朱温到来的几天后，上下同心，庞师古终于攻彭城。893年四月二十日，时溥全家登上燕子楼自焚而死。
朱温宋州刺张廷范代徐州事务，张廷范后来朝廷命为徐州武宁军节度使。
解决了秦宗权、时溥，朱温又加紧对付朱瑄、朱瑾。
893年月，攻占徐州的汴州军队由庞师古率领，转兵去攻兖州的朱瑾，朱瑾的军队多次败。
十二月，锋葛从率军进攻齐州（济城），齐州刺朱威向朱瑄、朱瑾援，朱瑄派军队前来救援，齐州的城防加固。
到了894年二月，朱温亲自率领大军攻郓州的朱瑄，在东阿县的鱼山营扎寨。
朱瑄、朱瑾想战决，他们联合进攻朱温的营地，提前摆好阵型后，朱温的军队出营寨。
因两军都在杂草中间，这时猛然刮起风，风向对朱温的军队有利，朱温下令顺风火，顷刻间烟雾火焰连天。
朱温乘势发动攻击，郓、兖联军大败，杀死一万多人。朱温在鱼山下用敌军的尸体筑起高大的坟墓来炫耀战功，朱温驻军几天后返。
五月，朱瑄、朱瑾因屡次战败，就向河东救，李用派遣福顺、福庆、福迁三兄弟率五锐骑兵，从魏博军借道渡过黄河前来援助。
到了895年正月，朱温又派遣养子朱友恭围攻兖州，挖壕沟围住兖州城。朱瑄率骑兵从郓州前来增援，但却在郓城的高鱼朱友恭设下的伏兵击败，粮饷全部抢走。此前李用派来增援的将官福顺、福庆也朱友恭的军队擒获，朱瑄只好退。
为了应朱友恭，朱温率军队驻扎在单父县（单县）。李用又派遣俨、李承嗣率一万余骑兵下增援郓州的朱瑄，朱友恭担心不能胜，就率兵退到汴州。
895年八月，朱温又率领军队攻郓州的朱瑄，他在寿张县的梁山埋下伏兵，派前锋挑战朱瑄的军队。朱瑄率军前来，结果中了埋伏，败逃郓州城。
十月，朱温派葛从攻兖州的朱瑾，他亲自在后面督率大军，随后包围兖州。
此时担齐州刺的是朱琼（朱瑾的堂兄），他派使者前来请投降，朱温他，并让朱琼的军队一起攻兖州。
（这时，因河中节度使王重盈死后，王珙、王瑶与王珂三兄弟争夺河中节度使职位，大家各有后台支，导致各镇矛盾升级。王行瑜、李茂贞、韩建三位节度使带兵进入长，而李用则率大军下攻王行瑜等三位节度使，导致朝政极乱。朝政对中原一带三位朱姓之间的战争也无力辖。）