嘉靖41年（元1562年）八月初十六，牛田大营里的5000多名倭寇被戚继光率领的戚军和王如龙、陈大成人率领戚军，以戴冲霄的军队团团包围，后两支军队不仅消灭了牛田大营的倭寇，还有木岭、闻读总共长30多里的60座倭寇大营被6000多名戚军和戴冲霄的2000多人的军队继攻破，后大一共消灭了数万名倭寇，松浦准和双剑谭倭寇首领带领2000多人逃亡兴府城（今福省莆田市）。
八月初十七，松浦准和双剑谭倭寇首领带领2000多人逃亡到兴府城，时城里也有倭寇2000多人，城里倭寇听到松浦准和双剑谭卜说，戚继光马上就要来了，且还告诉城里的倭寇：他们牛田一带的倭寇大营伤亡惨。于是有的倭寇紧张来，后倭寇们决定一逃亡到距离兴府城东南20里，地非险要的一座叫林墩（今福省莆田市荔城区黄石镇林墩村）的小村庄。
林墩村面环水，水网密布，河渠纵横，地非险要，身水面上有许多座小桥，是松浦准和双剑谭人带领4000多名倭寇到来后，松浦准下令有的倭兵留下南面的一座叫宁海的小桥，的小桥烧毁。
八月初十八早上，戚继光和汪昆、戴冲霄率领军队到达兴府城后，在城里戚继光和汪昆拿着地图讨论了一下，现在过林墩村的有两条，一条是先走西洪小，再到林墩村南面对岸的宁海桥，是军队要快速过小桥到达对岸的林墩村是不可能的，为林墩村南面的这座宁海桥的桥身非狭窄，军队在上面难一行，能分批行，而且在小桥上进时如被对岸林墩村的倭寇发现的话，战斗打响后，戚军要在桥上用施鸳鸯阵，以鸳鸯阵的变阵两仪阵和才阵是施不开的；二条着是往林墩村北面的黄石大，黄石大是一条比较坦的大，在这里打仗和进就容易多了，于是戚继光决定在晚上率领戚军走黄石大，后突袭林墩村。
晚上，戚继光为了防止林墩战打响后他地方的倭军经过兴府城支援，于是决定留下2000多人的戚军、戴冲霄的2000多人，和汪昆一守兴府城，而戚继光率领4000多人的戚军突袭林墩村。出发，兴的官员派了一老百姓当导给戚继光人带，实这导早就已经被倭寇收买，也就是说他是一名奸细，是兴的官员不这导是一名奸细，戚继光人也不。出发后戚继光和4000多人的戚军就被这导带到了西洪小上，这小不仅非狭窄，而且是一条有点泥泞的小，再上是黑夜，以戚军在西洪小上行军十分困难，戚继光走着走着，就感觉有点不对劲，于是他叫人拿来地图，戚继光完地图后觉这不是黄石大，他就问这导是不是走错了，可是这导回答说，这就是黄石大。戚继光还是有点怀疑，是现在如要改的话，一是不找，且现在漆黑一片，找花的时间就比较长，戚继光就令大继续行军，在快要到达宁海桥时，戚继光见这座小桥后后悔了，为他现在才白过来导是一名奸细，自己已经发现了疑点，就应该下令改，是现在已经来不了，为林墩村里的松浦准和双剑谭已经带领4000多名倭寇来到了对岸，后松浦准下令倭寇们马上举有的火绳枪戚军开火，这可恶的导被当场打死，还有20多名戚军也当场牺牲，戚继光令戚军应战，后他派胡守仁人返回兴府城汪昆和戴冲霄援，着战争开始后有士兵过宁海桥打倭寇，于是戚军又被打死了10多人，下来戚军的牺牲的人数越来越多，戚继光非着急，在这千钧一发的时刻泉州卫挥同欧阳深带领27名南少林僧兵和6名军士兵快速过北面的黄石大赶到了林墩村，后这僧兵就像降神兵一样，突出现在倭寇面，有倭寇吓了一大跳，还没有这倭寇回过神来，几秒钟过后欧阳深和这僧兵、6名军士兵就打死了数十名倭寇，来欧阳深带领南少林僧兵和6名军士兵在邻近的村庄里消灭了几百名倭寇，他听见林墩村的喊杀声后就带领僧兵赶来救援。这时，胡守仁、汪昆和戴冲霄率领4000多人终于赶到，后松浦准和双剑谭带着少的倭寇逃亡他方。
欧阳深（元15001563年），泉州南安县东田（今福省泉州市南安市东田镇）人，朝著名的抗倭将领和民族英雄，少年时欧阳深和俞大猷一在南少林再传弟子李良钦的门下学习过少林棍，他虽比俞大猷大3岁，是为投到李良钦门下时比较晚，以欧阳深是俞大猷的师弟。欧阳深曾担任过泉州卫的挥佥、挥同和海卫的挥司官职，他一在率领南少林僧兵在福境内抗击倭寇。
林墩战中戚军一共消灭倭寇3000多人，斩首倭兵的首级960颗，俘虏倭寇26人，救出被倭寇俘虏的百姓2120人，是在这场战争中一共牺牲了90名戚军将士，是戚军抗击倭寇以来牺牲人数多、惨烈的一场战争。