或许秦王知道，这韩非终归不是秦国人，甚至他终归太爱自己的国家韩国，所以最终秦王政得出的结论是：可以利用他，但是不会信用他。或许秦王政还需要考察韩非一段时间，一旦他表现出足够的忠诚，秦王便会破格重用于他。
韩非也很高兴，终于见识到了秦国的强大，也意识到了秦国何以会那么的强大，自己在秦国或许真的可以大展拳脚。
只可惜，人生不如意事十之八九，历史从来都不是朝着人预想的方向去发展的。昔日的知己好友、同门师兄，在面临国家大事、前途功名之时，这一切感情甚至是道德似乎都变得无比的脆弱。
如果韩非是个一般的人，李斯还会给他点好处，以彰显自己很重视同门之谊，但是韩非之才已经远远地超出了李斯的想象。一个有如此深邃的思想、恣肆的才华的人，让李斯自愧不如的同时也感到深刻的危机。
所谓一山不容二虎，李斯相信换做韩非是自己，也会和现在的他一样。李斯走到秦王政的寝宫，危言耸听地说道：“韩非是何人？他可是韩国王公贵族的一员，如果是一般平民，倒还可以引为己用。依照现实的情况看，这韩非未必会甘心依附秦国。如果重用他，就要考虑到将来某一天会变生肘腋、祸起萧墙，如果送他回去韩国，就要担心韩国会乘机变法图强，威胁秦国的地位，最终成为秦国的心腹大患。唯今之计，只有一个方法——杀了韩非，才能够永绝后患，一劳永逸。”
李斯是何人？是秦国的宰相，是帮助秦王制定法令，维持统治的能臣，是击败吕不韦、嫪毐等人阴谋的关键人物，最得秦王的欣赏和信任。他说的话不无道理，秦王政还有什么不会答应的呢？更何况，韩非的思想都已经付诸笔端，秦王大可以活学活用，韩非本人或许已经没有什么用处了。
此外，李斯党羽、秦国上卿姚贾等人也不断在秦王政耳边大进谗言，秦王政在众人的劝说下，将韩非从贵宾的位置上拉了下来，迅速打入大牢。
但是要秦王下定决心杀了韩非实在是一件很难的事情，所以趁着秦王不注意，李斯便假冒秦王的命令，用毒酒将韩非毒死。不久之后秦王政对韩非入狱一事十分后悔，便下令将韩非放出来。只是此时此刻，韩非已经魂归九泉。木已成舟，秦王也只能长长地叹息一声，聊表自己对这位天纵奇才意外之死的惋惜。
但是关于韩非之死，历史上其实存在着两种说法。
第一种是史学家司马迁在《史记·老子韩非列传》一文中的记述，迄今为止，这是关于韩非之死的原版说法和主流说法。其间言道：“李斯、姚贾害之，毁之曰：‘韩非，韩之诸公子也。今王欲并诸侯，非终为韩不为秦，此人之情也。今王不用，久留而归之，此自遗患也。不如以过法杀之。’秦王以为然，下吏治非。李斯使人遗非药，使自杀。”
第二种说法则见于《战国策·秦策》。其间说道，当时山东有四个国家再一次掀起了合纵狂潮。秦国有一个叫做姚贾的客卿，做了一次毛遂，完成了一次自荐，并且幸不辱命，连续出访四个国家，兵不血刃便将这一次兵灾消失于无形之中。秦王政自然高兴万分，高官厚禄等各种赏赐便纷至沓来。但是这件事情却让韩非知道了，他认为姚贾此人不过是借着秦国的君威和军威，才能够让四国俯首称臣，其功劳实在是担不起那么大的赏赐。秦王便找来姚贾，向他发起责难。结果姚贾一一对答如流，令韩非无言以对，心中明明想好了很多驳斥他的方法，却怎么也说不出来。结果，“秦王曰：‘然’。乃可复使姚贾而诛韩非。”姚贾之事不了了之，韩非却被告上了谗言陷害大臣的罪名，于是被杀。但是诛一字在当时而言，除了诛杀之意外，还有责问、谴责、惩罚之意，哪种意思都能够衔接上前后文和后来的发展情况。
这两种说法的相同处，是韩非之死，跟姚贾和秦王都有关系。不同之处则在于，司马迁笔下的韩非，无辜被李斯陷害而死；而《战国策》中的韩非，则有引火上身、咎由自取的味道。
韩非如同一颗流星一般，辉煌地划过历史的天空，但是其深刻的思想和才华飞扬的文字，则留在了世间，是为《韩非子》。秦国更是几乎全盘接受了韩非的治国、为君的思想，最终形成了强大的秦帝国，乃至于后世的汉唐帝国、宋元明清，无论哪一个朝代，无不闪耀着韩非思想的光芒。