李茂贞这时感恐惧，担心自己被诛杀，是杀死养子李继鹏，头颅送石门镇唐昭宗的住，朝廷请求治的罪，还派李克用求。
唐昭宗派遣延王李戒丕、丹王李允告诉李克用，先暂且赦免李茂贞，消灭王行瑜，朝廷会再商议处置李茂贞。
朝廷还贬宰崔昭纬为梧州司马，任护国军留王珂为节，为王珂获了李克用的支持。
895八月十，朝廷革除邠宁节王行瑜的官职爵，兵讨伐（邠宁节治在邠州（今陕西彬州），辖区是邠州、宁州、庆州）。
任李克用为邠州面行营招讨，保大节李思孝为北面招讨，难节李思谏为东面招讨，彰义节张鐇为面招讨。
做完这一番安排，唐昭宗的车驾返回长安，李克用派遣骑兵护驾。
李克用率军猛攻梨园寨，王行瑜李茂贞求救。李茂贞派一万人驻扎在龙泉镇，自己率领万人开往咸阳附近。
李克用奏请朝廷让李茂贞返回凤翔，革除的官职。唐昭宗认为李茂贞的罪过已经赦免，是诏令李茂贞返回凤翔，依希望李克用与李茂贞。
朝廷还任昭义节李罕担任检校侍、邠宁面行营副统。史俨又在云阳打败王行瑜的军队，擒获云阳镇王令诲，进献给朝廷。
李克用打了胜仗，唐昭宗给奖赏，魏国夫人陈氏的才姿色群冠宫，唐昭宗陈氏赐给李克用为奖赏。
十月初，李存贞在梨园寨北打败王行瑜的邠宁军队，杀死一千余人。从，梨园寨不敢再战，城内粮食吃完，城里的军队弃城逃跑。
李罕攻克了王行瑜军队的营寨，斩杀一万余人，擒获王行瑜的儿子王知进、大将李元福，李克用随进驻梨园寨。
王行约、王行实兄弟二人见哥哥兵败，放火焚烧宁州城逃跑。李克用奏请匡国节苏文担任静难节，镇暂设在宁州。
王行瑜带领千精兵驻守龙泉寨，李克用继续率军攻打。驻扎在的李茂贞带领千人救援王行瑜，遭李罕的袭击，李茂贞撤兵而走。
十一月初，李罕攻克龙泉寨，王行瑜逃入邠州城，派遣李克用请求投降。
李克用再率兵攻打邠州城，王行瑜登城哭诉说兵长安是被李茂贞、李继鹏逼迫的，自己愿朝廷投降。李克用不答应，王行瑜带领族人弃城而走，当走庆州境内时，王行瑜被杀死，首级传至京城。