这一次对于倭寇的处理相当宽容，毕竟战争不是爆发在大明。所以几个岛津氏头目被饶恕，未来将作为乖宝宝遇有典礼就被拉出来亮相。而其他的倭寇就没有那么幸运了，毕竟东番岛金矿缺人，这群倭寇可都是好劳力呀，要是杀了也太浪费了。
献俘完毕后，朝廷公开宣读了封赏。根据圣旨，荡倭营入京营序列，此时大明的十二团营就被改为十三团营。
按照制度，荡倭营当以侯爷掌军，但是被文官坚决拒绝了，这本来就是试行文官领军的部队，怎么能被勋贵控制，更何况未来荡倭营将承担的重大使命。
所以最后妥协的结果就是，掌军勋贵不设，以杨玉为都指挥，陈豹为副，内臣汪直、何文鼎为正副监军，升擢张超为右副佥都御史，正五品，兼任荡倭营都教化使，改工部都水郎中王琼为兵部郎中，兼任荡倭营副都教化使。
杨玉祖上是鞑官出身，成化弘治年间先后担任游击参将等职，屡立战功，资历很老，由他这个毫不相干的老将军来担任总兵，一方面朝廷放心，另一方面也想让杨玉来看看荡倭营的体制到底如何，以备参考。
陈豹虽然变为副手，但是他的级别被提升了，改为副总兵，他当然会非常满意，但是由主将改为副手，陈豹还是有些心中不甘
作为荡倭营的创建者和灵魂人物，张超这一次被从七品的御史改任五品御史，下一步升迁最起码是按察使一级的高官官员，他当然也很满意
王琼是本朝刚刚冒出来的新秀，成化二十年的进士，在都水郎中任上，编著了漕河图志八卷。接任的人查考那些事，竟然是毫厘不差，由此王琼以勤勉、干练而出名，本来要被刘健提议改任为河南参政，但是临时被调任荡倭营副教化使，以协助张超。
根据张超的建议，荡倭营中枢下设有参军处，宣教处，营务处，分别负责参谋，政治和后勤，这是张超参考当年我军的模式建立的。
经过张超邀请，去年落榜，但是才华得到公认的王守仁出任荡倭营参军处游击，而且弘治皇帝特批荡倭营的人都可以参加各自等级的科举，这样也消除了王守仁的后顾之忧。
宣教处游击由江西人，南京国子监的监生秦宁担任，他长期作为张超的助手，待在军中负责教化事宜
营务处游击由张超济世学院的学生黄毓担任，黄毓是黄老的远房侄子，善于算术记账，打理营务处做的非常出色
荡倭营下设海运营，海战营，陆战营，训练营四大营，指挥员都为游击。海运营主要负责漕粮和物资运输，海上捕鲸，由原来负责此事的千户赵德担任，升迁为游击
海战营游击则为丁猛担任，超迁为参将
陆战营游击为丁怀德担任，超迁为参将
训练营游击为王六担任，超迁为参将
荡倭营下辖三大处四大营，共有两万多人，装备有数百条大小舰船，有舰炮一百多门，其他各式火炮数百门，是此时明军最为训练有素，战斗力最强悍的军队，终于在此时组建完成。主官的选择都是朝廷精心挑选的精明强干之士，目的很明确，一定要弄清楚佐渡金矿。
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