能勉强买一石粮，不逃跑才怪。那些留下的，多是混吃混喝、技艺稀疏之辈，造出来的军械尤其是火器，多不实用。
于是发皇榜招募天下工匠，每人每月给银二两，不过月余，应募者数千人，选了五六百个有些技艺的充作工匠。
又给出每月五两纹银的高价从广东、福建招来火器教师三十人，这些人师从佛郎机，会用西洋之法制作铳炮，这些师傅负责教授工匠，故称教师。这一系列折腾，支银上万两，由国库与内库分担。
军械厂因是外廷内府合办，由工部派员，照军器局例，充任大使、副使。按说内府也该派监臣佐理，朱慈炯思来想去，自己能信任的太监实在是一只手都数的过来，找谁合适呢？
朱慈炯唤来侍卫：“宣内宦黎任柯来见朕”。侍卫愣了愣，因为没听过这号人，但又不好直接问皇帝，便找了个得力的回宫找人。
那黎任柯当日因为送信有功，被张嫣赏了，自觉有了大功，得意忘形，不料在外城被福王的人给掳了去，严刑拷打，禁受不住，透露了朱慈炯的行踪。福王一案审结后，黎任柯因为“不忠”，一切功劳全部化为泡影，又因逼供打残了腿，被扔在内善堂等死。这日正痴痴的坐那儿发呆，两个黄衣银甲的卫士走到了他跟前，问道：“可是黎任柯？”
黎任柯头也不抬，喃喃道：“正是”。