庞统及诸位文臣武将，早起必到宫中问安，金旋每日疲于应付，召集庞统商议改革政治体制。将国务府更名为国事馆，庞统担任总理，蒋婉、法正、鲁肃为副总理。蒋婉分管各郡政务，管辖各郡太守；法正分管各部政务，管辖六部官吏；鲁肃分管诸郡防务及各路接应使军务。
法正辖下，分为兵部、礼部、刑部、吏部、工部、户部，鲁肃兼任兵部部长，辖管各地守备及马超、甘宁、严颜、诸葛谨等四路接应使，直接向庞统负责。简雍为礼部部长，管理学事、礼仪、祭天、国家婚丧喜事等事务。张宏为刑部部长，掌管全国刑事、治安、诉讼等事务。伊籍为吏部部长，掌管全国官吏进出、考核、升降等事务。王累为户部部长，掌管全国钱粮、税收、农务、粮库等事务。马良为工部部长，掌管科技、工具、兵器、运输等事务。未尽事宜，各处官员发现不妥，立刻上报庞统，由庞统依据事实合理调整。
金旋又派人在长安扩建学院，任命蒋济为院长，招募贤能文士，培训后担任学院文职教师，诸子皆在此校就学，学习各科学问。又让江苏文挑选武艺出众、德才兼备者为武学教师，传授诸子武艺。
诸臣之子大都在学院就读，大贤司马徽、管辂皆在学院中供职。金旋依照“百年大计，教育为本”的原则，诏令天下诸郡，建立学舍，为学院基层，招收各地优秀子弟入学，优秀者参加全国考试，考录成绩优异者进入学院。
金旋闲暇时又整理孔子之书，去其糟粕，取其精华，名曰《孔学》；将原所撰四书加以天文、地理等内容，合诸书为一，名曰《圣书》。又在各郡实行年考，成绩优异者重奖，各郡好学之风渐长。后来诸葛亮撰书《诸葛亮杂学》，记载诸葛亮平生作战之过程、心得，及易学、阵法等，金旋因此在学院中设立兵科，将此书与孙吴兵法等作为教科书。中国在此后百年之中，科技日新月异，与金旋重视教育、撰写理论书籍、建造学院、学舍等大有关联。
学务等处理完毕后，金旋又让庞统改革税务，将税种由人头税改为财产税，即由原来由每人分摊改为按拥有土地数量、商铺规模来分摊，使富豪合理交税，取消各地摊派。又让户部设立福利院，收养无人赡养之老人、孤儿等。又让户部丈量出全国土地，将各郡闲置土地，收归国家，召集流民分地耕种，按照其地等次收取租金。又让各郡在农闲之时，召集壮丁修建水利，建筑道路。
金旋又下令扩建医馆，让华佗出任医馆馆长，负责全国医务，将各郡游医纳于其中，根据其专长让华佗分类教授。学成后分派各郡，以国家薪金奉养。又让张仲景选择才能之士研究化学药物，即为当今西药。张仲景究其一生精力，培训佳徒无数，天下人多受其恩泽，又研究出数种消炎药物，各种不治之症多有因此治愈者。后来百姓奉华佗为“医神”，张仲景为“药神”。
为了防止官员腐败，金旋命令各郡设立举报箱，举报箱由金旋派人每三个月收缴一次，各郡举报箱钥匙皆置于金旋密室，由金旋亲自打开举报箱。凡是被检举腐败官吏，经查实后均处以严刑。选择才能贤明之士出任各地官员，提高官吏薪金，名为“********”，官场风气大整。金旋又命令各郡选取年老德众者五人，每年赶赴京师议论诸事利弊，纠正执政之失。
此时百姓多有崇信道教者，江东于吉、洛阳左慈在百姓中皆有威信。金旋诏令于吉为护军真人，在会稽山建立道观，于吉在此地传道。诏令左慈为护民真人，在嵩山建立道观，左慈在此地传道。从此往后，会稽、嵩山两处成为天下道教圣地。