吴征镒全面而系统地回答了中国种子植物的组成和来龙去脉问题，提出了中国植物区系的热带亲缘等创新观点。他对植物分布区类型的划分及其历史来源的论述，是植物学、生态学领域的经典篇目。他在我国生物多样性保护方面提出了诸多前瞻性和战略性的设想和建议。
1956年，吴征镒率先向国家提出在中国建立自然保护区的建议，提出了在云南建立24个自然保护区的规划和具体方案。1999年，他又提出了建立国家“野生生物种质资源库”的设想……
如今，本应享受天伦之乐的吴征镒，仍关注着我国植物学研究的动态，与国内外有关植物学家保持着密切联系，经常与身边的助手、学生交流信息。吴征镒是个非常温和的老人。家人或者学生有做得不对的地方，吴征镒从来不会责怪，每回都是轻声细语讲道理。从1995年起便担任吴征镒秘书的杨云珊说，吴老的脾气不是一般的好，自己在他身边工作的12年里没有看过他发一次脾气。对于一位90多岁的老人来说，吴征镒的身体还算是不错。“主机尚未坏，零件多不灵”，吴征镒常这样风趣地表述自己的身体现状，说自己到了“多病所需唯药物”的老年境界。“人生有限，我把我有限的时间有一份力发一份力，有一分光发一分光。”这或许可以作为吴征镒对众多评价的回答。
吴征镒院士自1936年起从事植物学诸多领域的研究，先后去过除非洲之外的四大洲观察植物。多次组织领导了全国、特别是云南植物资源的调查，并指出植物的有胩物质的形成与植物种原分布区及形成历史有一定相关性，对以上各学科的造诣日深，提出了指导植物资源合理开发利用的理论，并在实践中得到证实。迄今为止，己发表140多篇各类论文，并主编或编写了数10部学术专著。他在植物分类研究中，发现并发表了1300个以上新分类群（植物亚科、族、组等新等级不下10个，新属10个），在国际植物分类学研究领域中产生了重要的影响。
吴征镒院士多年来专心从事以中国植物为中心的东亚植被和区系研究，潜心研究生物多样性，编著了大量宝贵文献，为人类认识自然，实现人与自然和谐共存作出了巨大的贡献。鉴于他对中国和世界植物学和其它有关研究领域作出的伟大贡献，于1999年荣获号称世界园艺诺贝尔奖的日本花卉绿地博鉴会纪仿协会“考斯莫斯国际奖”（Internationnal
COSMOS Prize 1999）,成为世界第7位，亚洲第2位获得该奖的学者。