天子选择的收场方式很含蓄，因为他选定的主审官是刑部何尚书。
当刑部尚书何乔新接到圣旨的时候，他就清楚皇帝究竟想要他怎么干。何尚书也是大有来头的，他忠心勤奋，刚正耿直，曾经在河南任上，安抚过六万多户的流民，属于典型的能臣干吏。
他为官清廉，得罪人极多，和王恕是同道中人，王恕担任吏部天官后，就推荐何乔新干刑部这摊子活。刑部在六部中虽然地位相对不高，但也是三法司之一。刘吉一帮人屁股一向不干净，这样一个对头待在刑部，不是给自己找不痛快吗？所以刘吉就曾百般阻挠。
所以何尚书是王恕的盟友，又是刘吉的对头。这个案子刘吉可是幕后黑手呀，现在交给刘吉的仇人来审，天子这个安排，真是费了苦心了。
然后从犯人名单里也可以看出来，兵部主事李文祥，是由王恕推荐进入兵部工作的。首犯汤鼎，当年正是他向天子上书召回王恕。而负责此案的刑部尚书何乔新，也是由王恕推荐来的。
犯案的是王恕的同道，办案的也是王恕的同道，这么个审法，可谓是不是一家人不进一家门。外面群情汹涌，一边是言官们，嚷嚷着要秉公办案，严防司法黑幕；一边又是刘吉，不停的到处活动，非要严厉的处罚他们。
但是，任你们外面吵得欢，何尚书不慌不忙，稳坐钓鱼台。他也是老江湖了，皇帝心思转变，他一眼就看的出来。
何尚书决定把整个案子一分为三的看，姚谦是姚谦，赵昱是赵昱，汤鼎是汤鼎，都得分开。
按照明朝法律，姚谦弑父，十恶不赦，处以极刑凌迟，自不待言。
赵昱，马金等人把弑父恶徒当成孝子，然后制造冤案，导致多人死伤。这个锅你们几个好好背着。
合肥县令虽然没有判错医闹官司，但是他没有察觉到这个恶徒，这属于失职。
马金，赵昱，赵同知三人同样没有察觉到这个恶徒，但是故意判错医闹官司，按照“官司出入人罪”律规定，他们需要承担“失入”的责任。
因此医闹案，主审官赵同知，马金罢官，流放，王知县罢官。
处理完了医闹官司。然后就是御史结党案，审判了几天，何尚书很快就有了一审判决。
弑父案，主犯姚谦凌迟。
御史结党案，医闹案主犯赵昱两罪并罚，斩首；
御史结党主犯刘概妖言惑众斩首；
从犯汤鼎流放充军，其余人等一概罢官。
奏折上报后，皇帝迅速批复同意。这下子朝野可炸了锅了，这处罚也太过分了。医闹案那几个混蛋，贪赃枉法，坑了大伙，被处罚是活该，但牵连众多御史罢官，也太冤枉了吧。
大家都是苦读十几年熬出来的，现如今一招被罢，前功尽弃。兔死狐悲的官员们，高喊着朝廷培养一个御史不容易呀，痛骂刘吉等人。
骂了几天也没结果，正想再接再厉，突然都老实了。因为宫里传来小道消息，皇上很生气，后果很严重。内阁首辅刘吉也坚持刑部的原判，并且放风说谁替他们说话，下一个就治谁。